2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

2. 항소취지 : 주문과 같다.

가. 원고 회사(2007. 9. 7. 변경전 상호는 ‘주식회사 강호엔지니어링건축사사무소’)의 연혁

(1) 설립 일자 : 2000. 3. 17.

(2) 목적 사업 : 건축설계업, 주택건설업 및 분양업 등

나. (주)파크에이엠씨(이하 ‘소외 회사)의 연혁

(1) 설립 일자 : 2006. 10. 10.

(2) 본점 : 서울 서초구 서초동 (주소 1 생략)

(3) 목적 사업 : 주택건설업 등

(4) 2006. 12. 15. 주택법 제9조 가 정한 주택건설사업자로 등록

다. 원고 회사의 (주)신일과 공사도급계약 체결

(1) 일자 : 2006. 4. 20.

(2) 내용 : 장교구역 제6지구 도시환경정비구역(이하 ‘이 사건 정비구역’) 내에 있는 서울 중구 장교동 (지번 1, 2 생략) 일원 지상에 사업부지면적 8,768.46㎡, 건축연면적 102,080,73㎡, 지하 6층, 지상 2층의 주상복합건물(공동주택 276세대, 근린생활시설, 운동시설)의 건축

(3) 공사 여부 : 시공사인 (주)신일은 2007. 6. 13. 부도처리되어 위 건설공사에 착수하지 못하였다.

라. 주택건설 부지의 취득 및 등록세 신고·납부

(1) 소외 회사

(가) 일자 : 2007. 2. 28.

(나) 대상 토지 : 이 사건 정비구역 내에 있는 서울 중구 장교동 (지번 3 생략) 외 3필지 토지 합계 1,123.85㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)

(다) 등록세 등 : 661,313,280원

○ 취득가액(과세표준) : 25,304,720,000원

○ 등록세 일반세율을 적용

(2) 원고 회사 : 2007. 2. 28. 이 사건 정비구역(토지 68필지) 중 45필지 토지 5,553.05㎡를 취득

마. 원고 회사의 소외 회사 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’)

(1) 합병일 : 2007. 12. 5.

(2) 본점 : 소외 회사의 소재지인 서울 서초구 서초동 (주소 1 생략)로 이전

바. 원고 회사의 정비사업 추진

(1) 사업시행인가

(가) 일자 : 2007. 12. 20.

(나) 사업의 내용(주된 용도) : 업무시설인 건축물 신축

(2) 2007. 12. 1. 착공신고(건축물 용도 : 업무시설, 근린생활시설, 문화집회시설)

사. 피고의 등록세 중과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)

(1) 처분일 : 2008. 8. 11.

(2) 처분사유 : 이 사건 토지는 등록세 중과대상이다.

(가) 원고는 2007. 12. 5. 소외 회사를 흡수합병하면서 이 사건 토지의 소유권을 승계 취득하였는데, 그 후 이 사건 토지를 주택건설용이 아닌 업무시설인 건축물 용지로 사용하였다.

(나) 결국 소외 회사는 이 사건 토지 최초 등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 이 사건 토지를 주택건설사업에 사용하지 않은 것에 해당하므로 지방세법 시행령 제101조 제2항 에 의하여 소급하여 등록세 중과세율이 적용된다.

(3) 고지 세액 : 이 사건 토지 취득가액에 중과세율 적용 후 기납부세액을 차감

(가) 등록세 1,281,127,650원(가산세 포함) 및 지방교육세 235,981,670원

(나) 각 부동산별 상세 내역은 아래와 같다.

아. 기타 사항

(1) 이 사건 정비구역의 연혁

(가) 1973. 9. 6.(건설부 고시 제1973-368호) 재개발구역으로 지정

(나) 1976. 7. 14.(건설부 고시 제1976-104호) 도시환경정비구역으로 지정

(다) 건축계획상 주용도 변경 지정

○ 2007. 4. 12.(서울특별시장 고시 제2007-94호) 주거 및 근린생활시설

○ 2007. 5. 17.(서울특별시장 고시 제2007-132호) 주거

○ 2007. 8. 16.(서울특별시장 고시 제2007-274호) 업무시설

(2) 원고의 불복 : 심판청구 2009. 6. 18. 기각

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 11, 17호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 이 사건 합병으로 이 사건 토지를 취득하였으므로 구 조세특례제한법 제119조 제1항 제2호 가 적용되고, 이 조항에서와 같이 등록세 중과세율을 면제하는 규정만 있고 추징규정이 없는 경우에는 지방세법상 등록세 중과세율을 적용하여 등록세를 중과할 수 없다.

