환송 전 당심에서 취소한 부분이 상고심에서 이미 확정되었으므로 이를 제외하고, 피고가 2006. 3. 27. 원고에게 한 2000년도 귀속 법인세 ○○○○○○원의 부과처분 중 ○○○○○○원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 소송총비용은 피고가 부담한다.

청구취지，항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2006. 3. 27. 원고에게 한 2000년도 귀속 법인세 ○○○○○○원의 부과처분을 취소한다.

원고는 당초 피고가 2006. 3. 27. 원고에게 한 2000년도 귀속 법인세 ○○○○원의 부과처분의 취소를 구하였는데, 제1심법원은 원고의 청구를 기각 하였다. 이에 원고가 항소를 제기하였고，환송 전 법원은 원고의 항소를 일부 받아들여 위 법인세 ○○○○원의 부과처분 중 ○○○○원을 초과하는 부분을 취소 하고，나머지 청구를 기각하였다. 이에 원고와 피고가 모두 상고하였는데, 대법원은 원고의 상고를 받아들여 환송 전 판결의 원고 패소 부분을 파기하고 이 부분을 이 법원 에 환송하였으며，피고의 상고는 이를 기각하였다. 따라서 이 법원이 심판할 범위는 위 법인세 ○○○○원의 부과처분 중 환송전 판결에서 취소되지 않고 남아 있는 부분에 한정된다.

2. 처분의 경위

"가. 원고는 1999. 8. 12. 구 법인세법(2010, 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것，이하구 법인세법') 제52조 제1항 소정의 특수관계자에 해당하는 BBBBBB 주 식회사 이하，BBBBBB)가 발행하는 신주 23,514,000주를 117,570,000,000원(1주당 인수가격 : 액면가인 5,000원)에 인수(이하 이 사건 1차 신주인수행위라하고，2000. 4. 25. 같은 회사가 발행하는 신주 8,505,577주를 42,527,885,000원(1주당 인수가격 : 액면 가인 5,000원)에 인수(이하 비 사건 2차 신주인수행위이 사건 1,2차 신주인수행위를 통틀어이 사건 각 신주인수행위'라고 한다)하여 합계 160,097,885,000원을 BBBBBB에 출자하였다.",나. 원고는 이 사건 신주를 보유하고 있다가 2000. 6. 7. BBBBBB 직원 DDD 외 5인에게 이 사건 신주 전부를 주당 1원에 양도한 후 2000 사업연도 법인세 결산시 양도차손 160,065,865,423원(160,097,885,000원一32,019,577주 x 1원)을 투자유가증권처 분손실 등으로 회계처리를 하였다.

다. 원고는 위 투자유가증권처분손실액 160,065,865,423원을 손금에 산입하여 2001.

3. 31. 피고에게 2000년도 귀속 법인세 과세표준 및 세액 신고를 하였다.

라. 피고는 2006. 3. 27. 원고에게，이 사건 각 신주인수행위는 원고가 유상증자 형식 을 빌려 BBBBBB에게 위 각 신주인수가액 상당을 무상 지원한 것으로 구 법인세 법 저152조 제1항 소정의 부당행위계산부인의 대상이 된다고 보아 위 각 신주인수가액 에 대한 인정이자를 익금산입하고，지급이자와 위 유가증권투자처분손실액을 손금불산입하여 2000년도 귀속 법인세 ○○○○○○○○원(가산세 포함)을 증액，부과하였다,

마. 원고는 2006, 6. 16. 조세심판원에 위 부과처분에 대한 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2009. 3. 24. 이 사건 각 신주인수행위는 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9, 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 시행령) 제88조 제1항 제6호 소정의 자금의 무상지원이 아니라 같은 항 제1호 소정의 자산의 고가매입에 해당하므로 위 인정이자를 익금산입에서, 위 지급이자를 손금불산입에서 각각 제외하여 과세표준과 세액을 경정하여야 한다는 취지로 결정하였다.

