가. 원고는 2010. 3. 10. 태백시 근로자 종합복지관(이하 ‘이 사건 복지관’이라 한다)의 신축공사를 착공하여 2011. 5. 30. 준공 절차를 마친 후 2011. 9. 5. 한국노총 강원태백지역지부(이하 ‘한국노총지부’라 한다)에 2011. 10. 1.부터 2014. 9. 30.까지 3년간 무상으로 위탁관리를 맡기는 계약을 체결하였다

(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다). 한국노총지부는 피고에게 이 사건 복지관의 시설운영에서 발생하는 부동산임대업 및 스포츠시설 운영업 매출에 대하여 부가가치세 신고납부를 하고 있다.

나. 원고는 이 사건 복지관 및 태백국민체육센터의 시설투자와 관련하여 원고가 부담한 부가가치세액을 매입세액으로 공제하지 아니한 채 부가가치세를 신고납부하여 오다가 2011. 12. 20. 피고에게 이 사건 복지관 및 태백국민체육센터에 관한 사업이 부동산임대업에 해당하여 이를 부가가치세 과세사업으로 보아야 하므로 관련 매입세액을 공제하여야 한다는 이유로 2009년 제1기부터 2011년 제2기까지 부가가치세 경정청구를 하였다.

다. 피고는 2012. 2. 22. 위 경정청구를 인용하여 합계 1,300,625,563원을 환급결정하고 이를 원고에게 환급하였으나, 중부지방국세청장은 2014. 1.경 삼척세무서에 대한 종합감사 시 원고가 이 사건 복지관을 한국노총지부에 위탁하여 운영하도록 한 것은 용역의 무상제공에 해당하여 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니한다고 판단하고, 피고에게 이 사건 복지관의 시설투자에 관하여 원고가 부담한 부가가치 매입세액은 불공제하도록 시정요구하였다. 라.

이에 피고는 2014. 6. 2. 위 환급세액 중 이 사건 복지관의 시설투자 관련 매입세액에 초과환급신고 가산세와 납부불성실가산세를 가산하여 [별지 1]...