2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 원고의 지위

원고는 건설근로자의 고용안정과 복지증진을 위하여 건설근로자를 피공제자로 하여 퇴직공제금을 지급하는 등 공제사업을 실시할 목적으로 구 건설근로자의 고용개선 등에 관한 법률(2002. 12. 30. 법률 제6848호로 개정되기 전의 것) 제9조에 의하여 1997. 12. 9. 설립된 비영리내국법인이다.

나. 원고의 2010 사업연도 법인세 경정청구 및 피고의 원고에 대한 2007 내지 2010 사업연도 법인세 부과처분

원고는 2012. 5. 25. 2010 사업연도 과세표준신고시 OOOO원의 이자소득을 누락하여 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조에 의한 비영리내국법인의 고유목적사업준비금으로서 손금에.산입하지 못하였으므로 2010 사업연도 원천징수세액 OOOO원을 환급해달라는 내용의 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 구 법인세법 제62조 제1항, 구 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제99조 제2항에 근거하여 법인이 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득은 수정신고, 기한 후 신고, 경정 등에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 없고, 원고는 2010 사업연도 법인세 신고시 위 이자소득 금액을 신고하지 않아서 이를 과세표준 및 손금에 산입시킬 수 없다는 이유로 2012. 5. 25.자 경정청구를 거부하였으며, 나아가 원고가 다른 사업연도에 귀속되어야 할 이자소득에 대하여 귀속연도를 잘못 적용한 나머지 2009 및 2010 사업연도 이자소득에 포함시켜 법인세를 신고한 것으로 보았는데, 원고가 잘못 신고한 이자소득금액 및 그에 대응하는 원천징수세액을 아래 표와 같이 파악하였다.

과세표준

신고

사업연도

타 사업연도에 귀속되어야 하는 이자소득금액

그에 대응하는 원천징수세액

실제 귀속연도

금액

실제 징수연도

금액

2009년

2007년 귀속분

OOOO원

2007년 귀속분

OOOO원

2008년 귀속분

OOOO원

2008년 귀속분

OOOO원

합계

OOOO원

합계

OOOO원

2010년

2007년 귀속분

OOOO원

2007년 귀속분

OOOO원

2008년 귀속분

OOOO원

2008년 귀속분

OOOO원

2009년 귀속분

OOOO원

2009년 귀속분

OOOO원

합계

OOOO원

합계

OOOO원

이에 피고는 원고가 위와 같이 2009 및 2010 사업연도에 귀속되지 않는 이자소득을 위 사업연도의 과세표준 및 구 법인세법 제29조에 의한 비영리내국법인의 고유목적사업준비금으로서의 손금산입대상에 포함시킨 결과, 그에 대응하는 원천징수세액을 기납부세액으로 과다 환급받았다고 판단하여, 2013. 3. 29. 원고에게 2009 사업연도 법인세 OOOO원(기납부세액 과다환급액 OOOO원 + 환급불성실 가산세 OOOO원), 2010 사업연도 법인세 OOOO원(기납부세액 과다환급액 OOOO원 + 환급불성실 가산세 OOOO원)의 각 부과처분(이하 '1차 처분'이라 한다)을 하였다.

