2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4호증의 1 내지 4, 을 제1 내지 6호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 아래 각 사실이 인정된다.

가. 원고는 자동차 수입·판매업 등을 영위하는 회사로서 1996. 12. 26. 자동차 정비공장으로 사용할 목적으로 사업자인 조봉한으로부터 그 소유의 별지목록 제1. 기재의 각 토지 및 그 지상의 같은 목록 제2. 기재의 각 건물(이하 통틀어 '이 사건 건물'이라고만 한다)을 대금 10,586,850,000원에 매수하고 조봉한에게 계약금 2,117,000,000원을 지급하면서, 1997. 3. 31.에 1차 중도금 1,588,000,000원, 같은 해 6. 30.에 2차 중도금 같은 금액, 같은 해 8. 30.에 잔대금 5,293,850,000원을 각 지급하기로 약정하였는데, 위 대금 가운데 부가가치세 과세대상인 이 사건 건물에 대한 부분은 계약금 중 금 240,553,930원, 1,2차 중도금 중 각 금 180,443,860원, 잔대금 중 금 180,443,860원, 합계 금 781,885,510원이었다

나. 그 후 원고는 위 매매계약에 따라 위 조봉한에게 각 약정지급일에 위 각 토지 및 건물의 대금을 모두 지급하였으나, 그로부터 계약금 및 1, 2차 중도금 지급시마다 이 사건 건물의 공급가액에 대한 세금계산서를 발급받지 않고 있다가 잔대금 지급일인 1997. 8. 30.에 이르러서야 각 그 세금계산서를 일괄하여 작성받으면서, 위 각 세금계산서의 작성 및 인도연월일을 각 실제 대금지급일로 하여 1996. 12. 26.자 공급가액 240,553,930원, 세액 24,055,393원, 1997. 3. 31.자 및 같은 해 6. 30.자 각 공급가액 180,443,860원, 세액 18,044,386원의 각 세금계산서를 교부받았다.

다. 한편, 원고는 피고에게 법정신고기한 내인 1997. 1. 25.과 같은 해 7. 25.에 각각 1996년도 제2기분 및 1997년도 제1기분의 부가가치세 확정신고를 함에 있어 이 사건 건물의 공급에 대한 부가가치세액을 매입세액에 포함시키지 아니하였다가, 위와 같이 각 그 과세기간이 경과한 후 매도인으로부터 작성일자가 소급된 세금계산서를 작성받게 되자, 같은 해 10. 27. 피고에게 국세기본법 제45조의2 제1항 에 의하여 위 각 세금계산서에 의한 매입세액을 추가로 공제받기 위하여 1996년도 제2기분 부가가치세 중 위 매입세액 24,055,393원, 1997년도 제1기분 부가가치세 중 위 매입세액 36,088,772원(＝18,044,386×2)부분에 대한 부가가치세 과세표준 및 세액 경정청구를 하였다.

라. 피고는 1998. 1. 19. 원고에 대하여 위 각 세금계산서는 과세기간 경과 후에 교부받은 것으로서 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 부가가치세법(이하 '법'이라고만 한다) 제17조 제2항 제1의2호 에 의하여 위 각 매입세액을 공제하여 경정처리할 수 없다는 취지로 회신함으로써 원고의 위 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

법 제9조 제1항 , 같은법시행령(이하 '시행령'이라고만 한다) 제21조 제1항 제4호 , 같은법시행규칙 제9조 에 의하면 재화가 인도 또는 이용 가능하게 되기 전에 계약금 이외의 대가를 지급하는 경우로서 대금지급 약정기간이 6개월 이상인 중간지급조건부 재화의 공급에 있어서는 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 재화의 공급시기가 되고, 법 제16조 제1항 , 시행령 제53조 제1항 , 제54조 에 의하면 납세의무자로 등록한 사업자가 재화를 공급하는 때에는 그 거래시기마다 그때 그때의 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성연월일 등 필요적 기재사항 및 인도연월일 등 임의적 기재사항이 기재된 세금계산서를 공급을 받는 자에게 교부함이 원칙이나, 거래처별로 월합계 세금계산서를 교부하거나 관계 증빙서류 등에 의하여 실제 거래사실이 확인되는 경우로서 당해 거래 일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 때에는 재화의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있도록 하는 세금계산서의 교부특례가 인정되고 있다. 또한 법 제17조 제1항 , 제2항 제1의2호 , 시행령 제60조 제2항 에 의하면 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제하는 이른바 소비형 중 전단계세액공제법에 의하되, 교부받은 세금계산서의 내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액 공제가 배제되는 것이나, 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었더라도 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재 사항으로 보아 거래사실이 확인되는 때에는 매입세액을 공제하도록 하고 있다.

