2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2005. 10. 11. 한XX이 대표이사가 된 후 2008. 5. 8. 폐업시까지 금지금(金地金, 금괴・골드바 등 원재료 상태로서 순도가 1000분의 995이상인 금을 말한다) 도매업을 영위하고 있는 법인인바, 2005년 2기 과세기간부터 2008년 1기 과세기간까지 금지금 57,069,698,303원 상당을 매입하고, 위 금지금을 57,267,560,000원에 매출한 것으로 하여 피고에게 부가가치세 등을 신고・납부하였다.

나. 서울지방국세청장은 2008. 4.경 원고에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 원고가 폭탄업체(금지금을 영세율 또는 면세로 매입하여 과세금으로 판매한 다음 단기간 내에 이익금을 전액 인출・은닉하고 폐업하는 방법으로 부가가치세를 포탈하는 업체) 및 도관업체와 공모하여 금지금을 조직적으로 변칙거래함으로써 부가가치세를 부당공제받은 것으로 보아 원고가 주식회사 XX지에스(이하 'XX지에스')등으로부터 수취한 2005년 2기 과세기간부터 2007년 1기 과세기간까지 공급가액 합계 52,370,420,000원 상당의 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서')가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 조사하여 피고에게 통보하였다.

다. 피고는 서울지방국세청장의 위 조사 결과통보에 따라 2008. 5. 2. 원고에 대하여 2005년 2기분 부가가치세 1,200,208,230원, 2006년 1기분 부가가치세 2,696,600,850원, 2006년 2기분 부가가치세 2,471,799,500원, 2007년 1기분 부가가치세 1,069,762,910원, 2005년 사업연도 법인세 166,003,900원, 2006년 사업연도 법인세 748,307,380원, 2007년 사업연도 법인세 133,097,130원의 각 부과처분(이하 '이 사건 처분')을 하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2008. 8. 1. 조세심판원에 조세심판을 청구하였으나, 위 청구는 2010. 8. 20. 기각되었다.

[인정근거]다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 3호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장 및 쟁점

1)원고의 주장

원고는 금지금에 대한 매입・매출거래시마다 그 거래대금 상당의 세금계산서를 주고받았고 거래명세표를 작성하였으며 그 매입대금은 인터넷뱅킹을 통한 계좌이체의 방법으로 지급하는 등 실제로 금지금 실물거래를 하였고, 거래 당시에 폭탄업체의 존재를 알지 못하였을 뿐만 아니라 폭탄업체오 공모한 사실도 없으므로, 이 사건 처분은 근거과세원칙, 실직과세원칙을 위반한 것으로서 위법하다.

2)피고의 주장

원고의 거래에는 폭탄업체가 항상 존재하고, 원고는 시장상황과 관계없이 일정한 액수의 이윤을 취하고 있으며, 고액거래임에도 불구하고 이에 대한 이행보증 등의 안전장치를 전혀 마련하지 않았고, 실물이 이동한 후 대금결제가 실물이동의 역순으로 이루어지는 등의 사정에 비추어 원고는 조세를 포탈할 목적으로 다른 업체들과 사전에 공모하여 거래한 것이므로，신의칙상 이 사건 세금계산서 내역을 부가가치세 과세표준에서 공제하지 않은 이 사건 처분은 적법하다.

3) 이 사건의 쟁점

따라서 이 사건의 쟁점은 이 사건 세금계산서를 부가가치세법 제17조 제2항 에 의하여 매출세액에서 공제하지 않을 수 있는지 여부인바，이하에서는 ① 원고가 실제로 매입거래를 했는지 여부，② 원고에게 신의성실의 원칙을 적용하여 매입세액의 공제를 부인할 수 있는지 여부 및 신의성실의 원칙을 적용할 수 있다면 원고가 이 사건 금지금 거래를 함에 있어 그 전에 있었던 일련의 거래과정에 매출세액의 포탈을 목적으로 부정거래를 하는 악의적 사업자가 존재하고 그로 인하여 원고에 대한 매입세액 공제・환급이 다른 조세수입의 감소를 초래한다는 사정을 알았거나 중대한 과실로 이를 알지 못하였는지 여부에 관하여 순차로 살펴본다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 2005. 10. 20.부터 2005. 11. 1.까지 주식회사 △△골드(이하 '△△골드')로부터 금지금을 매입하면서 금지금의 매매에 따른 물품매매계약서를 작성하고 거래에 따라 거래명세표를 작성하였으며 금지금을 인도받음과 동시에 물품인수증을 발급하였 다. 이에 따라 △△골드로부터 세금계산서를 받고 △△골드에게 각 세금계산서의 합계금액(공급가액에 세액을 합산한 금액，이하 같다)을 인터넷뱅킹을 통하여 계좌이체 하였다.