다. 원고의 2007 내지 2010 사업연도 법인세 경정청구

원고는 2013. 3. 29. 해당 사업연도의 법인세 신고기한까지 금융기관으로부터 이자소득에 대한 원천징수영수증을 받지 못해서 이자소득을 다른 사업연도에 포함하여 신고하거나 신고를 누락한 결과 구 법인세법 제29조에 의한 비영리내국법인의 고유목적사업준비금으로서 손금에 산입하지 못하였으므로 2007 내지 2010 사업연도 원천징수세액의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였는데, ① 2007 사업연도에 관하여는 2009 사업연도 과세표준 및 손금으로 산입하여 신고한 이자소득 OOOO원, 2010 사업 연도 과세표준 및 손금으로 산입하여 신고한 이자소득 OOOO원의 합계 OOOO원을 2007 사업연도 법인세의 과세표준 및 손금에 산입하여야 한다는 이유로 OOOO원의 환급을 구하는 경정청구를, ② 2008 사업연도에 관하여는 2009 사업연도 과세표준 및 손금으로 산입하여 신고한 이자소득 OOOO원, 2010 사업연도 과세표준 및 손금으로 산입하여 신고한 이자소득 OOOO원 합계 OOOO원을 2008 사업연도 과세표준 및 손금으로 산입하여야 한다는 이유로 OOOO원의 환급을 구하는 경정청구를, ③ 2009 사업연도에 관하여는 2010 사업연도 과세표준 및 손금으로 산입하여 신고한 이자소득 OOOO원과 당초 신고에서 누락된 이자소득 OOOO원 합계 OOOO원을 2009 사업연도 과세표준 및 손금으로 산입하여야 한다는 이유로 OOOO원의 환급을 구하는 경정청구를, ④ 2010 사업연도에 관하여는 당초 신고에서 누락된 OOOO원의 이자소득을 추가로 2010 사업연도 과세표준 및 손금으로 산입하여야 한다는 이유로 OOOO0원의 환급 을 구하는 경정청구를 각 그 내용으로 한다.

라. 피고의 거부처분

피고는 2013. 6. 5. 구 법인세법 제62조 제1항, 구 법인세법 시행령 제99조 제2항에 근거하여 법인이 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득은 수정신고, 기한 후 신고,경정 등에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 없는데, 원고가 환급을 구하는 원천징수세액에 대응하는 이자소득은 각 법인세 신고기한까지 신고되지 않았으므로 분리과세로 과세절차가 종결되었고 이를 사후에 과세표준 및 손금에 산입시킬 수 없다는 이유로 원고의 2013. 3. 29.자 경정청구를 거부하였다(그 중 원고가 구하는 2009, 2010 사업연도에 대한 경정거부처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 전심절차

원고는 이에 불복하여 2013. 7. 10. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2013. 10. 25. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 16호증(가지 번호 모두 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전 항변에 관한 판단

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 이유의 해당 부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는, 구 법인세법 시행령 제99조 제2항은 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 경정청구 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다고 규정하고 있을 뿐이므로 일단 당해 사업연도의 이자소득으로 신고한 액수의 범위 내에서 그 구체적 내역을 수정하는 것은 가능하다고 보아야 하는데, 원고가 2009년 사업연도 이자소득으로 OOOO원을, 2010년 사업연도 이자소득으로 OOOO원을 각 과세표준으로 신고하였고, 그 신고한 총액의 범위 내에서 2009 사업연도 OOOO원, 2010 사업연도 OOOO원의 구체적 내역을 변경한 후 이를 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하여 원천징수세액을 환급받고자 경정청구를 하였음에도 이를 거부한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 신고하여야 하는데(구 법인세법 제60조 제1항), 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득에 대하여 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있고, 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다고 규정하고 있는바(구 법인세법 제62조 제1항), 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득을 당해 사업연도의 소득에 포함시켜 법인세의 과세표준신고를 하고 이미 납부한 원천징수세액을 환급받거나(합산과세방식), 원천징수된 이자소득에 관하여 법정신고기한 내에 과세표준신고를 하지 않고 별도의 절차 없이 이미 납부한 원천징수세액으로써 법인세 납세의무의 이행을 완료할 수 있다(분리과세방식).

한편 비영리내국법인은 같은 사업연도 내에서 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 않을 수 있으므로(구 법인세법 시행령 제99조 제1항), 비영리내국법인이 과세표준신고를 한 것으로 볼 수 있는지 여부는 개개의 이자소득을 기준으로 판단하여야 하는바, 특정한 이자소득에 관하여 과세표준신고가 없었다면 구 법인세법 제60조 제1항 소정의 법정신고기한 내에 그와 같은 신고를 하지 아니한 경우에는 원천징수된 이자소득에 대하여 구 법인세법 제62조 제1항의 규정에 의한 분리과세방법을 선택한 것으로 되어 원천징수된 이자소득에 대한 과세절차는 분리 확정된다고 할 것이다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2004다4218 판결 참조).

