2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

가.원고는 인천광역시 중구 운서동 소재 인천국제공항의 건설 및 관리·운영을 목적으로 인천국제공항공사법에 의하여 1999. 2. 1. 설립된 법인이다.

나. 원고는 2000 사업연도에 조세특례제한법(이하 '법'이라 한다) 제25조 제1항 제1호 소정의 '에너지절약시설'인 중수도시설을 설치(이하 '이 사건 투자'라 한다)한 후, 2001. 3. 31. 2000년도분 법인세 신고를 하면서 법 제25조 제2항 에 따라 이 사건 투자 금액의 5/100에 상당하는 금액인 950,201,405원에 대하여 특정설비투자에 따른 세액공제신청을 하고, 법인세로 2,264,817,509원(산출세액 3,215,018,914원－950,201,405원)을 신고납부하였다.

다. 이에 대하여 피고는 법 제130조 제1항에 의하여 '수도권 안의 사업용고정자산'에 대해서는 법 제25조 가 적용되지 아니하는데 인천국제공항은 수도권 안에 위치하여 이 사건 투자는 조세감면이 배제되는 투자에 해당한다는 이유로 원고의 위 세액공제신청을 받아들이지 않고, 2001. 12. 14. 원고에게 추가납부할 법인세액으로 1,072,777,380원(위 950,201,405원＋가산세 122,572,981원)을 결정·고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가.당사자들의 주장

(1) 원 고

'수도권 안의 투자에 대한 조세감면배제'를 규정한 법 제130조 제1항 에 규정된 '수도권'의 범위는 위 법조항의 입법 취지에 비추어 볼 때 '수도권 중 감면이 배제되는 지역의 범위'를 규정한 법시행령 [별표 1]에 의하여 정하여야 할 것인데, 위 [별표 1]은〈비고〉로 '도시계획법상 도시계획시설로 결정된 공항'은 수도권 중 감면이 배제되는 지역의 범위에서 이를 제외하고 있으므로, 결국 이 사건 투자는 법 제130조 제1항 에 의하여 법 제25조 의 조세감면이 배제되는 수도권 안의 투자에 해당하지 않는다.

(2) 피 고

'법인본사의 수도권 외 지역 이전에 대한 특별부가세의 감면 등'에 관한 규정인 법 제61조 제1항 은 '대통령령이 정하는 수도권(이하 '수도권'이라 한다)' 안에 본점 또는 주사무소를 둔 법인이 본점 또는 주사무소를 수도권 외의 지역으로 이전한 경우 조세감면을 할 수 있다고 규정하고 있고, 이를 받아 법시행령 제57조 제1항 은 '대통령령이 정하는 수도권'이라 함은 [별표 7] 제1호의 수도권을 말한다고 규정하고 있는바, 위 법규의 체재·형식과 그 문언에 비추어 볼 때 법 제130조 제1항 의 수도권은 위 [별표 7] 제1호의 수도권을 의미한다고 보아야 할 것이고, 위 [별표 7] 제1호는 공항에 대한 특례를 규정하고 있지 않으므로, 결국 이 사건 투자를 법 제130조 제1항에 의하여 조세감면이 배제되는 투자로 보아 법 제25조를 적용하지 않은 것은 적법하다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판 단

구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제130조 제1항 은 내국인이 1990. 1. 1. 이후 수도권 안에서 창업하는 경우 수도권 안에 소재하는 당해 사업용고정자산에 대하여는 법 제5조 , 제11조 , 제24조 내지 제26조 및 제94조 의 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으나, 위 조항에 규정된 '수도권'의 범위에 관하여 명시적으로 규정하고 있지는 않다. 다만 법시행령 제5조 제2항 은 법 제6조 제1항 에 정한 창업중소기업 등에 대한 세액감면이 배제되는 지역의 범위와 관련하여 '대통령령이 정하는 수도권'을 [별표 1]로 규정하고 있고, 법시행령 제57조 는 법 제61조 제1항 에 정한 법인본사의 수도권 외의 지역 이전에 대한 특별부가세의 감면 등과 관련하여 '대통령령이 정하는 수도권'을 [별표 7] 제1호의 수도권을 말한다고 규정하고 있을 뿐이다. 따라서 법 제130조 제1항 에 의하여 조세감면이 배제되는 수도권의 범위는 위 법규의 체재·형식과 그 문언 및 입법 취지 등을 종합적으로 검토하여 합목적적으로 해석하여야 할 것이다.