2) 원고는 2006. 1. 2.과 같은 달 3. 및 2006. 7. 3. 주식회사 △△귀금속(이하 '△△귀금속') 및 XX지에스로부터 금지금을 매입하면서 위와 마찬가지로 물품매매계약서 등을 작성하고 거래명세표를 작성하였으며 금지금을 인도받으면서 물품인수증을 발급하였다. 이에 따라 위 거래처들로부터 세금계산서를 받고 위 거래처들에게 각 세금계산서의 합계금액을 인터넷뱅킹을 통하여 계좌이체 하였다.

3) 원고는 2007. 1. 2. XX지에스로부터 금지금을， □□귀금속으로부터 지은을 각 매입하면서 물품매매계약서， 거래명세표 및 물품인수증을 작성하고 세금계산서 수수에 따라 그 합계금액을 인터넷뱅킹을 통하여 계좌이체 하였다.

4) 피고는 2004. 12. 3. 주식회사 OO쥬열리， 2006. 11. 10. △△골드， 2007. 5.

30. XX지에스， 2007. 12. 17. △△귀금속을 각 자료상으로， 2007. 8. 31. 주식회사 AA호를 조세포탈범으로 각 검찰에 고발하여 그 중 XX지에스의 대표이사만이 기소되었는데， XX지에스의 대표이사는 공소사실 중 사실과 다른 세금계산서를 발행 하였다는 범죄사실이 아닌 위계 기타 부정한 행위로 부가가치세를 포탈하였다는 범죄 사실로 유죄판결을 받았을 뿐이고， 여기에 원고와 공모하였다는 내용은 없었다.

5) 서울지방국세청장은， 원고와 원고의 대표이사가 이 사건 매입처 등과 공모 하여， 뒷금을 양성화하는 과정에서 사기 기타 부정한 행위로 부가가치세를 포탈하고， 이 사건 매입처로부터 실제 금지금을 공급받은 사실이 없음에도 공급받은 것처럼 가장하여 허위세금계산서를 교부받았다고 주장하며 원고와 원고의 대표이사를 서울중앙지방검찰청에 고발하였다. 그런데 원고와 원고의 대표이사는 2009. 3. 23. 위와 같은 내용의 피의사실에 관하여 기소유예 처분을 받았다. 구체적으로， 원고의 대표이사가 폭탄 업체의 부가가치세 포탈행위에 최종 도관업체의 역할을 통해 순차 가담하였다는 피의 사실에 관하여는， 가담 정도가 경미하고 그로 인한 수익이 그리 많지 않은 점 등이 참 작되어 기소유예 처분이 내려졌고， 이 사건 매입처로부터 허위세금계산서를 교부받았다는 피의사실에 관하여는， 원고가 금지금 실물을 거래한 사실이 인정되고 달리 금지 금을 공급받지 않고 세금계산서를 교부받았다는 점을 인정할 증거가 없어 혐의가 없다 고 판단하였으나 부가가치세 포탈행위에 관하여 기소유예 처분이 내려져 따로 주문에 표시되지는 않았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제4 내지 23호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

라.판단

1)원고가 실제로 매입거래를 했는지 여부

가) 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것， 이하 '구 부가가치세법') 제1조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로서 '재화의 공급' 을 규정하고 있고， 제6조 제l항은 '재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다'고 규정하고 있다. 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때， 부가가치세법 제6조 제1항의 인도 또는 양도는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용 ・ 소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함한다. 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법에 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양， 이익의 귀속주체， 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적・구체적으로 판단하여야 하며， 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청 이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조).

나) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대， 앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면， 원고의 이 사건 거래가 뒷금을 양성화하기 위한 명목상의 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 존재하지 않았다고 단정하기는 어렵고，달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 이 사건 거래에 따라 수취한 이 사건 세금계산서 역시 그 계산서상의 공 급자와 실제 공급자가 다르게 기재된 것으로서 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다고 보기는 어려우므로，이에 대한 원고의 주장은 이유 있다.

① 원고는 이 사건 매입처로부터 금지금을 매입하면서 물품매매계약서 (물품매도확약서)， 거래명세표를 작성하였고， 이 사건 매입처로부터 금지금을 인도받음과 동시에 물품인수증(실물거래확인서)을 발급하였으며，세금계산서를 교부받고 그 대금을 인터넷뱅킹을 통해 지급하였다.

② 원고는 위와 같이 매입한 금지금을 제조업체에게 판매하여 인도한 다음 그 대금을 지급받고 매출세금계산서를 교부하였다. 또한， 원고는 이 사건 거래 및 매입한 금지금을 매출한 내역을 상품수불부에 기재하였다.