따라서 특정한 이자소득에 관하여 과세표준신고가 일절 없었던 경우는 물론이고, 위 이자소득이 발생한 사업연도의 법인세 신고기한이 아닌 그 이후 사업연도 법인세 신고기한에 이를 과세표준신고한 경우 역시 당해 사업연도의 이자소득에 대하여 법정신고기한 내에 과세표준의 신고가 이루어지지 않음은 마찬가지이므로 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 과세표준에 포함시킬 수 없다고 보아야 하고, 이렇게 해석하는 것이 납세의무자와 과세관청 사이의 조세법률 관계를 조기에 확정하여 법적 안정성을 부여하고자 비영리 법인에 과세상 우대조치의 적용을 받을지 여부를 스스로 선택할 수 있는 권한을 부여하면서도 그 선택 기한을 과세표준신고시까지로 제한한 구 법인세법 제62조 제1항 입법취지에 비추어 보더라도 타당하다 할 것이다.

2) 이 사건에 관한 판단

앞서 채택한 증거 및 갑 제17호증의 1, 2에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 앞선 법리에 비추어 보면, 원고가 2009 및 2010 사업연도 법인세 과세표준에 포함되어야 한다고 주장하는 각 이자소득은 법정신고기한 내에 과세표준신고가 이루어지지 않았음이 분명하여 원천징수에 의한 분리과세로 확정되어 과세절차가 종료되었으므로, 이를 경정청구로써 재차 당해 사업연도의 과세표준에 포함시킬 수는 없다.

① 원고가 2009 사업연도 법인세 과세표준에 포함되어야 한다고 주장하는 이자소득 OOOO원 중 OOOO원은 과세표준신고가 이루어진 적이 없고, 그 나머지 OOOO원은 2009 사업연도 법인세 신고기한으로부터 1년이 경과한 2010. 3. 31.에서야 과세표준신고가 이루어졌다.

② 원고가 2010 사업연도 법인세 과세표준에 포함되어야 한다고 주장하는 이자소득 OOOO원에 관해서 역시 과세표준신고가 이루어진 적이 없다.

③ 일반적인 경우의 법인세납세의무확정은, ㉮ 법정신고기한 내의 과세표준 및 세액신고, ㉯ 법정신고기한 후 과세관청의 부과결정 전의 신고와 그에 따른 과세관청의 부과결정[구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의3, 기한 후 신고제도], ㉰ 법정신고기한 내의 신고에 대한 경정청구에 기한 과세관청의 경정결정(구 국세기본법 제45조의2) 등을 통하여 이루어지게 되는데, 이 사건과 같이 납부할 법인세가 없고 오히려 기존에 원천징수당한 법인세를 환급받기 위하여 원천징수분 이자소득을 과세표준에 합산하여 신고하는 경우에는 법인세법이 ㉮ 외에 ㉯, ㉰와 같은 경우를 예정하고 있지 않고, 앞서 본 바와 같이 ㉮의 신고는 법정신고기한 이내에 하여야 하는데 원고는 법정신고기한 이내에 ㉮의 신고를 하지 않았다.

④ 원고가 BBB투자자문 등 투자일임업자나 금융기관으로부터 원천징수영수 증을 받지 못한 경우라면 당연히 이러한 점을 투자일임업자 등에게 통지하여 법정신고 기한 내에 원천징수영수증을 수령하였어야 할 것인데, 원고의 실수로 원천징수영수증을 수령하지 못하여 원고가 환급받을 수 있는 법인세를 환급받지 못하게 되어 가혹한 면이 있기는 하나, 이는 법률에 기한을 정한 행위에 있어서 항상 발생하는 문제로서, 그와 같은 사유만으로 이 사건에서 기한 후 신고 내지 경정 청구가 가능하다고 인정할 수 없다.

4. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바 이와 결론을 같이 한 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.