원심판결은 그 이유에서 원고법인에게는 1979, 1980, 1981. 각 사업년도의 과세표준계산에 있어서 구 조세감면규제법(1981.12.31. 법률 제3481호로 전면개정되기 전의 것) 제4조의2 의 규정에 의하여 소득금액에서 공제할 판시 증자소득과 같은법 제15조 제6호 , 제1호의3 의 규정에 의하여 법인세가 면제되는 판시 내국유산스 수입이자소득이 있음을 적법하게 확정하고 나서 위 면제소득에 대한 감면세액은 당시에 시행되던 법인세법시행령(1981.12.31. 개정되기 전의 것) 제1항 , 제3항 의 규정에 따라 소득금액에서 증자소득공제액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 산출한 법인세액에 위 면제소득이 위와 같이 계산한 과세표준금액에서 차지하는 비율을 곱하여, 즉 산출법인세액[=(소득금액 -증자소득공제액) X 세율] X (면제소득금액 / 소득금액 - 증자소득공제액)의 산식에 의하여야 할 것이므로 피고가 이와 다른 계산방법에 의하여 법인세액을 산출한 것은 법령에 근거를 두지 아니한 것이어서 위법하다고 판시하고 있다.

그러나 법인세법시행령 제11조 제1 , 2 , 3항 (1981.12.31 개정되기 전의 것, 위 개정으로 제3항 이 삭제되었으나 개정된 시행령 제1항 이 개정전의 제3항 규정을 포함하고 있으므로 위 개정후의 시행령 제1 , 2항 의 규정도 개정전의 제1 , 2 , 3항 의 규정내용과 동일하다)은 법인세법 및 다른 법률의 규정에 의하여 법인세를 면제하는 경우에는 법 제22조 에 의하여 산출되는 법인세액에 면제소득이 법 제8조 에 의한 과세표준액에서 차지하는 비율을 곱하여 산출되는 금액 즉"과세표준 X 세율 X 면세소득 / 과세표준"의 산식에 의하여 산출되는 금액을감면세액으로 하되 그 과세표준금액이 소득금액에서 비과세소득, 이월결손금 또는 소득공제액(이하 공제액등이라 한다) 등을 공제하여 산출된 금액일 경우에는 위 감면세액을 계산함에 있어서도 세액의 중복경감을 피하기 위하여 위에서 본 산식에 있어서의 면제소득은, 과세표준계산을 할 때 소득금액에서 공제한 공제액등이 면제사업에서 발생한 경우에는 면제소득에서 그 공제액 전액을 공제한 금액으로 하고[따라서 이 경우의 감면세액은 "과세표준(= 소득금액- 공제액등) X 세율 X 면제소득 - 공제액 / 과세표준액(= 소득금액 - 공제액등)"의 산식으로 산출한다], 위 공제액등이 면제사업에서 발생한 여부가 불분명한 경우에는 면제소득에서 공제액 중 면제소득이 전체소득금액에서 차지하는 비율에 상당한 금액을 공제한 금액으로 하도록 [따라서 이 경우의 감면세액은 "과세표준(= 소득금액 - 공제액등) X 세율 X 면제소득 - 공제액 X 면제소득 / 소득금액 / 과세표준(소득금액 - 공제액)"의 산식으로 산출된다] 규정하고 있고 한편 증자소득공제액은 위 조세감면규제법 제4조의2 의 규정에 의하면, 각 사업년도의 소득금액에서 그 소정 산식에 의하여 산출된 금액을 공제한 금액으로 하도록 되어 있는데 원고의 경우 각 사업년도의 소득금액은 이 사건 내국유산스 수입이자소득과 같은 법인세가 면제되는 사업으로 인한 소득외에도 법인세가 부과되는 사업으로 인한 소득 및 비과세소득 등도 포함되는 금액이므로 결국 그 증자소득공제액은 면제사업에서 발생한 여부가 불분명한 경우에 해당하여 원고의 각 면제소득에 대한 감면세액은 위 법인세법시행령 제11조 제1항 및 제2항 제2호 가 정한 바에 따라 "법인세액 = [소득금액 - 증자소득공제액) X 세율) X 면제소득 - 증자소득공제액 X 면제소득 / 소득금액 / 소득금액 - 증자소득공제액]"의 산식에 의하여 산출하여야 할 것이므로 따라서 피고가 원고의 이 사건 각 사업년도의 면제소득인 내국유산스 수입이자소득에 대한 감면세액을 위 방식에 따라 산출한 것은 적법하다.

그런데도 원심이 피고가 한 위 감면세액산출이 법률상 뚜렷한 근거가 없는 것이라 하여 위법하다고 판시한 것은 감면세액산출에 관한 법리를 오해하여 판결결과에 영향을 미쳤다고 하지 않을 수 없다. 이점을 지적하는 주장은 이유있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송하기로 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.