가. 원고는 1894년경 김해시 서상동 177-4에 김해교회(이하 ‘김해교회’라고 한다)를 설립하여 종교활동을 영위해 오다가, 2013. 6. 25. 김해교회에서 100m 정도 떨어진 김해시 서상동 164-1에 연면적 2,369.56㎡의 4층 건물(이하 건물 중 2층 내지 4층을 ‘이 사건 건물’이라고 한다)을 신축하였다.

나. 한편 원고는 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라고 한다) 제50조에 따라 이 사건 건물이 원고의 종교사업에 직접 사용하기 위한 건물임을 이유로 이 사건 건물에 관한 취득세(농어촌특별세, 지방교육세 포함) 및 20152016년도 재산세(지역자원시설세, 지방교육세 포함)를 면제받았다.

다. 그런데 피고는 2016. 5. 23. 이 사건 건물의 사용실태를 조사한 뒤 이 사건 건물 중 2층 내지 4층의 예배실, 소그룹실, 사무실, 체련단련장 합계 1,440.72㎡(이하 ‘이 사건 예배실 등’이라고 한다) 및 부교역자들의 사택 545.62㎡(이하 ‘이 사건 사택’이라고 한다)가 원고의 종교사업에 직접 사용되고 있지 않은 것으로 보았다. 라.

이에 피고는 원고에게 구 지방세특례제한법 제50조 제1항 제2호, 제2항 단서에 따라 이 사건 건물에 관하여 ① 2016. 7. 13. 2016년도 재산세(건축물분) 2,840,340원, 지역자원시설세 2,068,050원, 지방교육세 364,140원 합계 5,272,530원, 재산세(주택분) 205,390원, 지역자원시설세 53,890원, 지방교육세 17,110원 합계 276,390원의 부과처분, ② 2016. 9. 12. 재산세(주택분) 205,390원, 지역자원시설세 53,890원, 지방교육세 17,110원 합계 276,390원, 재산세(토지분) 1,414,550원, 재산세(도시지역분) 753,450원, 지방교육세 282,910원 합계 2,450,910원의 부과처분, ③ 2016. 10. 14. 취득세 72,376,830원,...

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