(2) 소외 회사는 시공사였던 (주)신일이 부도가 났고, 이 사건 정비구역의 건축계획상 주용도가 업무시설로 변경되어 더 이상 이 사건 토지를 3년 이내에 주택건설사업에 사용하지 못하게 된 것이므로 이는 구 지방세법 시행령 제101조 제2항 이 정한 정당한 사유에 해당된다.

(3) 피고는 이 사건 토지가 소급하여 등록세 중과대상이 되지 않는다는 내용의 질의회신을 하는 등으로 비과세를 하겠다는 공적 견해를 표명하였고, 행정안전부장관은 합병의 경우 등록세 중과 면제의 정당한 이유가 있다는 사례가 기재된 공무원교육교재로 일선 세무담당공무원에게 교육을 실시하는 등의 비과세관행이 있었기 때문에, 원고는 위 질의회신 및 비과세관행을 신뢰하여 이 사건 합병을 하였고, 이러한 신뢰에 반한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 첫 번째 주장에 관하여

구 조세제한특례법 제119조 제1항 제2호 , 구 조세제한특례법 제116조 제1항 에 의하면, 합병일 현재 소비성서비스업을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인간의 합병으로 인하여 양수하는 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제하고, 이 경우 지방세법 제138조 제1항 의 중과세율을 적용하지 아니하도록 되어있는바, 여기서 합병으로 인하여 양수하는 재산에 관한 등기라 함은 합병을 원인으로 재산을 양수하는 경우를 의미하므로, 이 사건의 경우에는 위 조항에 따라 원고가 소외 회사를 합병함으로써 이 사건 토지를 원고 명의로 취득하는데에 따른 등록세를 면제한다는 것이지 주택건설사업자인 소외 회사가 합병 전에 이미 이 사건 토지를 취득한 데에 따른 등록세를 면제한다거나 소외 회사가 이 사건 토지를 취득한 후 구 지방세법 제138조 제1항 , 구 지방세법 시행령 제101조 제1 , 2항 에 따라 정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 당해 업종에 사용하지 아니함에 따라 소외 회사를 합병한 원고가 부담하여야 할 중과세율에 따른 등록세를 면제한다는 것은 아니고, 또한 이와 같은 중과세율에 따른 등록세 추징규정으로 위 구 지방세법 제138조 제1항 , 구 지방세법 시행령 제101조 제1 , 2항 이 있으므로, 위 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 관하여

앞서 든 증거들 및 을 제1호증의 1 내지 3의 각 기재에 의하여 알 수 있는 아래의 사정들에 비추어 보면, 주택건설사업자인 소외 회사 및 소외 회사를 합병한 원고가 주택건설업에 사용하기 위하여 취득한 이 사건 토지를 그 등기일로부터 정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 주택건설업에 사용하지 아니한 것에 구 지방세법 시행령 제101조 제2항 의 정당한 사유가 없다고 봄이 상당하므로 위 주장 또한 이유 없다.

① 이 사건 정비구역의 건축계획상 주용도가 2007. 8. 16. 주거에서 업무시설로 변경되어 이 사건 토지를 주거 또는 주상복합건물의 건축에 사용할 수 없게 되었으나, 그와 같이 건축계획상 주용도가 변경된 경위를 살펴보면, 사업시행자인 원고(당시의 상호는 ‘주식회사 강호엔지니어링건축사사무소’임)가 2007. 5. 17. 서울특별시 중구청에 상업지역의 입지특성과 도심기능 활성화 차원에서 건축물의 용도를 주거에서 업무시설로 변경하는 내용의 장교 도시환경정비구역 및 정비계획 변경신청을 제출하여 위 변경신청이 서울특별시 도시·건축공동위원회의 심의를 거쳐 통과되었으므로 원고의 행위로 인하여 건축계획상 주용도가 변경되었다.

② 이 사건 정비구역 내 주상복합건물 신축공사의 시공사인 (주)신일과 공사도급계약을 체결한 것은 원고이지 소외 회사가 아니고, 소외 회사는 이 사건 도시환경정비사업 내의 토지 중 일부인 이 사건 토지만을 취득하여 애당초 소외 회사 단독으로는 사실상 주상복합건물의 신축이 불가능하였고, 위 (주)신일이 부도가 났다고 하여 이 사건 토지를 주택건설업에 사용하지 못할 이유는 없다.

