2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. CCC는 2005. 3. 14. 원고 및 주식회사 DD종합건설(이하 'DD종합건설'이라함)과 사이에, CCC 소유인 'OO시 OO면 OO리 OOO-O 대 6,769.3㎡ 중 1/4 지분'(이하 '이 사건 토지'라 함)을 대금 30억 원에 매도하는 계약(이하 '이 사건 매매계약'이라 함)을 체결하면서, 계약금 2,000만 원은 계약 때 받고, CCC의 대출금채무 14억6,000만 원을 매수인이 인수하며, 잔금 15억 2,000만 원은 아래 나.항 기재 공사계약에따른 DD종합건설의 공사대금채권 일부와 상계하기로 약정하였다.

나. CCC의 배우자 EEE은 같은 날 DD종합건설과 사이에, EEE 소유 토지에 모텔 건물을 신축하는 내용의 공사도급계약을 도급금액 25억 원에 체결하였다. 이후 DD종합건설은 위 신축공사를 완료하고 2006. 7. 3. 건물에 대한 사용승인을 받았다.

다. 그런데 위 모텔의 하자보수와 관련한 분쟁이 생겨, CCC와 원고는 민사소송, 형사고소 등을 거치면서 2007. 7. 27. 이 사건 매매계약의 내용 중 매매대금을 23억원으로 변경한 계약서를 다시 작성하였고, 2007. 8. 23. 이 사건 토지에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

라. 원고는 2011. 7. 29. FFF 등에게 이 사건 토지를 양도하고, 2011년 귀속 양도소득세를 신고하면서 이 사건 토지의 취득가액을 30억 원으로 산정하여 신고, 납부하였다.

마. 피고는 CCC에 대한 세무조사를 거쳐, CCC와 원고 사이의 이 사건 토지의 매매대금을 CCC가 신고한 23억 원이 아니라 30억 원임을 전제로 한 후, 여기서 CCC가 주장하는 위 모텔의 하자보수에 들어간 추가공사비 285,111,267원을 뺀 2,714,888,733원으로 결정하여, CCC에게 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세 경정결정을 하였다.

바. 이후 피고는 2012. 8. 9. 원고에게, 이 사건 토지의 매매와 관련하여 CCC의 양도가액을 위와 같이 2,714,888,733원으로 경정하였으므로 원고의 취득가액도 같은 금액으로 보아야 한다는 이유로 2011년도 귀속 양도소득세를 경정하여 원고에게 주문 기재 금액을 경정, 고지(이하 '이 사건 처분'이라 함)하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 12호증의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고가 이 사건 매매계약의 매매대금 30억 원에서 공제하기로 결정한 285,111,267원은 위 모텔이 준공된 이후 EEE이 그 하자 보수를 위해 지출한 비용이고, 실질적으로는 원고와 DD종합건설이 부담한 것이다. 따라서 피고가 이를 공제하여 원고의 양도소득세를 계산한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

소득세법 제96조(양도가액)

① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 실지거래가액 이라 한다)에 따른다.

제97조(양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. [...]

다. 판단

1) 양도소득세의 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어서 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시의 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 말한다(대법원 1999. 2. 9. 선고 97누6629 판결 참조).

2) 살피건대, 앞서 든 증거들과 을 1 내지 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합해 보면, CCC와 원고는 당초 이 사건 토지의 매매대금을 30억 원으로 정하여 계약을 체결하였고, 그 대금 지급방법으로 정해진 대출금채무의 인수 및 모텔 건물의 신축공사는 모두 이행된 사실, 그런데 준공된 건물의 하자와 관련하여 분쟁이 생기자 이를 해결하는 과정에서 매매대금을 23억 원으로 변경한 계약서를 다시 작성한 사실, 한편, 이 사건 토지의 매매계약상 정당한 약정 매매대금은 23억 원이 아니라 30억원임은 피고도 인정하고 있는 사실을 알 수 있고, 여기에 피고가 주장하는 모텔의 하자보수비용은 이 사건 매매계약이 모두 이행된 후의 사후적 사정인 점, 더구나 모텔신축공사계약의 당사자는 원고가 아닌 DD종합건설인 점 등을 종합해 보면, 모텔에 대한 하자보수비 상당을 원고의 이 사건 토지의 취득가액에서 공제하는 것은 부당하다 할 것이다.

3) 따라서 피고가 모텔 하자보수비 상당을 토지의 취득가액에서 공제하여 나온 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

결국 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로, 주문과 같이 판결한다.