2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 ΟΟΟ도 ΟΟ시 ΟΟ면 ΟΟ리 산 ΟΟΟ-Ο번지에서 골프장사업을 운영하고 있는 사업자로서 2003년 1기 예정부터 2006년 1기 예정까지 법정기한 내에 부가가치세를 신고하였다.

나. 원고는 2006. 5. 29. 위 각 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 불공정한 토지관련매입세액을 공제하여 줄 것을 주장하면서 3,587,447,275원을 환급하는 내용으로 경정하여 줄 것을 청구하였으나 피고는 2006. 6. 8. 이를 거부하는 경정청구거부통지를 하였다('이 사건 처분'이라고 한다).

2. 원고의 주장

원고는, 이 사건 처분의 근거가 된 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 후단의 '대통령령이 정하는 토지관련매입세액'이라는 규정과 같은 법 시행령 제60조 제6항은 평등의 원칙, 재산권 보장, 조세법률주의에 관한 헌법 규정에 반하는 위헌 ㆍ 무효의 규정이므로, 이를 기초로 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

3. 판단

살피건대, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호, 같은 법 시행령 제60조 제6항은 토지관련 매입세액, 즉 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있는바, 그 입법취지는, 토지는 부가가치세법 제12조 제1항 제12호에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화고, 사업자의 토지 조성 등을 위한 자본적 지출은 사업자의 영업비용 즉 영업상의 매입거래에 산입된 것이 아니라, 토지의 취득가액에 산입되어 자산으로 계상되어야 하는 것으로 이는 당해 토지의 취득원가에 산입되었다가 당해 토지의 양도차익을 산정함에 있어서 취득가액에 산입하는 방법으로 회수되고 있으므로, 토지에 대한 면세제도의 기본원리상 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 마땅히 이를 공제하여서는 아니된다는 것이고, 골프장 부지인 토지조성공사의 용역의 공급에 대한 부가가치세는 토지 자체의 공급에 대한 것이 아니라 토지를 골프장으로 사용하기에 적당한 토지로 조성하기 위한 용역의 공급에 대한 매입세액이기는 하나 토지조성공사의 용역은 토지조성 이후에는 골프장 부지와 일체가 되어 토지 자체의 가치를 증가시키는 것으로 이를 골프장 영업상의 매출세액으로 보기는 어려운 점, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 세무회계상 토지의 취득원가에 산입되어야 하는 것인데, 토지는 면세재화로서 사업자가 면세사업에 사용하는 때에는 물론 과세사업을 영위하다가 공급하는 때에도 면세되도록 규정하고 있어 공제되는 매입세액의 전제가 되는 매출세액이 존재하지 않는 점, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해 토지의 취득원가에 산입되었다가 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어서 취득가액에 산입하는 방법으로 회수할 수 있는 점, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라고 하여 그 매입세액의 공제를 허용한다면 매출세액이 면제됨에도 그 매입세액만을 공제하는 셈이 되어 그 효과면에서 영세율을 적용한 것과 마찬가지가 되는데 이는 법률의 규정이 없이 영세율을 적용하는 것이 되어 조세법률주의에 어긋나게 되고 토지공급을 사업으로 하는 자가 과세사업을 일시 영위함으로써 면세제도를 악용할 소지가 있는 점, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라고 하여 그 매입세액의 공제를 허용한다면 토지를 조성하여 공급하는 사업을 하는 자로부터 매수하여 사업을 하는 사업자와 토지를 구입하여 사업목적에 맞게 직접 조성하여 사업을 하는 사업자 사이에 형평의 문제가 발생할 수 있는 점, 토지관련매입세액을 매출세액에서 공제할지 여부는 원칙적으로 과세정책의 문제로서 입법재량의 영역에 속하는 것으로 보이는 점 등에 비추어보면, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호와 같은 법 시행령 제60조 제6항 제3호가 대통령령이 정하는 토지관련매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있다고 하여 그 법령이 소비형 부가가치세로서의 한계를 넘는 이중과세로 부가가치세의 근본원리상 용인할 수 있는 입법재량의 한계를 넘어 헌법상 평등의 원칙, 재산권 보장의 원칙, 조세법률주의원칙에 반하는 위헌규정이라고 할 수는 없으므로 원고의 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 주문과 같이 판결한다.