가. 청구법인은 OOOOO OOO OOO OOOOO 소재 컴퓨터부품인 인쇄회로기판(PCB)을 제조하다가 2004.5.24.에 부도가 발생한 사업체로서, 자료상행위자로 고발된 청구외 OOOOOO 주식회사(이하 쟁점매입처 라 한다)로부터 공급가액 24억원(이하 쟁점매입액 이라 한다) 상당의 세금계산서(이하 쟁점세금계산서 라 한다)를 수취하여 관련매입세액을 매출세액에서 공제하여 2000년 제1기 부가가치세 신고를 하였다.

나. OO지방국세청장은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 실제로는 OOOOOO로부터 공급가액 1,460백만원의 건설용역을 제공받고 쟁점매입처로부터 쟁점세금계산서를 수취한 사실과 2000, 2001 및 2002사업연도에 각각 540,160,000원, 238,273,322원 및 180,000,000원 합계 958,433,322원(이하 쟁점주식취득자금 이라 한다)의 법인자금을 가지급금 등으로 계상하지 않고 불법유출하여 대표이사 정 O의 주식취득자금으로 사용한 사실을 확인하고 동 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 쟁점매입액관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하고, 쟁점주식취득자금을 청구법인의 대표이사 정 O이 개인적으로 사용한 것으로 보아 동 금액을 익금산입하고 대표자 상여로 소득처분하여 청구법인에게 2002사업연도 법인세 125,639,760원은 2004.9.22.에, 2000년 1기 부가가치세 535,459,500원은 2004.12.4.에 각각 경정 고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2004.12.20. 이의신청을 거쳐2005.8.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점매입액을 실물거래없는 가공매입으로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하였으나, 처분청이 청구법인에 대한 법인세 조사후에 청구법인의 대표이사인 정 O을 특정범죄가중처벌등에 관한 법률 위반으로 OO지방검찰청에 고발(OOOOOO OOO)한 공소사건 중 이 건과 직접 관련된 공소사실에 대하여는 OO지방검찰청 검사장이 2006.4.20. 자로 공소제기를 포기하였는 바, 이는 쟁점세금계산서가 정당한 세금계산서임을 인정한 근거이므로 처분청의 매입세액 불공제처분은 취소되어야 한다.

(2) 처분청은 대표이사 정 O이 개인 주식취득자금으로 사용하기 위해 법인자금을 유출하여 개인목적으로 사용한 것으로 보아 해당연도에 각각 쟁점주식취득자금을 익금에 산입하고 동 금액을 대표자 상여로 소득처분하였는 바, 청구법인은 2002사업연도 이후에도 정상적으로 제조업을 영위하였고 대표자 정 O도 청구법인의 대주주이므로 언제든지 회수할 수 있었으며, 더구나 대표자 정 O은 부도일인 2004.5.24. 이후에도 나름대로 법인의 회생을 위하여 노력하였는데도 불구하고 주식취득자금에 대하여 인정이자 상당액을 익금에 산입하여 과세하지 아니하고 쟁점주식취득자금 자체를 해당연도에 회수할 수 없는 것으로 판단하여 일시에 익금에 산입한 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2000년 2월～5월경 공장(3～5층 약 2,000평) 증축시 실제 시공업자인 OOOOOO(OO OOO)에게 공사도급을 맡기면서 종합건설업면허를 보유하고 있는 쟁점매입처와 2000.2.15. 도급금액 24억원(부가가치세 별도)의 형식적인 도급계약서를 작성하고 건설업면허 대여료 명목으로 59,523,000원을 지급하고 실제 시공자인 OOOOOO에게는 어음 등 14억 5,000만원을 지급한 사실이 확인되며, 청구법인에 대한 세무조사 당시 청구법인의 사업장에서 예금주가 쟁점매입처 명의의 OOOOOO OOOOOO 발행 OOOOOOOO(OOOO O OOOOOOOOOOOOOOOOO)이 발견된 점으로 미루어 보아 청구법인이 공사대금 지급 등 입금·출금을 임의로 한 혐의가 있으며, 쟁점매입처는 100% 자료상으로 2003.6.17. 검찰에 고발된 업체이다.

또한, 청구법인의 전 관리이사 김OO과 전 관리부장 권OO도 위의 사실을 확인하고 있으므로 쟁점세금계산서 발행금액(24억원)과 실제공사금액(1,450백만원)과의 차액(950백만원)에 대한 법인세과세문제는 별론으로 하더라도 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 2004.5.24. 부도발생으로 인하여 2004.6.11.부터 긴급조사를 실시한 법인으로 대표이사 정 O이 부도 이후에도 회사 회생을 위한 노력을 하였다고 하나, 청구법인의 사업장은 2004.5.31. 이미 전종업원이 퇴직하였고 단전 단수로 공장가동이 중단된 상태로 공장을 압류한 OOOOOO OOOOOO의 경비업체가 출입을 통제하는 등 더 이상 사업을 할 수 없는 것으로 판단되며, 대표이사 정 O의 개인주식 취득자금 출처금융조사에서 법인자금의 유출로 판명된 쟁점주식취득자금은 매출누락금액에 의하여 조성된 자금임이 확인되는 등 청구법인은 세무조사 당시 사실상 폐업한 법인으로 청구법인에게서 유출된 법인의 자금을 회수할 수 없다고 판단되어 쟁점주식취득자금을 대표자에게 상여로 소득처분한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1)쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련매입세액을 불공제한 처분의 당부

