2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2005. 9. 5. 평택시 청북면 XX리 000 전 1,835㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 취득하여 2008. 9. 8. 양도한 후 2009. 2. 20. 같은 면 OO리 000 답 2,281㎡를 취득하였다.

나. 원고는 이 사건 토지의 양도소득세를 신고하면서 이 사건 토지의 취득가액을 3억 8,850만 원, 양도가액을 6억 9,300만 원으로 하여 양도차익을 산정하고, 그 양도차익에 대하여 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제70조의 농지 대토에 따른 양도소득세 감면신청을 하였다.

다. 피고는 2010. 3. 2. 원고에게 이 사건 토지 취득가액을 2억 7,750만 원으로 경정 하고, 원고가 이 사건 토지를 자경한 기간이 3년 미만이라는 이유로 조세특례제한법 제70조의 적용을 배제하여 2008년 귀속 양도소득세 143,127,210원을 부과하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2010. 3. 31. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2010. 10. 29. 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제8호증의 1, 2, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고가 전 소유자인 나AA 등으로부터 이 사건 토지를 실제 3억 8,850만 원에 취득하였음에도 이 사건 토지의 취득가액을 2억 7,750만 원으로 보아 양도소득세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 조세특례제한법 제70조, 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제67조는 종전 토지 소재지에서 3년 이상 거주할 것을 요건으로 규정하고 있을 뿐 종전 토지를 3년 이상 자경할 것을 요건으로 규정하지 않았고, 농지의 자유로운 대체의 허용・보장을 통한 농민의 보호 내지 농업의 발전・ 장려하려는 위 규정의 취지에 비추어 볼 때 농지 대토에 따른 양도소득세의 감면 요건으로 종전 토지를 거주기간과 일치하여 3년 이상 자경하여야 한다고 해석하는 것은 지나친 확대해석이다. 따라서 원고가 이 사건 토지를 3년 이상 자경하지 않았다는 이유로 위 규정의 적용을 배제한 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 원고는 이 사건 토지를 취득하여 2005. 9.경부터 무와 배추를 파종하여 자경하였고, 2006년 봄부터 양도시까지 벼를 재배하였으므로 3년 이상 이 사건 토지를 자경 하였다. 따라서 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

(4) 원고가 2005. 9.경 이 사건 토지를 자경한 사실이 인정되지 않는다 하더라도 이 사건 토지의 실제 현황은 답으로 2005. 9.부터 2006년 봄까지는 농사를 지을 수 없는 자연적 휴경기에 해당하고 원고가 2006.부터 2008.년까지 3년간 이 사건 토지에 벼를 파종하여 수확하였으므로 원고가 이 사건 토지를 취득한 2005. 9.부터 양도시까지 전 소유기간 동안 이 사건 토지를 자경한 것으로 보아야 한다. 따라서 이 사건 토지를 3년 이상 자경하지 않았다는 이유로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 토지의 취득가액에 관하여

갑 제3호증의 1, 2, 4, 갑 제4호증의 1 내지 4, 갑 제10호증의 각 기재, 증인 김BB의 증언, 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 토지의 매매계약서 중 매매대금 3억 8,850만 원의 매매계약서에는 계약일인 2005. 6. 8.에 계약금 5,000만 원을, 2005. 7. 4.에 중도금 1억 5.000만 원을, 2005. 7. 28.에 잔금 1억 8,850만 원을 지급하는 것으로 기재되어 있고, 매도인 란에는 나AA외 1인, 매수인 란에는 원고의 동생인 조CC외 2인, 공인중개사 란에는 김BB의 이름 및 날인이 있는 사실, 매매대금 2억 7,750만 원의 매매계약서에는 계약일인 2005. 6. 8.에 계약금 5,000만 원을, 2005. 7. 4.에 중도금 1억 3,900만 원을, 2005. 8. 31.에 잔금 8,850만 원을 지급하는 것으로 기재되어 있고, 매도인 란에는 나AA, 매수인 란에는 원고의 이름 및 날인이 되어 있으나 공인중개사 란에는 아무런 기재가 없는 사실 이 사건 토지의 매매대금 지급과 관련하여 4매의 영수증이 작성되었는데 2005. 6. 8.자 영수증에는 계약금 5,000만 원을 지급한 것으로 기재되어 있고, 위 영수증상의 나AA의 날인은 매매대금 3억 8,850만 원의 매매계약서의 나AA의 날인과 동일한 사실 2005. 7. 4.자 영수증에는 잔금 1억 5,000만 원을, 2005. 7. 28.자 영수증에는 매매대금 일부인 1억 원을 2005. 9. 2.자 영수증에는 8,850만 원을 각 지급한 것으로 기재되어 있고, 위 영수증상의 나AA의 날인은 매매대금 2억 7,750만 원의 매매계약서의 나AA의 날인과 동일한 사실, 원고 측과 나AA 측은 세무서 제출용 매매대금은 2억 7.750만 원으로 하기로 이면 약정을 한 사실, 이 사건 토지의 매매를 중개한 김BB는 거래가액을 2억 7,750만 원으로 하여 중개수수료 영수증을 발급하여 준 사실, 김BB는 3억 8,850만 원의 매매계약서 및 2억 7,750만 원의 매매계약서 작성에 관여한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실 및 위 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 비록 김BB가 이 사건 토지의 거래가액을 2억 7.750만 원으로 하여 중개수수료 영수증을 발급하여 준 사실은 인정되나 매매대금 3억 8,850만 원의 매매계약서가 별도로 존재하고 그 계약서상의 나AA의 날인과 2005. 6. 8.자 계약금 영수증상의 나AA의 날인이 동일하고, 2005. 7. 4.이후 작성된 영수증과 매매대금 2억 7,750만 원의 매매계약서의 나AA의 날인이 동일한 점 2억 7.750만 원의 매매계약서에는 중개인인 김BB의 날인이 없는 점, 각 영수증의 작성시기와 비슷한 시기에 원고, 원고의 동생인 조CC 또는 원고의 지인 예금계좌에서 영수증 기재 금원에 상응하는 금원이 인출된 점 등에 비추어 보면, 매매대금 3억 8,850만 원의 매매계약서와 계약금을 수령하고 작성하여 준 2005. 6. 8.자 영수증은 같은 날 작성된 것으로 보이고, 2억 7,750만 원의 매매계약서는 최초 계약일 이후에 작성된 것으로 보이므로 나AA 측과 원고 측은 이 사건 토지의 매매대금을 3억 8,850만 원으로 약정하고 세무서 제출용으로 매매대금 2억 7,750만 원으로 한 매매계약서를 별개로 작성한 것으로 보이므로 원고의 이 사건 토지의 실제 취득가액은 3억 8,850만 원이라고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 토지의 취득가액을 2억 7,750만 원으로 보아 양도소득세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 위법하고 원고의 주장은 이유 있다.

