2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 2분의 1은 원고가 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 2005. 5. 21. 한국산업기술진흥협회장에게 주식회사 SSSS연구소를 원고의 기업부설연구소로 신고하였고, 한국산업기술진흥협회장은 2005. 6. 27. 주식회사 SSSS연구소를 기술개발촉진법 시행령(2006. 6. 29. 대통령령 제19553호로 일부 개정되기 전의 것) 제15조 제1항, 기술개발촉진법 시행규칙(2006. 7. 5. 과학기술부령 제88호로 일부개정되기 전의 것)의 규정에 의하여 원고의 기업부설연구소로 인정하였다.

나. 원고는 2005사업연도 및 2006사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제10조 제1항 제2호의 규정에 의거 기업부설연구소로 인정받은 위 주식회사 SSSS연구소에서 연구 및 인력개발비로 사용한 금원의 각 100분의 15에 해당하는 금액[2005사업연도 90,951,912원(=606,346,081원×0.15, 원 미만 생략), 2006사업연도 102,188,053원 (=681,253,688원×0.15, 원 미만 생략)을 세액공제액으로 하여 2005사업연도 법인세와 2006사업연도 법인세를 각 신고하였다.

다. 원고는 2008. 6. 24. 피고에게 ① 기업부설연구소의 신고일 이전에 발생한 연구 원 인건비 27,003,290원도 구 조세특례제한법 제10조에서 규정한 연구 및 인력개발비로 인정되어야 하고, ② 2005사업연도 및 2006사업연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 대하여 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호가 적용되어야 한다고 주장하며, 2005사업연도 세액 공제액 316,674,685원{ =633,349,371원( =606,346,081원+27.003.290 원)×0.15,원 미만 생략}, 2006사업연도 세액공제액 261,458,172원(원고가 소장에 기재 한 261,458,173원은 위 금액의 오기로 보인다)[ ={681,253,688원-633,349,371원 ( =606,346,081원+27,003,290원)/4×12/12}×0.5, 원 미만 생략]을 적용하여 2005사업연도 법인세 및 2006사업연도 법인세를 경정하여 줄 것을 청구하였고, 피고는 2008. 7. 21. 원고에게 ① 연구개발전담부서를 신고하고 인정서를 교부받은 경우 당해 신고일 이후 발생되는 연구개발비에 대하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것이므로, 신고일 이전에 지출된 비용은 세액공제 대상이 아니며, ② 구 조세특례제한법 제10조의 규정에 의거 4년간 발생한 연구인력개발비의 연평균발생액을 계산함에 있어 당해 사업연도의 개시일로부터 소급하여 4년간 발생한 연구인력개발비가 없을 경우에는 연평균발생액을 기준으로 세액공제를 받을 수 없는 것이므로, 원고의 경우 연 평균발생액 기준을 적용할 수 없다 라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하, '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 2008. 9. 30. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2008. 12. 31. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제3호증 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의주장

1) 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받기 위하여는 과학기술부장관에게 연구 전담부서의 신고를 마쳐야 하는 것은 아니고 그 요건만 갖추면 되는 것이므로, 2005. 1.부터 연구개발전담부서를 실질적으로 운영하여 발생한 연구원 인건비 27,003,290원 을 세액공제대상에서 추가하여야 한다.

2) 2005사업연도 및 2006사업연도 연구 및 인력개발비에 대하여 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호에 의하여 당해 금액에 50%를 곱하여 계산한 금액이 세액공제로 적용되어야 한다.

3) 그러함에도 피고는 원고의 위와 같은 취지의 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였으니, 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 기업부설연구소로 인정받기 전에 주식회사 SSSS연구소에서 발생한 인건비를 세액공제대상에 포함할 수 있는지 여부

구 조세특례제한법 제10조 제1항, 조세특례제한법 시행령((2007. 2. 28. 대통령 령 제19888호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법 시행령'이라 한다) 제9조 제2항에 의하면 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 구 조세특례제한법 시행령 별표 6의 비용이 있는 경우 위 비용에 대하여 세액공제를 적용받을 수 있고, 위 [별표 6] 1. 기술개발 가.란의 ①은 전담부서의 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비 를 규정하고 있는바, 조세특례제한법 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제548호로 일부개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법 시행규칙'이라 한다) 제6조 제2항은 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직간접적으로 지원하는 자 로 규정하고 있고, 전담부서 란 구 조세특례제한법 시행규칙 제6조 제1항에서 기술개발촉진법 시행규칙 제7조의 규정에 의하여 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서 라고 규정하고 있다.