"바. 이에 피고는 2009. 4. 3. 원고에게，위 결정에 따라 이 사건 각 신주인수행위는 시가가 0원인 신주를 5,000원에 매입한 것이어서 구 시행령 제88조 제1항 제1호 소정 의 자산의 고가매입에 해당하고，다만 위 인정이자를 익금에서，위 지급이자를 손금불 산입에서 각 제외하여 2000년도 귀속 법인세 ○○○○○○○○원을 감액하는 것으로 경정 [이하 2006. 3. 27.자 증액부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분(○○○○○○○○원)을 _이 사건 처분'이라 함]하였다.",[인정근게 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제2, 3호증, 을 제1호증의 각 기재

3. 이 사건 처분의 위법성울 다투는 원고 주장의 요지

가. 이 사건 각 신주인수행위는 부당행위계산부인 대상이 아님

(1) 이 사건 각 신주인수행위와 같은 자본거래에는 구 시행령 제88조 제1항 제1호 (자산의 고가매입)가 적용되지 않음

피고는 이 사건 각 신주인수행위가 구 시행령 제88조 제1항 제1호(자산의 고가매입)에 해당한다고 주장하나，BBBBBB의 신주발행은 법인세법에서 규정하고 있는 자본거래일 뿐만 아니라 원고가 BBBBBB의 신주를 인수하더라도 BBBBBB의 소득에 아무런 영향을 미치지 못하므로 BBBBBB에 이익분여가 이루어진 것으 로 볼 수 없어 이 사건 각 신주인수행위는 구 시행령 제88조 제1항 제1호에 정한 부 당행위계산부인의 대상에.해당하지 않는다.

(2) 이 사건 각 신주인수행위에 대해 구 시행령 제88조 제9호를 적용할 수도 없음

피고는 또한，이 사건 각 신주인수행위가 구 시행령 제88조 제1항 제1호 소정의 자산의 고가매입에 해당하지 않는다 하더라도 이 사건 각 신주인수행위로 인해 특수관계인의 지위에 있는 CCC의 보증채무가 해소된 이상, CCC에게 이익분여를 한 것으로 볼 수 있다는 이유로，같은 항 제8호에 준하는 행위로서 같은 항 제9호 소정의 부당행위 계산부인 유형에 해당한다고 주장한다.

그러나 CCC의 보증채무 해소는 이 사건 각 신주인수행위와 무관하고 설령 인수대금이 보증채무 해소에 사용되었다고 하더라도，이는 단순한 사실상 또는 반사적 이익에 불과하므로 이익분여가 있었다고 볼 수 없다.

따라서 이 사건 각 신주인수행위는 구 시행령 제88조 제1항 제9호에 정한 부당행위계산부인의 대상에 해당하지 않는다,

(3) 이 사건 각 신주인수행위는 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래행위가 아님

이 사건 각 신주인수행위는 IMF 위기 대처를 위한 정부주도의 항공산업 구조조정 과정에서 원고가 주주로서의 책무를 다하고, BBBBBB의 부도에 따른 금융제재 (적색거래처 지정，신용등급하락)에 따른 이자비용 부담 등을 회피하기 위한 것으로서 경제적 합리성을 무시한 비정상적 거래행위가 아니다.

나. 이 사건 처분은 중복세무조사에 기한 것이어서 위법함

피고는 원고를 상대로, ① 2001. 2. 20.부터 2001. 6. 29.까지, ② 2001. 12. 13.부 터 2002. 7. 22.까지，③ 2005. 2. 21.부터 2005. 6, 1.까지 모두 3차례에 걸쳐 세무조사를 하여 원고가 이 사건 각 신주인수행위를 한 후 인수한 주식을 매각한 사정 등을 모두 확인하였음에도, 또다시 2005. 12. 7.부터 2006. 1. 5.까지 사이에 2000 사업연도 귀 속 법인세 등에 대한 세무조사를 실시한 후 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분은 위와 같은 중복세무조사에 기초한 것이어서 위법하다.

다. 이 사건 처분 중 이 사건 1차 신주인수행위에 관한 부분은 제척기간을 도과한 것이어서 위법함

(1) 피고는，이 사건 각 신주인수행위의 실질은 BBBBBB이 신주인수를 통하여 마련한 자금으로 일반채권자에 대한 채무를 변제함으로써 연대채무자인 CCC로 하여금 연대채무부담에서 벗어나게 한 후 BBBBBB을 청산한 것이라고 주장하고 있는 바, 피고의 위와 같은 주장대로라면 이 사건 각 신주인수행위가 부당행위계산부인의 대상이 된다 하더라도 이는 그 실질이 구 시행령 제88조 제1항 제1호 소정의 자산의 고가매입이 아니라 같은 항 제6호 소정의 자산의 무상제공에 해당한다고 볼 수밖에 없다.