(2) 대토감면 규정의 해석에 관하여

조세특례제한법 시행령 제67조 제3항 제1호, 제2호는 농지 대토에 대한 양도소득세 감면 요건으로 3년 이상 종전의 농지 소재지에 거주하면서 경작한 자가 경작상의 필요에 의하여 종전 토지의 양도일로부터 1년 내에 새로운 토지를 취득하거나 또는 새로운 농지의 취득일로부터 1년 내에 종전의 토지를 양도하여야 한다고 명시적으로 규정하고 있으므로 조세특례제한법 제70조, 조세특례제한법 시행령 제67조에 따른 농지 대토에 대한 양도소득세를 감면받기 위해서는 3년 이상 종전 농지를 경작하여야만 하고, 이러한 해석이 확장해석이라 할 수 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(3) 실제 3년 이상 자경하였다는 주장에 관하여

조세특례제한법 제70조 제1항, 조세특례제한법 시행령 제67조의 각 규정에 의하면, 농지 대토에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하기 위해서는 ① 종전 토지 및 새로 취득하는 토지가 농지여야 하고, ② 3년 이상 종전 농지 소재지에 거주하면서 직접 경작하고 이에 더하여 3년 이상 새로운 농지 소재지에 거주하면서 직접 경작하여야 하며, ③ 종전 토지의 양도일로부터 1년 이내에 그 거주와 경작을 시작하여야 하고, ④ 종전 토지의 양도일과 새로 취득하는 토지의 취득일 사이의 기간이 1년 이내이어야 하며, ⑤ 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 1/2 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 1/3 이상이어야 한다.

이 사건에서 살피건대, 갑 제6호증의 2 내지 4, 갑 제9호증의 1, 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고의 농지원부에는 원고가 이 사건 토지에서 2006. 8. 14.부터 채소를 자경한 것으로 기재되어 있는 사실, 원고가 2007년 및 2008년 쌀 직불금을 수령한 사실, 원고가 농자재 및 비료 등을 구입한 사실을 인정할 수 있다.

더 나아가 원고가 이 사건 토지를 3년 이상 자경하였는지 여부에 관하여 살피건대, 을 제2, 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 2005. 9.경 전 소유자인 나AA 등이 이 사건 토지를 경작하지 않아 잡풀이 자라고 있는 상태에서 이 사건 토지를 취득한 사실 이 사건 토지는 바로 접해 있는, 지대가 낮은 논을 통해서만 농기계 등이 출입할 수 있는데, 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시에는 인접한 논의 농사가 끝나지 않아 농사를 위해 이 사건 토지에 출입할 수 없었던 사실, 원고는 2006 년 봄부터 이 사건 토지에서 벼농사를 지은 사실을 인정할 수 있다. 그렇다면, 원고가 이 사건 토지를 자경한 시기는 2005. 9.이 아닌 2006년 봄부터라 할 것이고, 원고는 이 사건 토지를 2008. 9. 8. 양도하였으므로 원고가 이 사건 토지를 경작한 기간은 역수상 3년에 미치지 못한다. 이에 반하여 원고가 이 사건 토지를 2005. 9.부터 자경하였다는 점에 부합하는 갑 제6호증의 5 갑 제7호증의 2 내지 4의 각 기재는 위와 같은 사정에 비추어 이를 그대로 믿기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고가 이 사건 토지를 실제 3년 이상 자경하지 않은 이상 이 부분 주장은 이유 없다.

(4) 전 소유기간 동안 자경한 것으로 보아야 한다는 주장에 관하여

농지를 수년 동안 계속하여 자경하는 경우라면 자경기간 사이에 있는 자연적 휴경 기에 자경하지 않았다 하더라고 그 시기까지 포함하여 최초 자경한 시점부터 마지막으로 자경한 시점까지 전체 기간을 자경하였다고 보아야 하지만, 농지를 취득한 시기가 추위 등으로 인하여 자연적 휴경기라면 자경의 시점은 실제 자경을 시작한 때부터 계산함이 상당하고, 그 다음해 봄부터 자경을 하였다 하여 실제 자경을 하지 않은 자연적 휴경기까지 소급하여 그 때부터 자경한 것으로 보아 자경기간을 계산할 수는 없다.

앞서 본 바와 같이 원고는 비록 2005. 9.경 이 사건 토지를 취득하였으나 2006년 봄부터 이 사건 토지를 자경하였으므로 그 자경기간은 3년 미만이 되어 조세특례제한법 제70조 제1항, 조세특례제한법 시행령 제67조의 요건을 충족하지 못하였다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 토지의 취득가액을 2억 7,750만 원으로 보아 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하므로 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.