먼저, 법규의 체재·형식에 관하여 보면, 조세특례제한법은 제2장 제1절 내지 제11절에서 직접국세와 관련하여 정부의 각종 경제정책을 지원하기 위한 조세정책의 유형에 따른 조세특례를, 제3장 내지 제5장에서는 간접국세, 지방세, 외국인투자 등에 대한 조세특례를 규정하는 한편, 제6장에서 위 각 조세특례에 대한 제한을 규정하는 형식을 취하고 있으므로, 법 제2장 제7절(지역간의 균형발전을 위한 조세특례) 제61조 제1항 (법인본사의 수도권 외 지역 이전에 대한 특별부가세의 감면 등)이 '대통령령이 정하는 수도권(이하 '수도권'이라 한다)'는 표현을 사용하고 있다 하더라도 이는 제2장 제7절 제61조 내지 제63조의2 에 규정된 수도권의 범위에 관한 것일 뿐, 나아가 제6장 조세특례제한에 관하여도 당연히 적용된다고 보기는 어렵다.

다음으로, 조세특례제한법은 조세의 감면 등 조세특례를 먼저 규정한 후에 이어서 이의 제한을 규정하는 형식을 취하고 있으므로, 후자에 관한 법규정을 해석함에 있어서는 전자에 나타난 정부의 조세정책에 대한 납세자의 신뢰를 해하는 결과가 발생하지 않도록 하여야 할 것이다.

그런데 법시행령 [별표 1]은 '수도권 중 감면이 배제되는 지역의 범위'라는 제하에 수도권 과밀억제권역으로 인천광역시(강화군·옹진군·서구 검단동 및 남동유치지역을 제외한다)를 포함시키면서 도시계획법상 도시계획시설로 결정된 공항을 제외한다고 규정하고 있고, 법시행령 [별표 7]은 '대도시권의 지역'이라는 제하에 인천광역시(강화군 및 옹진군을 제외한다)를 수도권의 일부로 규정하고 있는바, 위 각 별표의 문언을 비교하여 볼 때, 납세자의 입장에서는 [별표 1]이 조세감면이 배제되는 수도권의 범위를 규정한 것으로 이해하기 쉽다는 점, [별표 1]의 근거가 되는 법 제6조 제1항 의 입법 취지가 창업중소기업에 대한 조세감면지원을 수도권 외의 지역으로 한정하려는 것이어서 수도권 안의 투자에 대한 조세감면을 배제한다는 법 제130조 제1항 의 입법 취지와 상통한다는 점 등을 고려할 때 법 제130조 제1항 의 수도권이 [별표 7] 제1호의 수도권을 의미하는 것으로 보아야 한다는 피고의 위 주장은 이를 선뜻 받아들이기가 어렵다.

끝으로, 법정책적 관점에서 보건대, 신설된 구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정된 것) 제25조의2 는 에너지절약시설에 투자한 금액에 대한 세액공제를 투자금액의 10/100으로 확대하였고, 현행 법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제130조 제1항 은 수도권 안의 투자에 대한 조세감면배제와 관련해서 위 제25조의2 를 제외하고 있는바, 위 각 규정의 개정 전후에 걸쳐 에너지 절약시설 투자에 대한 정부의 조세지원정책에 어떠한 변화가 있음을 인정할 아무런 자료가 없는 이상 법원의 법해석 또한 조세정책의 일관성을 유지하는 쪽으로 이루어져야 할 것이다.

이상의 논의를 종합하여 볼 때, 결국 구 법 제130조 제1항 에 규정된 수도권의 범위는 법시행령 제5조 제2항 [별표 1]에 의한다고 해석함이 상당하다 할 것이고, 따라서 도시계획법상 도시계획시설인 공항은 구 법 제25조 에 의한 법인세의 감면이 배제되는 수도권에 해당하지 않는다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 서서 행하여진 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

판사 권순일(재판장) 최항석 곽상기

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