그리고 이 사건 각 신주인수행위가 자산의 무상제공이라면 이 사건 1차 신주인수행위에 관한 납입대금은 1999년도 귀속 법인세로 부과하여야 하는바, 1999년도 귀속 법인세에 관한 부과처분의 제척기간은 그 과세기간이 종료하는 때인 2000. 3. 31.부터 5년이 지난 2005. 3. 31.까지이므로，이 사건 처분 중 위 1차 신주인수행위에 관한 부분은 제척기간을 도과한 것이어서 위법하다.

(2) 설령 이 사건 각 신주인수행위가 구 시행령 제88조 제1항 제1호 소정의 자산의 고가매입에 해당한다 하더라도 자산의 고가매입의 경우 그 자산의 매입시점을 기준으로 세무조정이나 소득처분이 이루어져야 하고，그러한 세무조정이나 소득처분에 관한 권한도 조세부과권의 범위에 포함된다고 보아 제척기간 5년이 적용되어야 하므로， 이 사건 처분 중 위 1차 신주인수행위에 관한 부분은 제척기간 5년이 도과한 후에 이루어진 세무조정 및 소득처분에 기한 것이어서 위법하다.

라. 이 사건 각 신주의 시가 산정의 위법

(1) 신주의 고가인수로 인한 부당행위계산부인 금액 산정의 기준이 되는 주식의 시가는 증자대금 납입 직후의 주식가액으로 평가되어야 하고, 이 경우 정상적인 실제 거래사례 가격이 없는 이상 감정가격이나「상속세 및 증여세법j 소정의 보충적 평가방법에 의하여 시가를 산정하여야 함에도, 피고는 그와 같은 방법으로 시가를 산정하지 아니하고, 막연히 이 사건 각 신주의 시가가 0원이라고 전제하여 이 사건 처분을 하였다, 그러나 이 사건 각 신주의 시가는 1차 신주인수행위의 경우 신주 1주당 3,421원 이거나 4，105원(최대주주 할증률 적용한 경우)이고, 2차 신주인수행위의 경우 신주 1주 당 1，015원이거나 1，218원(최대주주 할증률 적용한 경우)이라 해야 하므로, 위 각 신주의 시가가 0원음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 신주인수대금의 납입으로 인하여 원고가 기존에 보유하고 있던 구주식의 가치도 상승하였으므로，이러한 가치증가분은 이익분여액을 산정함에 있어 제외되어야 한 다，

마. 가산세 부과의 위법

(1) 정당한 사유의 존재

법인세법상 신주인수행위를 통한 이익분여에 대한 과세방법에 관한 해석이 일의적이라고 할 수 없는 점，피고도 부당행위계산부인 규정의 적용에 대해 확신을 가지지 못하고 2000사업연도에 대한 부과처분의 제척기간이 임박한 2006. 3. 27.에 이르러서야 이 사건 처분을 함으로써 본세보다 많은 가산세가 부가된 점 등을 감안하면，원고가 위 각 신주인수행위에 관한 법인세 신고 •납부의무를 게을리한 데 정당한 사유가 있다.

(2) 가산세율 적용상의 위법

법인세법 시행령이 2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되면서 같은 시행령 제119조 제1항에 정한 가산세율이 1일 1만분의 5세서 1일 1만분의 3'으로 낮아졌는데，가산세의 법적 성격，헌법상의 평등의 원칙, 모법인 법인세법 규정의 해석 등을 고려하면, 위 법인세법 시행령 개정 이후부터는 1일 1만분의 3의 가산세율이 적용되어야 한다.

바. 납세고지 형식의 위법

이 사건 처분에는 과소신고 가산세, 미남부 가산세, 공고불이행 가산세가 포함되어 있는데，피고가 원고에게 보낸 납세고지서에는 위와 같은 가산세가 구분 기재되어 있지 않다. 따라서 피고의 납세고지에는 가산세의 종류와 산출근거를 밝히지 아니한 위법이 있다.

4. 중복세무조사 여부에 관한 우선적 검토

가. 우선적 검토의 필요성

중복하여 실시된 위법한 세무조사에 기초하여 이루어진 과세처분은 위법하므로(대법원 2006. 6. 2. 선고 2004두12070 판결 등 참고)，이 사건 처분이 위법한 중복조사에 기한 처분이라면, 원고의 나머지 주장을 살펴볼 필요 없이 이 사건 처분은 위법하여 취소를 면치 못한다고 할 것이다. 따라서 이 사건 처분이 위법한 종복세무조사에 기한 것인지 여부를 우선 검토하기로 한다.