③ 소외 회사는 2006. 10. 10. 서울 서초구 서초동 (주소 1 생략)을 본점으로 하여 설립되었는데, 원고의 당시 본점소재지는 서울 서초구 서초동 (주소 2 생략)로 소외 회사와 같은 건물에 본점을 두고 있었고, 소외 회사가 설립된 후 구 조세제한특례법 시행령 제116조 제1항 이 합병시 등록세를 면제해주는 사업기간인 1년이 지난지 얼마되지 않은 2007. 12. 5. 원고에 합병된 것으로 보아, 소외 회사는 실체가 없는 법인으로 원고가 등록세 중과를 피할 목적으로 합병을 예정하여 설립한 법인에 불과하여 소외 회사가 최종적으로 이 사건 토지를 주택건설업에 사용하려고 한 것은 아닌 것으로 보인다.

④ 소외 회사가 이 사건 토지를 취득한 데에 따른 등록세를 일반세율에 의하여 부과할지 중과세율에 의하여 부과할지는 소외 회사 및 소외 회사를 합병한 원고가 정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 이 사건 토지를 주택건설업에 사용하지 아니하였는가에 달려있는 것이지 원고가 소외 회사를 합병하였다는 사정만으로 소외 회사가 이 사건 토지를 주택건설업에 사용할 수 없게 된 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다.

(3) 세 번째 주장에 관하여

일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 기초하여 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바, 어떠한 행정처분이 이러한 요건을 충족하는 때에는 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아닌 한 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하다. 한편, 행정청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단함에 있어서는, 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고, 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 상대방의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 하고, 그 개인의 귀책사유라 함은 행정청의 견해표명의 하자가 상대방 등 관계자의 사실은폐나 기타 사위의 방법에 의한 신청행위 등 부정행위에 기인한 것이거나 그러한 부정행위가 없더라도 하자가 있음을 알았거나 중대한 과실로 알지 못한 경우 등을 의미한다고 해석함이 상당하고, 귀책사유의 유무는 상대방과 그로부터 신청행위를 위임받은 수임인 등 관계자 모두를 기준으로 판단하여야 한다( 대법원 2008. 1. 17. 선고 2006두10931 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 갑 제4 내지 7호증의 각 기재에 의하면, 소외인의 질의에 대하여 행정자치부 지방세정팀장이 ‘대도시내에서 설립한지 5년 이상 경과된 A법인이 같은 대도시내에서 주택건설사업을 목적으로 설립한지 2년이 경과된 B법인을 흡수합병하는 경우 B법인이 소유하고 있던 부동산을 A법인이 양수하여 등기하는 경우는 등록세의 중과세 대상이 되지 않는 것이며, 대도시내에서 설립한지 5년이 경과된 A법인으로 흡수합병됨에 따라 B법인이 취득 후 3년 이내에 사용하지 못하고 A법인에게로 이전되는 부동산은 3년 이내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다 할 것이므로 당초 일반과세로 납부한 등록세의 중과세 추징대상이 되지 않는다 할 것이다’라고 회신한 사실은 인정되나, ① 위 질의는 원고가 아닌 소외인이 이 사건 처분의 권한이 있는 피고가 아닌 행정자치부 지방세정팀에 한 것으로 위 회신내용 및 형식으로 보아 관계법령의 일반적인 해석에 불과한 점, ② 위 회신에는 ‘등록세의 중과세 추징대상 여부는 과세권자가 사실관계를 확인하여 판단할 사항이다’라고 기재되어 있는 점, ③ 앞서 본 바와 같이 원고는 소외 회사를 등록세 중과를 피하기 위하여 설립하였고, 실체가 없는 소외 회사는 추후 원고와 합병이 예정되어 있었던 것으로 보임에도 그러한 사정은 질의내용에 포함되어 있지 아니한 점 등에 비추어 볼 때 위와 같은 사정만으로 피고가 원고에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 한 것이라고는 보기 어렵고, 가사 피고가 공적인 견해를 표명한 것으로 본다 하더라도 피고의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 원고에게 귀책사유가 없다고 할 수도 없으므로, 위 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 관계 법령 생략]