(2) 법인의사업연도 중 가지급금 등으로 회계처리하지 않고 법인자금을 유출하여 대표이사 개인 주식취득자금으로 사용한 쟁점주식취득자금을 익금가산하고 대표자 상여로 소득처분한 것이 정당한지 여부

나. 관련법령

부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재산 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

법인세법 제67조 【소득처분】

제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(생략)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나.귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

④ 내국법인이 「국세기본법」 제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 2. 19. 신설)

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서가 정상적으로 발행된 세금계산서로 위장하기 위해 쟁점매입처의 OOOOOOOO을 소지하고 있으면서 입·출금을 임의로 조작한 혐의가 있고, 청구법인의 전 관리이사, 관리부장도 실제로는 OOOOOO로부터 1,450백만원의 건설용역을 공급받고 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 인정하고 있으므로 쟁점매입액을 가공매입으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다는 의견인데 대하여, 청구법인은 OO지방검찰청 검사장이 청구법인의 대표이사 정 O에 대하여 쟁점①과 관련하여 공소제기를 포기한 것으로 보아 쟁점세금계산서는 정당한 세금계산서라고 주장하며 OO지방검찰청의 공소장변경 허가신청서 등을 제시하고 있다.

(나)청구법인에 대한 세무조사 결과, 쟁점매입처로부터 공급가액 24억원의 쟁점세금계산서를 수취하고 OOOOOO OOOOOO 시설자금 1,920백만원과 청구법인 자금 480백만원 합계 24억원을 청구법인이 통장을 소지하고 있던 쟁점매입처 명의 OOOOOO OOOOOOOO(OOOOOOOOOOOOOOOOO)에 입금한 후, 2억원은 2000.8.14. 대표이사 정 O의 개인 양도소득세 납부에 사용하였고, 730,008,800원은 정O의 개인 주식취득자금 등으로 사용되는 등 실제거래로 위장하기 위한 금융흐름을 조작한 사실이 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인된다.

(다) 청구법인의 전 관리이사 김OO과 전 관리부장 권OO는 청구법인의 공장증축공사(3～5층, 약 2,000평)와 관련하여 실제 시공자는 OOOOOO이고 실제공사대금은 1,450백만원, 쟁점매입처로부터는 종합건설면허를 빌리고 면허대여료 59,523,000원을 지급하고 쟁점세금계산서 수취하였다고 진술하고 있으며, 대표이사 정 O도 실제 시공자는 OOOOOO이고 쟁점매입처는 건설업면허를 빌린 사실에 대하여는 이를 인정하고 있다.

(라) 따라서쟁점세금계산서 발행금액(24억원)과 실제공사금액(1,450백만원)과의 차액(950백만원)에 대한 법인세과세문제는 별론으로 하더라도 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련매입세액을 불공제한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 처분청은 청구법인이 세무조사 당시 폐업한 법인으로 청구법인에게서 유출된 법인의 자금을 회수할 수 없다고 판단되므로 쟁점주식취득자금을 대표자에게 상여로 소득처분한 것은 정당하다는 의견인데 대하여, 청구법인은 2002사업연도 이후에도 정상적으로 제조업을 영위하였고 언제든지 회수할 수 있어 쟁점주식취득자금을 가지급금으로 보아 인정이자계산하지 아니하고 쟁점주식취득자금 자체를 일시에 익금산입하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

(나) OO지방국세청의 대표이사 정 O의 주식취득자금에 대한 금융추적조사 결과 가지급금 등으로 회계처리하지 않고 다음 <표>와 같이 2000～2002사업연도 중 958,433,322원의 법인자금이 유출된 사실이 확인된다.

OOOOOOOOO OOOO OOOO

(다) 청구법인의 전 관리이사 김OO과 전 관리부장 권OO도 쟁점세금계산서 발행금액(24억원)과 실제시공자에게 실제로 지급한 공사대금 (1,450백만원)과의 차액(950백만원)으로 대표이사 개인 주식취득자금으로 사용하였다고 진술하고 있는 것으로 보아 청구법인이 쟁점주식취득자금을 유출하면서 가지급금 등으로 회계처리 하지 않은 것은 유출자금을 회수할 의도가 없는 것으로 보이며 사외에 유출된 것이 분명한 경우에 해당되어 그 귀속자인 대표이사 정 O에게 상여로 소득처분한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.