이에 의하면, 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 기술개발촉진법 시행규칙 제7조의 규정에 의하여 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서의 연구비만이 구 조세특례제한법 제10조 제1항에 의한 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상이 되는 것 이라 판단되므로, 원고가 한국산업기술진흥협회장으로부터 주식회사 SSSS연구소를 기업부설연구소로 인정받은 2005. 6. 27. 이전에 지출한 연구비 27,003,290원은 구 조세특례제한법 제10조의 규정에 의한 세액공제의 대상이라 할 수 없다.

따라서,원고의이부분주장은이유없다.

2) 2005년 최초로 발생한 연구 및 인력개발비가 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 규정에 의거 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방식 적용대상에 해당하는지 여부

구 조세특례제한법 제10조 제1항은 중소기업이 2006. 12. 31. 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우에는, ① 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 법인세에서 공제하는 방법, ② 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비의 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 법인세에서 공제하는 방법 중 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다 고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법시행령 제9조 제4항 은 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시 일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다 고 규정하고 있다.

살피건대, 구 조세특례제한법 제10조의 입법취지가 연구 및 인력개발비 투자에 대하여 납세의무자에게 보다 많은 세액공제의 혜택을 줌으로써 연구 및 인력개발을 촉진하였는데 있는 점, 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호, 제2호의 규정형식, 구 조세특례제한법시행령 제9조 제4항의 규정 내용 등에 비추어 보면, 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 직전 4년간 지출된 바 없이 당해 과세연도에 비로소 지출되었더라도 그 투자액 전부를 증액부분으로 보아 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호, 구 조세특례제한법시행령 제9조 제4항의 공제방법에 의한 세액공제를 허용하여야 할 것이 고, 위와 같이 해석하는 것이 조세공평주의에 반하여 합리적 이유 없이 조세감면요건을 확장해석하였다거나 유추해석하였다고 할 수 없다.

2005사업연도 연구 및 인력개발비에 대하여 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호에 의하여 세액공제하는 경우, 그 세액공제액은 303,173,040원( =606,346,081원 ×0.5, 원 이하 생략, 이하 같다)이어서, 같은 항 제2호에 의한 세액공제액 90,951,910 원( =606,346,081원×0.15)보다 크므로, 2005사업연도 연구 및 인력개발비에 대하여는 원고에게 유리한 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호에 의하여 세액공제를 하여야 한다.

따라서 피고가 2008. 7. 21. 원고에 대하여 한 2005사업연도 법인세 225,722,770원의 경정청구거부처분 중 13,501,640원{=225,722,770원(303,173,040원 -90,951,910원)}을 초과하는 부분에 대한 경정거부처분은 위법하다.

3) 2006사업연도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제

2006사업연도 연구 및 인력개발비에 대하여 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호에 의하여 세액공제하는 경우, 그 세액공제액은 37,453,800원 ([ =681,253,688원 -{606,346,081원X48/12(연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도 개시일까지 12월 동안 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액)}/4]×0.5, 원 이하 생략으로 같은 항 제2호에 의한 세액공제액 102,188,050원(=681,253,688원×0.15)보다 적으므로, 2006사업연도 연구 및 인력개발비에 대하여는 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제2호에 의하여 세액공제를 하여야 한다.

따라서피고가2008. 7. 21. 원고에대하여한2006사업연도법인세159,270,120원의경정청구거부처분은적법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분 중 2005사업연도 법인세 225,722,770원의 경정청구거부처분 중 13,501,640원을 초과하는 부분에 대한 경정거부처분은 위법하여, 위 부분은 취소되어야 하므로, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문