2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지피고가 2016. 11. 1. 원고에 대하여 한 양도소득세 360,468,960원의 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 2003. 6. 20. 김AA로부터 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○○-○○ 답 770㎡를 매매대금 547,500,000원에 매수하였고, 2003. 9. 15. 남BB로부터 같은 리 ○○○-○ 답 122㎡를 매매대금 100,000,000원에 매수하였다.

나. ○○시 ○○읍 ○○리 ○○○-○○ 답 770㎡ 중 42㎡ 및 같은 리 ○○○-○ 답 122㎡ 중 8㎡가 2008. 3. 24. ○○서부도시계획 도로개설공사 시행으로 인하여 ○○시에수용되어 위 토지들로부터 분할되었다.다. 원고는 2015. 7. 10. 전CC에게 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○○-○○ 답 728㎡ 및 같은 리 ○○○-○ 답 114㎡(이하 위 토지들을 일괄하여 '이 사건 토지'라 한다)를 매매대금 1,470,000,000원에 매도하고, 2015. 8. 27. 전CC에게 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 해 주었다.

라. 원고는 2015. 10. 31. 양도소득세 예정신고를 하면서 이 사건 토지가 8년 이상 자경농지에 해당함을 전제로 장기보유특별공제 257,588,464원 및 구 조세특례제한법 제69조 제1항에서 정하고 있는 양도소득세 감면 200,000,000원을 적용하여 양도소득세 8,045,106원을 신고하고 납부하였다.

마. 피고는 원고의 양도소득세 예정신고에 대한 조사를 실시하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 못하였고, 장기보유특별공제 대상에 해당하지 않는다고 보아 2016. 11. 1. 원고에게 2015년 귀속 양도소득세 360,468,960원을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

바. 원고는 이에 불복하여 2017. 1. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1, 3 내지 5호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 8년 이상 이 사건 토지를 직접 경작하다가 이 사건 토지를 매도하고 다른 농지를 취득하여 계속하여 경작하고 있으므로, 구 조세특례제한법 제69조 제1항에서 정하고 있는 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하고, 같은 법 제70조에 따른 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건을 충족할 뿐만 아니라, 소득세법 제95조에서 정하고 있는 장기보유특별공제 대상이 되며, 한편 원고가 이 사건 토지를 취득하면서 지급한 소개비도 필요경비로서 양도가액에서 공제되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 자경농지 내지 농지대토 감면, 장기보유특별공제 여부에 관한 판단

자경농지 등으로 인한 양도소득세 감면요건으로서 양도한 토지를 직접 경작한 사실 등에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2002. 11. 22. 선고 2002두7074 판결 등 참조). 앞서 든 증거 및 갑 제6 내지 12, 25호증, 을 제2 내지 5호증의 각 기재, 증인 노△△의 일부 증언에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고는 8년 내지 4년 이상 이 사건 토지를 경작하였다고 할 수 없어 자경농지 내지 농지대토 감면요건을 충족하지 못하였고, 또한 토지 소유기간 중 40/100에 상당하는 기간 이상을 경작하지도 아니하였으므로, 이 사건 토지는 비사업용토지에 해당하여 장기보유특별공제대상이 된다고 할 수도 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

① ○○시 ○○읍 ○○리 ○○○-○ 답 114㎡ 토지의 경우 원고가 전CC와 매매계약을 체결한 뒤인 2015. 7. 20.에서야 비로소 농지원부에 등재되었으므로, 이는 양도 당시 원고의 자경사실을 뒷받침하는 근거가 될 수 없다. 그리고 같은 리 ○○○-○○ 답 728㎡에 대해서는 농지원부에 2003. 10. 14. 원고의 자경사실이 등재되어 원고가 토지를 양도한 후인 2015. 9. 2. 농지 표시가 삭제되었으나, 원고는 2011. 3. 10.부터 2015. 3. 9.까지 주식회사 □□과 ☆☆ 주식회사에게 위 토지를 계속하여 임대하여 위 회사들이 이를 야적장으로 사용하였음에도 농지원부에는 농지 사용이 중단된 사정이 전혀 나타나 있지 않고 있다. 나아가 농지원부는 농지관리 및 농업정책의 효율적 추진을 위해 작성・비치하는 행정 내부 자료로서 각종 조세감면을 위하여 형식적으로만 작성하는 경우가 상당히 존재하고, 그에 대한 행정관청의 실질적 심사도 충분하지 않다는 사정까지 감안하면 농지원부는 토지의 현황을 제대로 반영하는 자료라고 보기 어려워 이를 근거로 원고의 자경사실을 인정할 수는 없다.

② 원고는 이 사건 토지를 취득한 한참 후인 2009. 6. 9. 농업경영체 등록을 하면서 이 사건 토지에 대한 자경사실을 등록하였으나, 국립농산물품질관리원 조사원들은 경영주가 등록신청을 할 때에만 현장조사를 할 뿐이어서 위 자료만으로 원고가 이후 지속적으로 이 사건 토지를 자경하였는지 판단할 수 없고, 실제로 이 사건 토지가 상당기간 동안 야적장으로 사용되었음에도 이러한 사정이 전혀 반영되어 있지 않고 여전히 자경토지로 등록되어 있는 점에 비추어 농업경영체 등록확인서 역시 원고의 자경사실을 뒷받침하는 자료가 될 수 없다. 한편 농업경영체 등록확인서(갑 제7호증) 말미에 수기로 원고의 자경사실이 기재된 부분은 원고의 요구에 따라 국립농산물품질관리원 직원이 임의로 작성한 것이므로 믿을 수 없다.

③ 원고는 2006.경부터 2016.경까지 원고가 소유한 다른 토지들에 대한 쌀소득지불금을 수령하기는 하였으나, 이 사건 토지에 대한 쌀소득직불금을 수령한 적은 없다. 뿐만 아니라 원고는 2003. 2. 6. ○○농업협동조합 조합원으로 가입하여 2009.경 1차례, 2010.경 3차례, 2011경 1차례, 2014.경 1차례, 2015.경 2차례 농약이나 비료 등을 구입하기는 하였으나, 이들 중 일부는 이 사건 토지가 야적장으로 사용된 시기 또는 이미 전CC에게 양도한 이후의 구매내역이어서 원고가 구입한 물품들이 이 사건 토지에 대한 농사에 사용되었다고 보기 어렵고, 한편 원고가 이 사건 토지에 농사를 지었다고 주장하는 2009.경 이전에 농약이나 비료 등을 구입하였음을 알 수 있을 만한 아무런 자료가 없다.

④ 이 사건 토지에 대한 2002.경부터 2015.경까지의 항공사진에 의하더라도 이 사건 토지가 농지로 사용되었는지 여부가 불분명하고, 설사 농지로 사용되었다고 하더라도 원고가 이를 직접 경작하였음을 증명하는 자료도 될 수 없다.

2) 필요경비 공제 여부에 관한 판단

살피건대, 갑 제21호증의 기재만으로는 원고가 이 사건 토지를 취득하면서 지출한 매매용역비가 구 소득세법(2015. 7. 24. 법률 제13426호로 개정되기 전의 것) 제95조 제1항, 제97조, 같은 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제163조 제5항에서 정하고 있는 필요경비라고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.