가. 피고의 도시개발사업 시행 1) 서울특별시장은 도시개발법 제11조 제1항 제4호에 따라 서울 은평구 진관내동 일원 718,503㎡에 대하여 도시개발구역지정 및 개발계획승인을 하고, 피고를 은평뉴타운 1지구 도시개발사업(이하 ‘이 사건 도시개발사업’이라 한다

)에 대한 사업시행자로 지정하였다. 2) 이 사건 도시개발사업지구 중 피고가 유상으로 공급하는 주택건설용지에는 주택법 제2조 제3호에서 정한 ‘국민주택’의 건설을 위하여 공급되는 부분이 포함되었다.

나. 조경공사 도급계약 및 변경공사 체결 1) 원고와 쌍용건설 주식회사(이하 ‘쌍용건설’이라 한다

)은 2006. 7. 7. 피고로부터 이 사건 사업지구의 택지조경공사(이하 ‘이 사건 조경공사’라고 한다

)를 공사대금 6,348,204,000원에 공동으로 도급받았는데, 그 중 소외 거성토건 주식회사의 건축분담분 732,050,000원을 제외한 조경공사분 5,616,154,000원에 대한 원고와 쌍용건설의 출자비율은 각 50%였다(이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다

). 2) 이 사건 조경공사는 이 사건 사업지구 중 국민주택단지 밖에 있는 근린공원ㆍ완충녹지의 조성, 가로수 식재공사, 생활가로 설치공사 등을 그 내용으로 하였다.

3 서울특별시는 피고가 시행하는 국민주택 건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안에 대하여 검토한 결과, 한 사업지구 내에서 국민주택규모의 국민주택과 그 초과규모의 공동주택을 함께 건설하는 경우 ‘전체 건설용역에 대한 부가가치세 중 총 유상공급 면적에서 국민주택건설용지 면적이 차지하는 비율에 상응하는 부가가치세’는 면제된다는 결론을 내리고, 2007. 8.경 피고에게 이와 같은 결론에 따라 아직 부가가치세 상당액이 지급되지 않은...

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