가. 기초사실 (1) 원고는 소프트웨어 자문, 개발 및 공급업 등을 목적으로 설립된 법인이고, 피고 B는 2008. 1. 1.경부터 2009. 12. 31.경까지 원고의 사업총괄본부장으로 근무하면서 정부기관에서 지원하는 연구개발사업의 과제 수주와 원고의 영업, 자금 관리 등의 업무를 수행하였다.

(2) 원고는 2007. 9. 1.경 지식경제부 산하 한국산업기술평가관리원에서 주관하고, 서울대학교 산학협력단이 총괄관리기관이 되어 진행하는 ‘D’과 관련하여 원고가 세부주관책임자로 참여하는 내용의 산업기술개발사업계약(이하 ‘이 사건 계약’이라고 한다)을 서울대학교 산학협력단과 체결한 뒤, 서울대학교 산학협력단으로부터 한국산업기술평가관리원에서 지원받은 정부출연금 중 2007. 10. 31. 6억 7,000만 원, 2008. 8. 22. 6억 7,000만 원, 2009. 4. 29. 6억 7,000만 원 등 합계 20억 1,000만 원을 지급받았다.

(3) 이 사건 계약에 따르면, 위 정부출연금은 다른 사업자금과 분리하여 인건비, 직접비, 간접비, 위탁연구개발비 등 비목별 사업비 지급 원칙에 따라 사업목적에 필요한 용도로만 사용되어야 하고 그 이외의 용도로는 사용될 수 없었음에도, 피고 B는 원고의 당시 대표이사이던 E과 위 정부출연금을 이 사건 계약에 따른 연구개발사업과 무관한 다른 용도로 사용하기로 공모하였다.

(4) 피고 B는 E과 협의를 거친 후 그 지시에 따라 아래에서 보는 바와 같이 위 정부출연금을 정해진 사업목적 이외의 용도로 사용하여 이를 횡령하였다.

(가) ‘F’ 연구과제와 관련하여 2008. 10. 9.경 주식회사 테크모로부터 물품을 공급받은 사실이 없음에도 불구하고 마치 3,000만 원 상당의 물품을 공급받은 것처럼 세금계산서를 허위로 수수한 뒤 원고...