나. 인정사실

(1) 제1차 세무조사

"(가) ○○지방국세청은 2001, 2. 20.부터 2001, 6. 29.까지 원고에 대하여 조사대상기간을 '1996부터 1998년까지'，과세대상기간을 1996년부터 2000년까지 I 조사대상 세목을 법인세 외'，과세대상기간을 '1996년부터 2000년까지'로 하는 정기 세무조사를 실시하였다.",(나) 원고는 위 세무조사 과정에 조사공무원에게 1999. 8. 12. 및 2000. 4. 25. BBBBBB의 유상증자 참여 및 2000. 6. 7. 이 사건 신주 처분행위가 각 반영된 1999 사업연도 및 2000 사업연도의 장부 및 관련 자료를 제출하였다.

(다) 피고는 위 세무조사를 토대로 원고에게 1996년부터 2000년 5개 사업연도를 과세대상기간으로 하여 조사결과를 통지하였는데，2000 사업연도의 경우 ① 계열사 발행 후순위사채 처리매입，② 계열사 매출채권 지연회수，③ 계열사 선급금 과다지급， ④ 업무 관련 없는 비용 부인, ⑤ 임대료 수입누락，⑥ 해외 자회사 보증수수료 수입 누락, ⑦ 매출연체이자 누락 등을 이유로 법인세 약 ○○○○○○원을 부과할 예정임을 고지하였다. 한편 피고가 적출한 위 항목 중 ③ 항목은 2000 사업연도에만 관련 된 것이고, ⑤ 항목은 1999년과 2000 사업연도에만 관련된 항목이다.

(2) 제2차 세무조사

"○○지방국세청은 2001. 12. 13.부터 2002. 7. 22.까지 원고에 대하여 조사대상기간을 1999 사업년도, 조사대상 세목을주식변동조사와 관련된 모든 세목，조사사유를 '주식변동 실지조사'로 하는 세무조사를 실시한 후，2002, 7, 22. 원고에게 96~98년의 5차에 걸친 ○○종합금융(주) 유상증자 과정에서 실권주 고가인수로 인한 불균등 유상 증자와 관련하여 부당행위계산 부인한다'는 취지가 기재된 세무조사결과통지서를 보내었다.",(3) 제3차 세무조사

"○○지방국세청은 2005. 2. 21.부터 2005. 6. 1.까지 원고에 대하여 세목을 '증여세'과세대상기간을2000. 1.부터 2000. 12.까자로 하는 세무조사를 실시한 후，2005. 6. 7,경 'AAAAA(주) 주식변동조사결과 경정•고지할 세액 없음'이 기재된 세무조사 결과통지서를 보내었다.",(4) 이 사건 세무조사

"(가) ○○지방국세청은 2002년 1월경 BBBBBB이 제출한 주식 등 변동상황 명세서(이하 '이 사건 주식변동명세서'라 한다) 등을 제출받았는데, 이를 검토한 소속 공무원 EEE는BBBBBB이 2000. 4. 25. 유상증자를 하였는데, 그 과정에서 FFFFF, GGGGG가 고가로 신주를 인수하면서 실권주를 초과 배정받아 특수관계자인 CCC에게 이익을 분여한 혐의가 있고, CCC，원고，HHHHHH이 BBBBBB 주식을 보유하다가 특수관계인에게 저가로 양도한 혐의가 있다'는 취지가 기재된 주식변동 서면 검토 보고서(이하1차 주식변동 검토보고서'라 한다)를 작성하여 이를 상부에 보고하였다.", "(나) ○○지방국세청 소속 공무원 JJJ은 2005. 11. 17.BBBBBB이 불균등 유상증자를 하여 특수관계인에게 이익을 분여한 혐의, CCC, 원고, HHHHHH 등이 BBBBBB 주식을 특수관계인에게 저가로 양도하였다는 등의 혐의 등을 확인하기 위해 BBBBBB, CCC，원고，HHHHHH에 대한 서면조사를 실지조사로 전환해야 한다'는 취지가 기재된 주식변동 서면확인 검토서(이하 '2차 주식변동 검토보고서'라 한다)를 작성하여 이를 상부에 보고하였다.", "(다) ○○지방국세청은 2005. 10. 27.부터 2006. 5. 30.까지 BBBBBB에 대한 주식변동 실지조사를 실시하는 한편, 2005. 11, 23,경 원고에게 세무조사사전통지서를 보낸 후，2005. 12. 7.부터 2006. 1. 5.까지 원고를 상대로 조사대상 세목을 법인세 등'，조사대상기간을 '2000 사업연도' 조사사유를 'BBBBBB 주식변동내용 확인(실지조사)'로 하는 세무조사를 실시한 후 그 결과에 기초하여 이 사건 처분을 하였다.",[인정근게 다툼 없는 사실, 갑 제83 내지 86호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포 함)，을 15 내지 20호증의 각 기재，환송 전 당심 증인 KKK의 증언，변론 전체의 취 지