나. 판 단

(1) 살피건대, ① 법상 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류이고 그것을 거래시기에 발행, 교부하게 한 것도 결국은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것인 점, ② 불실기재된 세금계산서에 의한 매입세액공제를 배제하는 법의 취지는 그러한 세금계산서의 경우 부가가치세액의 계산자료 내지 과세관청이 사업자간의 거래상황을 파악하는 과세자료로서의 기능을 다할 수 없다는 점에 착안하여 그와 관련있는 불성실한 사업자에 대한 징벌의 의미에서 매입세액을 공제받지 못하도록 하는 것인 점, ③ 세금계산서가 사실과 다른 경우를 지나치게 엄격하게 해석하여 사실에 반하는 기재가 포함된 모든 세금계산서에 대하여 일체의 매입세액 공제를 허용하지 아니할 경우 당장 공급자로부터 작성받은 세금계산서에 의하여 매입세액 공제를 받고자 하는 납세자에게 적지 않은 어려움을 가져올 것이 예상될 뿐만 아니라, 나아가 투입된 자본재 등에 대한 부담세액의 정당한 전가와 누적과세의 회피를 목적으로 한 매입세액 제도의 취지를 몰각시켜 부가가치세법의 기본골격에도 반하는 결과가 되는 점, ④ 법 제16조 제1항 , 시행령 제54조 가 세금계산서 교부의 특례를 인정하여 공급시기에 작성되지 아니한 세금계산서의 경우에도 일정한 요건하에 매입세액 공제를 인정하고 있음에 비추어 세금계산서의 교부시기와 실제의 거래시기가 반드시 일치하여야 할 절대적인 필요가 있는 것도 아닌 점 등을 종합하여 보면, 세금계산서가 위 법 제16조 제1항 , 시행령 제54조 의 규정에 맞지 않는 날에 작성, 교부되었다고 하더라도 그 기재사항에 의하여 거래사실이 확인되어 증빙서류의 역할을 다하는 세금계산서라고 한다면 적법한 세금계산서로 인정하여 그에 따른 매입세액을 공제하여야 할 것이고, 다만 세금계산서에 재화의 공급시기를 사실과 달리 기재한 경우에는 법이 과세기간별로 매출세액과 매입세액에 의한 부가가치세 과세표준을 정하고 있음에 비추어 비록 실지 거래사실이 있는 경우라도 과세기간을 달리한 매입세액의 공제는 인정될 수 없다고 하겠다.

(2) 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 매입세액을 공제받기 위하여 제출한 위 각 세금계산서는 공급의 시기나 과세기간이 경과된 후에 실제의 공급시기에 맞추어 소급 작성, 교부된 것이어서 법 제16조 제1항 에 반하고 시행령 제54조 제3호 의 세금계산서 교부특례에도 해당하지 않음이 명백하다 할 것이나, 한편 위 각 세금계산서는 그 작성연월일이 실제 작성일과 다를 뿐 나머지 기재사항이 모두 진실로서 그 기재 내용대로 거래사실이 확인되는 것이어서 사실과 다르게 작성된 것이라 할 수는 없고( 대법원 1988. 2. 9. 선고 87누964 판결 등 참조), 실제 거래는 있었으나 세금계산서의 작성일자와 실제 '재화의 공급시기'가 과세기간을 달리함으로써 당해 세금계산서가 그 과세기간 내의 속한 실제거래에 의한 매입 세액을 반영하지 못하여 결과적으로 사실과 다른 세금계산서가 됨에 따라 매입세액을 공제할 수 없는 경우( 대법원 1993. 8. 24. 선고 92누18993 판결 등 참조)와는 구별된다 하겠으므로, 결국 위 각 세금계산서에 의한 매입세액은 해당 거래가 있었던 1996년도 제2기분 및 1997년도 제1기분 부가가치세의 매출세액에서 공제되어야 할 것임에도 피고는 위 각 세금계산서가 실제 거래일이 속하는 과세기간 이후에 작성되었고 위 시행령 제54조 제3호 의 세금계산서 교부특례에 해당하지 않는다는 사유만으로 이를 매입세액의 공제가 배제되는 사실과 다른 세금계산서라고 보고서 부가가치세 매입세액 공제에 관한 원고의 경정청구를 받아들이지 아니하였으니 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면 위 인정 사유를 들어 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 김정술(재판장) 이정석 이재권

심급 사건

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