가. 원고는 1968. 4. 6. 설립되어 부동산임대업을 영위하여 온 법인으로, 원고의 주주구성 및 이사회 구성은 다음의 [표1]과 같다.

[표1, 2011. 12. 31. 현재 기준] 성 명 직 책 주식수(주) 지분율(%) 관 계 비 고 B(1945년생, 남) 대표이사 17,742 62.96 대표이사 본인 C(1953년생, 여) 상무이사 4,508 16.00 배우자 2011. 8. 31. 퇴사 D(1973년생, 여) 전무이사 1,976 7.01 자 E(1975년생, 여) - 1,976 7.01 자 F(1979년생, 여) 이사 1,976 7.02 자 합계 28,178 100

나. 원고는 2010. 6. 18. “임원의 보수 또는 퇴직한 임원의 퇴직금은 주주총회의 의결을 거친 임원퇴직금규정에 의한다.”라고 규정한 원고의 정관 제33조에 따라 주주총회의결을 통하여 ‘임원퇴직금지급규정(이하 ’이 사건 퇴직금규정‘이라 한다)’을 제정하였다.

다. 이후 원고는 2011. 12. 30. 이사회에서 종전에 월급제로 운영하던 임원급여체계를 2012 사업연도부터 연봉제로 전환하고 그때까지의 퇴직금을 정산하여 지급하기로 의결하였다. 라.

이에 따라 원고는 이 사건 퇴직금규정의 퇴직금 산정방식에 따라 원고의 대표이사인 B 및 전무이사인 G의 퇴직금액을 산정한 후, 2011. 12. 31. 이사회에서 B에게 4,318,000,000원, D에게 240,370,000원 합계 4,558,370,000원의 퇴직급여(이하 ‘이 사건 퇴직급여’라 한다)를 지급하기로 의결하였다.

마. 원고는 이 사건 각 퇴직급여를 B과 D에게 각각 지급하였으며, 2011년 법인세 신고 시 이를 손금에 산입하였다.

바. 한편, 원고는 원고의 명의로 차량(이하 ‘이 사건 차량’이라 한다)을 리스의 형태로 운영하면서, 위 차량과 관련된 아래의 [표2]와 같은 비용들을 지출하고, 이를 각 사업연도의 법인세 신고 시 손금에 산입하였다.

[표2, 단위 : 원] 2009년 2010년 2011년 리스료 33,698,400 33,698...