다. 원고의 주장에 대한 판단

(1) 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의3 제2항은 "세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우，2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우, 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세 목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다"고 규정하고 있다.

세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사 를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고，세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다. 다만 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금 탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부 분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81호 의3 저)2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 볼 것이다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결 참조).

(2) 이 사건의 경우를 위와 같은 법리에 비추어 살펴보면，이 사건 세무조사는 제1차 세무조사와 비교할 때 그 세목과 과세기간이 동일한 2000 사업연도 법인세에 대하여 거듭 실시된 세무조사로서 특별한 사정이 없는 한 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당한다.

라. 피고의 주장에 대한 판단

(1) 피고는 우선, BBBBBB 등에 대한 주식변동조사 및 이 사건 각 신주인수행위를 지시한 CCC에 대하여 배임죄를 인정한 유죄판결 등을 통해 원고가 이 사건 각 신주인수행위를 통해 CCC에게 이익분여를 한 사정이 비로소 드러났으므로, 이 사건 세무조사는 제1차 세무조사 이후에 영:세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'로 보아서 중복세무조사가 예외적으로 허용되어야 한다고 주장한다.

"살피건대 구 국세기본법 제81조의3 제1항，제2항 규정과 그 취지에 비추어 볼 때，구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'라 함은 조세의 탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우로 한정되어야 하며 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다고 해석함이 상당하다(대법원 2011.01.27. 선고 2010두6083 관결 등 참조)",그러므로 우선，BBBBBB 등에 대한 주식변동조사 결과가 조세탈루의 혐의룰 인정할 만한 명백한 자료인지 여부를 보건대, 앞서 본 사실을 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① BBBBBB이 제출한 이 사건 주식변동명세서는 BBBBBB의 주주들이 변동된 사항이 기재된 것에 불과하고，BBBBBB의 주주들 중 원고 와 관련된 변동 사항，즉 원고가 이 사건 각 신주인수행위를 통해 BBBBBB이 발 행한 신주를 인수하였다가 매각한 사실은 피고가 제1차 세무조사를 통해 이미 확인한 내용으로 보이는 점, ② 1차 주식변동 검토보고서에 의하더라도，피고는 이 사건 주식 변동명세서를 통해 원고가 BBBBBB 주식을 저가로 매도한 혐의만을 확인하였을 뿐, 원고가 BBBBBB 또는 CCC에게 이익분여를 한 혐의는 확인하지 못한 점，③ 2차 주식변동 검토보고서에도 원고가 BBBBBB 주식을 저가로 매도한 혐의를 확인하기 위해 원고에 대한 주식변동 실지조사가 필요하다는 내용이 기재되어 있을 뿐인 점, ④ 그런데 원고가 BBBBBB 주식을 1원에 매도한 사실은 피고가 제1차 세무조사 당시 원고가 제출한 2000 사업연도 관련 장부 등을 통해 이미 확인한 내용으로 보 이는 점 등에 비추어 보면, BBBBBB 등에 대한 주식변동조사 결과는 원고가 신주 인수대금으로 BBBBBB 또는 CCC에게 이익을 분여하는 방법으로 조세를 탈루하였음을 알 수 있는 객관성과 합리성 있는 자료에 해당한다고 볼 수 없다.

또한，갑 제43호증，을 제6호증의 1，2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, CCC에 대하여 배임혐의 수사는 2006. 3.경 착수되어 2006. 5.경 기소되었고，배임죄를 인정한 1심 관결은 2007. 2. 5.에야 선고된 사실이 인정되는바，이와 같이 CCC에 대하여 배임죄를 인정한 유죄판결은 이 사건 세무조사가 실시된 이후의 자료임 이 명백하므로，이를 중복세무조사가 예외적으로 허용되는 객관성과 합리성 있는 자료 에 해당한다고 볼 수 없으며，달리 피고가 조세의 탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 기초하여 이 사건 세무조사를 실시하였다고 볼 증거가 없다.

