청구법인은 산업단지 조성 등을 목적으로 1997.1.10. 설립된 비영리내국법인으로서 1997.1.10.～1997.12.31.사업연도(이하 “1997사업연도”라 한다)의 수익사업 부문에 대한 법인세 신고시 예금이자 등 수입이자 19,379,651,631원(이하 “쟁점이자소득”이라 한다)에 대하여 이를 소득금액(익금)에 포함시키지 아니하고 고유목적사업준비금을 설정한 후 손금에만 산입하여 해당세액을 납부하였다.

처분청은 비영리내국법인이 이자소득을 법인소득금액에 포함시키지 아니하고 신고한 경우에는 동 이자소득과 관련하여 법인세법 제12조의 2의 규정에 의한 고유목적사업준비금을 설정할 수 없는 것으로 보아 쟁점이자 소득과 관련된 고유목적사업준비금설정액 9,242,530,685원을 손금불산입하여 2000.7.1. 청구법인에게 1997사업연도분 법인세 3,280,592,520원을 부과처분하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2000.9.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 청구법인이 1997사업연도 법인소득금액에 쟁점이자소득을 포함하여 신고하지 아니하였다고 하여 쟁점이자소득과 관련된 고유목적사업준비금의 설정이 불가능하다고 보았으나, 법인세법 제27조(비영리법인의 과세표준신고)는 이자소득이 있는 비영리법인이 동 이자소득에 대한 법인세 납부방법을 원천징수방법에 의할 것인지 아니면 신고납부방법에 의할 것 인지의 신고방법의 선택에 관한 규정이고, 이와 달리 법인세법 제12조의 2(고유목적사업준비금의 손금산입)의 규정은 비영리법인이 연말결산시 이자소득을 다른 수익사업에서 발생된 소득 등과 합산하여 고유목적사업준비금을 설정하고 법인세법 제27조의 규정에 의한 신고서에 당해 준비금에 관한 명세서를 첨부하여 신고하면 동 준비금을 손금산입하여 준다는 취지의 규정으로 보아야 하므로 청구법인이 쟁점이자 소득에 대하여 원천징수과세방법을 선택하였다고 하여 이 건 고유목적사업준비금 9,242,530,685원을 손금불산입한 당초처분은 잘못이다.

나. 처분청 의견

법인세법 제12조의 2의 규정에서 비영리내국법인이 이자소득 등을 고유목적사업준비금으로 설정한 경우 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다는 의미는 법인세 과세표준에 이자소득을 포함시켜 신고한 경우를 말하는 것인 바, 이 건의 경우는 청구법인이 쟁점이자소득을 법인소득금액에 포함시켜 신고하지 아니하고 원천징수방법에 의해 법인세를 납부한 경우이어서 쟁점이자소득과 관련하여 고유목적사업준비금을 설정할 수 없으므로 당초처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 쟁점이자소득에 대하여 법인세과세표준신고시 소득금액에 포함시키지 아니하고 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에만 산입한 경우 이를 법인세법 제12조의 2의 규정에 의한 적법한 고유목적사업준비금으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

법인세법 제26조【과세표준의 신고】에서 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 결산을 확정한 날로부터 15일(대통령령이 정하는 외부조정계산서를 첨부하는 법인의 경우에는 30일) 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다. 고 규정하고 있으며,

같은법 제27조【비영리내국법인의 과세표준신고】제1항에서 비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익( 소득세법 제16조 제1항 제12호의 비영업대금의 이익을 제외하고 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. 고 규정하고 있고, 같은조 제2항에서 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다. 고 규정하고 있다.

한편, 법인세법 제9조【각사업연도의 소득】제1항에서 내국법인의 각사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다. 고 규정하고 있으며,

같은법 제12조의 2【고유목적사업준비금의 손금산입】제1항에서 비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 제18조 제1항의 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합산한 금액의 범위안에서 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. 고 규정하고, 그 제1호에서 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액 이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점이자소득에 대하여 법인세 과세표준신고시 법인세법 제9조의 규정에 의한 각사업연도의 소득금액에 포함시키지 아니함으로써 쟁점이자소득의 경우 법인세법 제39조에서 정한 원천징수의 방법에 의하여 과세된 사실에는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

한편, 청구법인은 쟁점이자소득에 대하여 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입하는 것으로 결산조정한 후 법인세과세표준을 신고하였으므로 동 고유목적사업준비금을 손금으로 인정하여 달라는 주장을 하고 있다.

(2) 법인세법 제26조 및 제27조의 규정에서 정한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 과세방법을 보면, 당해 이자소득을 다른 수익사업소득에 합산하여 과세표준을 신고하지 아니하고 원천징수로써 과세절차가 종결되는 원천분리과세방법과 당해 이자소득을 다른 수익사업소득에 합산하고 원천납부세액을 공제하여 과세표준을 신고하는 신고납부과세방법이 있는 바, 비영리내국법인은 위와 같은 2가지 과세방법을 선택하여 적용할 수 있도록 되어 있다.

(3) 법인세법 제12조의 2의 규정에서 정한 고유목적사업준비금의 손금산입제도에 대한 내용을 보면, 비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 각 사업연도의 소득에 포함된 이자소득금액, 수익사업소득금액의 일정액을 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금계상한 경우에는 일단 과세소득에서 제외(손금산입)하고 동 준비금을 5년 내에 고유목적사업 등에 지출하지 아니한 경우는 다시 익금(과세소득)에 산입하는 제도인 바, 여기에서 이자소득이 있는 비영리내국법인이 동 이자소득을 각 사업연도의 소득에 포함시키지 아니하고 원천분리과세방법을 선택하여 법인세과세표준을 신고한 경우에는 동 이자소득에 대하여 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입할 수 있는 대상으로 볼 수 없다 할 것이다(국심 99전2366, 2000.5.12. 등 다수 같은 뜻임).

위 사실을 종합하여 보면, 이 건의 경우 청구법인이 쟁점이자소득에 대하여 법인세과세표준신고시 소득금액에 포함시키지 아니하고 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에만 산입한 경우로서 이를 적법한 고유목적사업준비금으로 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점이자소득과 관련된 고유목적사업준비금을 손금불산입한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.