③ 피고가 원고와 거래한 매입처를 자료상 등의 혐의로 고발한 사실은 인정되나， XX지에스의 대표이사만 기소되었고， 사실과 다른 세금계산서를 발행하였다 는 범죄사실이 아닌 위계 기타 부정한 행위로 부가가치세를 포탈하였다는 범죄사실로 유죄판결을 받았을 뿐이고， 위 판결의 내용에 의하더라도 XX지에스가 원고에게 면세 금지금을 매출한 사실이 인정된다.

④ 서울중앙지방검찰청도 서울지방국세청장이 원고를 고발한 사건에서 원고가 금지금 실물을 거래한 사실이 인정되고 달리 금지금을 공급받지 않고 세금계산서를 교부받았다는 점을 인정할 증거가 없다고 판단하였다.

⑤ 피고는，원고의 대표이사가 원고 법인을 인수하기 전에 금지금 도매 업체인 AA골드 주식회사(이하 'AA골드')를 운영하면서 면세 금지금을 이용하여 폭탄영업을 하다가 피고로부터 과세된 전력이 있다는 점을 들어 이 사건 거래 또한 명목상의 거래라고 주장하나， AA골드에 대한 위 과세처분의 취소소송에서 AA골드의 금 지금 매입거래가 명목상의 거래라고 단정할 수 없다는 이유로 위 과세처분을 취소하는 판결이 선고되어 확정(대법원 2009. 12. 24. 선고 2009두15388 판결)되었다.

⑥ 일련의 금지금 거래과정 중에 이른바 폭탄업체가 존재한다고 하여 이 사건 거래를 명목상의 거래라고 단정할 수는 없고， 이른바 뒷금을 매입한 것은 원고가 아니라 이 사건 매입처를 포함하여 원고의 전 단계 업체들이고 원고는 이 사건 매입처로부터 이를 매입한 것으로 보인다.

2) 신의성실의 원칙 적용 여부

가) 구 부가가치세법 제15조， 제17조 제1항에서 채택하고 있는 이른바 전단계 세액공제 제도의 구조에서는 각 거래단계에서 징수되는 매출세액이 그에 대응하는 매입세액의 공제 ・ 환급을 위한 재원이 되므로， 그 매출세액이 제대로 국가에 납부되지 않으면 부가가치세의 체제를 유지하는 것이 불가능하게 된다. 따라서 만일 연속되는 일련의 거래에서 어느 한 단계의 악의적 사업자가 당초부터 부가가치세를 포탈하려고 마음먹고， 오로지 부가가치세를 포탈하는 방법에 의해서만 이익이 창출되고 이를 포탈 하지 않으면 오히려 손해만 보는 비정상적인 거래(부정거래)를 시도하여 그가 징수한 부가가치세를 납부하지 않는 경우， 그 후에 이어지는 거래단계에 수출업자와 같이 영 세율 적용으로 매출세액의 부담 없이 매입세액을 공제 ・ 환급받을 수 있는 사업자가 있다면 국가는 부득이 다른 조세수입을 재원으로 삼아 그 환급 등을 실시할 수밖에 없는 바，이러한 결과는 소극적인 조세수입의 공백을 넘어 적극적인 국고의 유출에 해당되는 것이어서 부가가치세 제도 자체의 훼손을 넘어 그 부담이 일반 국민에게 전가됨으로써 전반적인 조세체계에까지 심각한 폐해가 미치게 된다. 수출업자가 그 전단계에 부정거래가 있었음을 알면서도 아랑곳없이 그 기회를 틈타 자신의 이익을 도모하고자 거래에 나섰고， 또한 그의 거래 이익도 결국 앞서의 부정거래로부터 연유하는 것이며 나아가 그의 거래 참여가 부정거래의 판로를 확보해 줌으로써 궁극적으로 부정거래를 가능하게 한 결정적인 요인이 되었다면， 이는 그 전제가 되는 매입세액 공제 ・ 환급제 도를 악용하여 부당한 이득을 추구하는 행위이므로， 그러한 수출업자에게까지 다른 조세수입을 재원으로 삼아 매입세액을 공제・환급해 주는 것은 부정거래로부터 연유하는 이익을 국고에 의하여 보장해 주는 격이 됨은 물론 위에서 본 바와 같은 전반적인 조세체계에 마치는 심각한 폐해를 막을 수도 없다. 따라서 이러한 경우의 수출업자가 매입세액의 공제・환급을 구하는 것은 보편적인 정의관과 윤리관에 비추어 도저히 용납될 수 없으므로， 이는 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제 15조에서 정한 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 허용될 수 없다. 이러한 법리는 공평의 관점과 결과의 중대성 및 보편적 정의감에 비추어 수출업자가 중대한 과실로 인 하여 그와 같은 부정거래가 있었음을 알지 못한 경우， 곧 악의적 사업자와의 관계로 보아 수출업자가 조금만 주의를 기울였다면 이를 충분히 알 수 있었음에도， 거의 고의 에 가까운 정도로 주의의무를 현저히 위반하여 이를 알지 못한 경우에도 마찬가지로 적용된다고 보아야 하고， 그 수출업자와 부정거래를 한 악의적 사업자 사이에 구체적 인 공모 또는 공범관계가 있은 경우로 한정할 것은 아니다(대법원 2011. 1. 20. 선고 2009두13474 전원합의체 판결 참조). 물론 위와 같은 사유가 있다 하여도 부정거래의 존재를 전혀 알 수 없는 상황에서 거래를 한 수출업자라면 원칙적으로 구 부가가치세 법이 정하는 바에 따라 매입세액을 공제・환급받을 수 있음을 부인하여서는 안 될 것 이고，악의적 사업자와 수출업자 사이의 과세사업자는 일련의 변칙적 금지금 거래에 있어서 필수적인 존재가 아닐 뿐만 아니라 수출업자와 악의적 사업자 사이의 도관 역할만 할 뿐이어서 그의 매입세액 공제를 인정하더라도 매출세액과 매입세액의 차액이 국가에 납부되므로 국고에 직접적 손실이 발생하지 않으며， 또한 전단계세액 공제 제도의 근간을 유지하는 데에는 최종단계에 있는 수출업자의 매입세액 공제・환급을 제한하는 것으로 족하고 더 나아가 그 중간의 과세사업자의 매입세액 공제마저 부인하는 것은 국가가 부당한 이득을 취하는 결과에 이르게 된다는 점에 비추어 보면， 위와 같은 신의성실의 원칙은 수출에 대한 영세율 적용에 의하여 매입세액을 공제・환급받는 경우에 대하여만 적용되고 국내의 과세거래에 관련된 매입세액의 공제・환급에 대하여는 적용될 수 없다고 할 것이다(대법원 2011. 2. 10. 선고 2009두23594 판결 참조).

나) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대，앞서 본 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정，즉 ① 원고는 실제로 금지금 거래를 하고 이 사건 세금계산서를 비롯한 매입・매출세금계산서를 수수하였고， 원고의 이 사건 매입거래는 구 부가가치세법에서 명문으로 규정하고 있는 매입세액 공제 부인 사유인 가공거래가 아닌 점은 앞서 본 바와 같은바，명문으로 규정하고 있지 않은 신의성실의 원칙을 적용하여 매입세액 공제를 부인하려면 조세법률주의의 취지에 비추어 그 적용을 엄격하게 해석해야 할 필요가 있는 점，② 원고는 폭탄업체 와 최종 매입처 사이의 중간 과세사업자로서 변칙적 금지금 거래에 있어서 폭탄업체와 최종 매입처 사이의 도관역할만 할 뿐 필수적인 존재가 아닌 점，③ 원고의 매입세액 공제를 인정하더라도 매출세액과 매입세액의 차액이 국가에 납부되므로 원고에 의해서는 국고에 직접적 손실이 발생하지 않을 것으로 보이는 점，④ 최종 매입사업자의 매입세액 공제・환급을 제한하는 것으로 전단계세액 공제제도의 근간을 유지할 수 있는 점，⑤ 신의성실의 원칙을 근거로 원고의 매입세액 공제를 부인하면 부인된 부분의 부가가치세 및 가산세만큼 국가가 이득을 취하는 결과에 이르는 점 등을 종합하면， 원고에게 신의성실의 원칙을 적용하여 이 사건 세금계산서 매입세액의 공제를 부인할 수는 없다고 보이므로，나머지 부분에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 이 사건 세금계산서 매입세액의 공제를 부인한 이 사건 처분은 위법하다(설사 원고에게도 신의성실의 원칙을 적용할 수 있다고 보더라도，피고의 주장과 같이 이 사건 거래에 이르기까지의 일련의 단계에 부가가치세를 납부하지 않고 폐업 등을 하는 이른바 폭탄업체가 개입되어 있고， 이 사건 거래과정에서 거래처간 지급보증을 담보하는 안전장치가 없으며， 일부 매입처에게 대금을 후불로 지급하고， 통상적인 금지금 거래와 달리 특정 매입처와 일정한 마진거래를 하는 등 납득하기 어려운 정황들이 존재한다는 사정만으로， 원고가 이 사건 금지금 거래를 함에 있어 그 전에 있었던 일련의 거래과정에 매출세액의 포탈 을 목적으로 부정거래를 하는 악의적 사업자가 존재하고 그로 인하여 원고에 대한 매 입세액 공제・환급이 다른 조세수입의 감소를 초래한다는 사정을 알았거나 중대한 과 실로 이를 알지 못하였다고 인정하기 부족하고，달리 이를 인정할 만한 증거가 없다).

3. 결 론

그렇다면，원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여，주문과 같이 판결한다.