가. 원고는 전기 공사업, 토목 공사업 등을 목적으로 회사인데, 2010년부터 2013년까지 특수관계인인 세안레져산업 주식회사, 세안산업개발 주식회사, 세안건영 주식회사, 세안미래산업 주식회사, 신아인더스 주식회사, 주식회사 세영건설, 주식회사 미르이엔지(이하 ‘주식회사’를 생략하고, 통칭하는 경우 ‘특수관계회사들’이라 한다)에게 자금을 대여하였다

(이하 ‘쟁점 대여금’이라 한다). 원고는 쟁점 대여금을 업무무관가지급금으로 보아 2010사업연도 1,128,132,584원, 2011사업연도 1,635,518,815원, 2012사업연도 2,080,667,493원, 2013사업연도 2,346,981,451원을 각 인정이자로 계산하여 익금에 산입한 후 피고에게 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

나. 서울지방국세청장은 원고에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 원고가 2010년부터 2013년까지 특수관계회사들에게 쟁점 대여금을 시가보다 낮은 이자율로 대여함으로써 소득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시켰다고 판단하여 법인세법상의 부당행위계산부인조항을 적용하여 원고의 인정이자를 재계산하고 이를 익금에 산입할 것을 피고에게 통보하였다.

다. 이에 따라 피고는 쟁점 대여금에 대하여 인정이자를 재계산하여 추가 부분을 익금에 산입하였는데 그 구체적인 내용은 별지1 기재와 같고, 이외에도 피고는 다른 항목으로 2011사업연도 1,007,620,494원, 2012사업연도 1,360,169,346원, 2013사업연도 767,221,738원을 추가로 익금에 산입하여 2015. 8. 3. 원고에 대하여 2010사업연도 814,458,780원, 2011사업연도 780,723,930원, 2012사업연도 627,715,900원, 2013사업연도 117,750,110원의 법인세를 경정ㆍ고지하였다

이 중 다른 항목으로 인하여 경정ㆍ고지된 부분은 2011사업연도 224,847,492원, 2012사업연도 186,390...

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