처분청은청구인이 청구외 (주)○○와 2001. 3. 31. 청구인 소유의○○시○○구○○동○○번지(이하 “이 사건 토지”라 한다) 일원의○○장치장에○○자동차○○대를 장치하기로 하는 화물장치변경계약을 체결함에 따라, 계약서상의 계약면적과 보관료 산출내역 등을 기준으로 종합토지세 등을 산출하여 부족 징수된 2003년도 종합토지세 142,669,250원, 지방교육세 28,533,850원, 농어촌특별세 21,391,560원, 합계 192,594,660원을 2004. 8. 16. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 ○○장치장용 토지의 이용과 관련하여 (주)○○와 ○○ 자동차 1대당 필요보관(장치)면적을 8평으로 협의하여 보관기간(2001.3.1.～3.31.) 중의 평균 야적 자동차 대수인 ○○대를 기준으로 보관료 및 화물장치계약을 체결하였으나, 종합토지세가 현황과세인 점을 비추어 볼 때, 별도합산과세 면적을 산정하기 위한 특허보세구역의 보관·관리에 사용된 최대면적은 계약서상의 평균 야적 자동차 대수를 기준으로 할 것이 아니라, 당해 사업연도 및 직전 2개 사업년도 중 보관면적이 최대인 시점의 최대 야적면적을 기준으로 산정하여야 할 것이므로, 청구인의 경우 2001. 3. 16.에 장치대수가 ○○대로서 1대당 8평으로 적용하여 산정한 최대면적은 62,360평이므로 2004. 8. 16.에 부과고지된 2003년도분 종합토지세는 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 종합토지세 별도합산과세대상인 보세창고용 토지의 최대 사용 면적산정 시 화물장치변경계약서 상의 야적(장치)면적과 ○○용 자동차의 최대 야적(장치)면적의 적용에 대한 쟁점이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제234조의15제2항에서 종합합산과세표준액은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지 중 별도합산 또는 분리과세의 대상이 되는 건축물의 부속토지로서 대통령이 정하는 건축물의 부속토지를 제외한 토지의 가액을 합한 금액으로 한다고 규정하고, 같은법시행령 제194조의14제3항 본문 및 제5호에서 지방세법 제234조의15제2항 본문의 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지로서 관세법에 의하여 세관장의 특허를 받는 특허보세구역 중 보세창고용 토지로서 당해 사업연도 및 직전 2개 사업연도 중 물품 등의 보관에 사용된 최대면적의 1.2배 이내의 토지로 규정하고 있으며, 주차장법 제6조제1항에 의한 같은법시행규칙 제3조1항에서는 주차장의 최소한의 주차단위구획을 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 이 사건 토지 중○○장치장은 관세법에 의하여 세관장의 특허를 받은 특허보세창고에 해당하며, 청구인은 1999. 8. 31. (주)○○와 화물장치계약을 체결하면서 자동차 1대당 필요 장치면적을 8평으로 하여 이 사건 토지를 사용할 것을 약정하였고, 2001. 3월 화물장치변경계약서 상에서는 1개월간 평균 장치 자동차 대수에 1대당 8평을 적용하여 산정된 면적 29,500평을 기준으로○○장치장 중 D, I, J, K, L, M블럭을 장치구역으로 사용할 것을 약정하고 있음은 제출된 관계서류에서 알 수 있다.

