부가가치세법 시행령 제49조

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 수원시 권선구 XX동 576-1 소재 대지 지상에 연면적 835.75㎡의 7층 건물(이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축하여 2006. 12. 8. 소유권보존등기를 경료하였다. 원고는 사건 건물의 5 내지 7층은 주택, 1 내지 4층은 근린생활시설로 준공허가를 받았으나 준공 직후 2 내지 4층(이하 '이 사건 쟁점부분'이라 한다)을 원룸주택으로 개조하여 임대하였다.

나. 원고는 2006. 5. 6. 부동산 매매업으로 사업자등록을 마친 후, 이 사건 건물의 신축공사비용 중 1 내지 4층 부분의 공사비 338,400,000원에 대한 매입세금계산서를 교부받아 피고에게 2006년 1기부터 2007년 제1기까지 과세기간에 대한 부가가치세 신고를 하였다.

다. 피고는, 원고가 당초 근린생활시설로서 부가가치세 과세대상인 상가임대의 목적으로 건축한 이 사건 쟁점부분을 원룸주택으로 개조하여 부가가치세가 면제되는 주택 임대사업을 한 것은, 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제2항, 부가가치세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20626호로 개정 되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항이 정하는 "면세전용의 자가공급에 따른 재화의 간주공급"에 해당한다고 보았다. 이에 따라 피고는 2009. 12. 1. 위 매입세액에 따른 부가가치세 과세표준을 경정하여 원고에게 2007년 제1기 부가가치세 000원을 경정 • 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 2. 25. 이의신청을 거쳐 2010. 7. 9. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2011. 10. 4. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1호증, 을 제4호증의 2, 3, 을 제6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 쟁점부분은 실제로 과세사업에 이용하지 아니한 채 바로 면세사업에 사용된 것이므로, 재화의 간주공급으로 보아 부가가치세법 제6조 제2항, 부가가치세법 시행령 제15조 제1항을 적용할 것이 아니라 부가가치세 안분계산대상으로 보아 부가가치세법 제17조 제5항, 부가가치세법 시행령 제62조의2 규정에 따라 세액을 계산하여야 한다.

(2) 이 사건 건물 1 내지 4층 부분의 신축공사비 중 000원 부분(2006년 제2기 매입세금계산서 중 공급가액 000원 및 2007년 제2기 공급가액 000원 매입 세금계산서, 이하 '이 사건 쟁점공사비'라고 한다)은 1층에 입주하기로 한 OO 과자점 등의 요구에 의하여 건물의 사용승인을 마친 후 1층에 대하여만 지출된 추가공사비용이므로, 이를 이 사건 쟁점부분의 신축공사비로도 보아 매입세액을 안분하는 것은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 첫 번째 주장에 대한 판단

사업자가 부가가치세가 과세되는 사업에 사용할 건물을 취득하면서 관련 매입세액을 공제받았으나 이를 부가가치세가 면제되는 사업을 위하여 사용하는 경우에는 부가가치세법 제6조 제2항, 부가가치세법 시행령 제15조 제1호의 규정에 따라 재화의 공급으로 보아 부가가치세를 과세하며 부가가치세법 시행령 제49조에 의하여 과세표준을 계산하는 것이고, 이는 과세사업에 사용하기 위하여 취득한 재화를 과세사업에 사용하기 전에 면세사업에 사용하는 경우는 물론 과세사업에 실제로 사용하던 재화를 면세사업으로 전용하는 경우에도 적용되는 것이다.

한편 부가가치세법 시행령 제62조의2는 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 감가상각자산을 취득한 경우 이를 안분계산방식에 따라 매입세액을 계산하는 것이다.

이 사건 쟁점부분과 같이 원고가 당초부터 이 사건 건물 중 주택부분(5 내지 7층)에 대해서는 부가가치세 매입세액 공제를 받지 않고, 상가부분(1 내지 4층)에 대해서만 매입세액 공제를 받았고, 위 상가부분 중 2 내지 4층 부분인 이 사건 쟁점부분만을 주택으로 개조하여 임대한 것이므로, 이 사건 쟁점부분이 특정하여 면세사업에 전용된 것이라고 할 수 있을 뿐 이 사건 건물 전체가 그 실질귀속이 불분명한 감가상각자산에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 피고가 이 사건 쟁점부분이 면세사업에 전용된 것으로 보아 부가가치세 과세표준을 경정한 것은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 대한 판단

원고의 이 부분 주장을 뒷받침할 증거가 없을뿐더러, 오히려 을 제8호증의 2의 기재에 변론 전체의 취지를 더해 보면 이 사건 건물의 1층을 임차한 인FF이 1층의 공사비용으로 000원을 주식회사 AA에 지급한 사실이 인정될 뿐이므로, 이 사건 쟁점공사비가 1층에 대해서 지출된 것이라는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 소결론

따라서 이 사건 쟁점부분이 면세전용에 따른 자가공급에 해당한다고 보아, 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.