따라서 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 피고는 또한，원고가 제1차 세무조사 당시 BBBBBB의 유상증자에 참여하 여 신주를 취득한 후 이를 매각한 자료를 제출하였다고 하더라도, 이러한 자료만으로는 원고의 유상증자 참여가 세법적으로 CCC에 대한 이익분여로서 부당행위계산부인의 대상이 된다는 점을 알 수 없고, 이러한 세법적 의미는 2005년 이후 이루어진 FFFFF그룹에 대한 주식변동조사 및 CCC에 대한 배임죄 수사를 통해 비로소 밝혀진 것이므로，당초의 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 존재한다는 취지의 주장을 한다.

"그러나 앞서 본 사실에 변론 전체의 취지를 보태어 보면 알 수 있는 다음과 같은 사정들，즉 ① 피고는 제1차 세무조사 당시 특정 항목이 아니라 법인세 전반에 대한 세무조사를 실시하였고，일부 항목의 경우 2000 사업연도에만 적출된 점, ② 제1차 세무조사에 기초한 2000 사업연도의 부과예정 법인세액이 122억 원이 넘는 점, ③ 피고가 최초 내세운 과세처분 사유는원고가 유상증자 형식을 벌려 BBBBBB에게 신주인수가액 상당을 무상 지원하였다'는 것이고，이후 조세심판원 결정으로 변경된 사유 역시원고가 BBBBBB의 자산인 신주를 고가에 매입하였다'는 것인바，이와 같은 처분사유는 모두 이익분여의 상대방이 BBBBBB임을 전제로 하는 것으로서 BBBBBB의 주식변동조사와는 아무런 관련이 없다고 보이고，오히려 제1차 세무조사를 통해 확인된 자료만으로도 원고가 유상증자 형식을 빌려 BBBBBB에게 이익을 분여하였다는 사정을 확인할 수 있었다고 보이는 점，④ 과세관청이 세무조사 당시 확인한 사실이 가지는 세법적 의미를 제대로 파악하지 못하였다는 사정은 거듭된 중복세무조사를 정당화할 사유가 되지 못할 뿐만 아니라, 피고는 제2차 세무조사 당시 1999년도 주식변동과 관련된 모든 세목을 조사한 사실이 있으므로，이 과정에서 원고의 BBBBBB 유상증자에 참여가 가지는 세법적 의미를 중분히 검토하였을 것으로 보이 는 점，⑤ CCC에 대한 배임혐의 수사는 이 사건 세무조사 이후에 발생한 사정인 점 등에 비추어 보면，제1차 세무조사 당시 피고가 이 사건 세무조사의 사유로 내세운BBBBBB 주식변동 내역'에 관한 부분이 제외되어 있었다고 하더라도，이 사건 세무조사가 중복세무조사가 아니라고 볼 특별한 사정이 존재한다고 볼 수 없다.",따라서，피고의 위 주장 역시 받아들일 수 없다.

(3) 피고는 또한, 주식변동조사에 기초한 법인세 조사는 법인 주주의 지위에서 이루어진 부당한 자본거래가 법인의 수익에 미치는 효과를 확인하기 위한 것이라는 점에 서 통상적인 법인세 조사와는 그 목적，방법, 경위 등을 달리 하므로，통상적인 법인세 조사가 이미 이루어진 이후라도 주식변동조사에 한정된 법인세 조사는 이를 허용해야 할 특별한 사정이 있다는 취지의 주장을 한다.

그러나 특정 항목을 누락한 세무조사를 한 이후에 다시 같은 세목，같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 원칙적으로 중복세무조사에 해당함은 앞서 본 바와 같고，주식변동조사만을 달리 보아야 할 이론적，현실적 근거가 없다고 보인다.

따라서，피고의 위 주장은 역시 받아들이기 어렵다.

바. 소결론

이 사건 처분은 위법한 중복세무조사에 기초하여 내려진 것으로서 처분의 실질적 내용이 위법한지에 관한 원고의 나머지 주장을 살펴볼 필요 없이 위법하다.

5. 결론

그렇다면，원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바，제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 상고심에서 이미 확정된 제1심 판결 중 환송 전 당심에서 취소한 부분을 제외한 나머지 원고 패소 부분을 취소하고，이 사건 처분 전부를 취소하는 내 용으로 주문과 같이 판결한다,