이에 대하여청구인은 화물장치변경계약서 상의 면적은 월평균 장치면적으로 장치료 산정을 위하여 임의적으로 정한 구역에 지나지 아니하고, 별도합산과세대상 면적을 산정하기 위해선 최대사용면적을 적용해야 한다고 주장하고 있는바, 이에 대하여 살펴보면, 처분청에서는 청구인과 청구외 (주)○○가 2001. 3. 31.체결한 화물장치변경계약서상에서 이 사건 ○○장치장 중 D, I, J, K, L, M 블록을 장치구역(이하 ‘이 사건 장치구역’이라 함)으로 하고 있으며, 이에 따른 보관료 산출근거 자료에서 위 장치구역의 면적이 29,100평에 해당되는 것을 확인하고 이를 최대사용면적으로 보아 종합토지세 과세표준을 확정하고 있으나, 매 월말 작성되는 화물장치변경계약서는 사실상 장치현황을 반영하는 것이 아니라 일평균 장치대수에 자동차 1대당 사용면적(8평)을 적용하여 평균사용면적을 산출하고 이와 비슷한 면적에 해당하는 블록을 편의상 지정하여 사후에 체결한 것으로서, 한 달 간의 보관료를 산정하기 위하여 그 달 말에 작성한 것에 불과한 것으로 보이며, 청구인이 제출한 재고대비 면적현황자료에는 매일 입출고되는 차량대수와 재고대수를 파악할 수 있는데, 2001. 3월 한 달의 평균재고대수는 화물장치변경계약서 상에 나타난 대로 3,637대｛112,871(총 재고대수)/31일×8평=29,128평(1일 평균 사용면적), 이 사건 장치구역의 면적=29,100평, 29,100평/8평=3,637대｝이지만, 최대 재고대수는 2001. 3. 16.에 7,795대임을 알 수 있고, 종합토지세는 계약내용이나 공부상 현황과 사실상의 현황이 다를 경우에는 사실상의 현황에 의하여 부과되는 것인데도, 처분청은 사실상의 현황을 파악하지 못한다는 사정으로 단순히 보관료 산정을 위해 사후에 작성된 화물장치변경계약서상의 내용을 근거로 과세를 하였으나, 화물장치변경계약서상에 나타난 평균재고대수 3,637대 및 사용면적(이 사건 장치구역의 면적) 29,100평은 사실상의 현황과는 부합하지 않으며, 물품의 보관면적에 관해 지방세법시행령 제194조의14제3항제5호에서 최대면적을 기준으로 삼고 있음을 감안하면, 이와 같은 점 등을 감안치 않은 처분청의 과세표준 산정은 잘못이라 할 것이고, 최대면적을 산출하는 기준에 있어서는 당해 사업연도 및 직전 2개 사업연도 중 최대 자동차 장치대수인 2001. 3. 16.의 7,795대에 자동차 1대당 장치(보관)면적을 적용하여 산출하여야 할 것이다.

한편, 자동차 1대당 장치면적에 대하여는 명시적으로 정하여진 법령이나 기준이 없고, 주차장법시행규칙에서는 주차장의 주차구획을 정하면서 최소기준만을 정하고 있으나, 수출차량을 보관(장치)하는 보세장치장은 수출차량의 특성상 국가별 차종별 구분보관(장치)의 필요성이 있으며, 경비초소, 운송작업공간, 작업장비 대기공간 등을 감안할 때, 일반주차장의 주차면적 기준과는 다른 기준이 필요하다고 판단되는바, 청구인이 청구외 (주)○○와 체결한 화물장치계약에서 임치기간을 1999. 8월에서 2001. 3월까지로 하고 자동차 1대당 사용면적을 8평으로 하여 계약을 체결하였을 뿐만 아니라, 청구외 (주)○○와 체결한 계약에서도 임치기간을 1998. 10월에서 1999. 6월까지로 하고 자동차 1대당 사용면적을 8평으로 한 점 등을 고려해 볼 때, 보세장치장의 경우 자동차 보관(장치)면적을 8평이라고 보는 것은 동 업계의 관습화된 임치기준면적에 해당한다고도 볼 수 있는 것이고, 처분청도 이 사건 과세처분에서 2001. 3. 31. 체결된 화물장치변경계약서 상에 적시된 장치구역(D, I, J, K, L, M 블록)의 면적을 기준으로 과세표준 산정시 자동차 1대당 사용면적을 8평으로 하는 것은 위에서 말한 업계의 관습과 다르지가 아니하다고 할 수 있으므로, 자동차 1대당 장치면적은 8평으로 하는 것이 타당하다고 할 것이다. 따라서 이 사건 토지의 종합토지세는 별도합산 과세표준 면적을 222,166.6㎡(7,795대×8평=62,360평, 62,360평×3.3=205,788㎡, 205,788 ×1.2배=246,945.6, 여기서 특허보세구역 적용을 받는 면적은○○장치장 전체면적 222,166.6㎡임)로 하고, 나머지 ○○장치장 이외의 면적(214,876.0㎡)은 종합합산 과세표준으로 하여 산출한 세액으로 경정하는 것이 타당하다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 12. 29.

행 정 자 치 부 장 관