2. 피고가 2008. 9. 11. 원고에게 한 개발제한구역 내 행위허가에 따른 훼손부담금 3,511,322,470원의 부과처분 중 228,584,990원을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

가. [원고의 지위] 원고는 2003. 12. 31. 철도산업발전기본법 제20조 제3항 및 구 한국철도시설공단법(2009. 1. 30. 법률 제9391호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 따라, 국가의 철도시설 관련 업무를 체계적이고 효율적으로 추진하기 위한 집행조직으로 철도청 및 고속철도건설공단의 관련 조직을 통·폐합하여 설립된 법인으로서 철도시설의 건설 및 관리와 이에 부대되는 사업의 시행을 목적으로 하는바, 국가가 추진하는 경춘선 복선전철화사업 중 망우－금곡 간 17.2㎞ 건설사업(이하 ‘이 사건 사업’)을 시행하고 있다(갑 제4호증).

나. [제1, 2차 개발제한구역 훼손부담금 부과처분] 원고는 이 사건 사업의 시행과정에서 선로, 터널 등 철도시설물의 설치로 인하여 개발제한구역 내의 토지형질변경이 수반됨에 따라 피고로부터 아래와 같이 구 ‘개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법’(2009. 2. 6. 법률 제9436호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘특별조치법’) 제12조 에 따른 토지형질변경허가를 받으면서 특별조치법 제21조 에 따른 개발제한구역 훼손부담금(이하 ‘부담금’) 부과처분을 받았다(갑 제1, 2호증 가지번호 포함).

다. [이 사건 개발제한구역 훼손부담금 부과처분] 위 순번 1, 2항 기재 토지의 형질변경 허가에 따른 부담금은 원래 위 각 항에 기재된 부담금 액수의 2배인데, 피고는 이 사건 사업이 구 ‘개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령’(2008. 11. 28. 대통령령 제21139호로 전부 개정되기 전의 것, 이하, ‘시행령’) 제34조 제3호 에 정한 100분의 50의 부담금 감면대상인 철도건설사업에 해당한다고 보아 위와 같이 부과처분을 하였다가, 2008. 9. 11. 다시 이 사건 사업이 위 감면 대상에 해당하지 않는다는 이유로 위 순번 1, 2항 기재 부담금에 대한 감면분 3,054,152,490원(= 2,558,963,350원 ＋ 495,189,140원, 감면된 100분의 50 부분)을 추가로 부과하고, 아울러 구리시 갈매동 17 외 71필지 합계 6,313㎡에 대하여 감면규정을 적용하지 아니한 부담금 457,169,980원을 함께 부과하였다[그 부담금 합계 3,511,322,470원(= 3,054,152,490원 ＋ 457,169,980원)의 부과처분을 합쳐서 ‘이 사건 처분’](갑 제3, 5호증 가지번호 포함).

2. 원고의 주장

원고는, 이 사건 사업은 국가가 추진하는 사업을 원고가 국유재산인 철도시설물의 관리청의 지위에서 대신 집행하는 형태로 진행되는 것으로서 위 시행령에 정한 100분의 50 감면대상에 해당하는데도 피고가 이를 감면하지 아니한 것은 위법하다고 주장한다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 사업이 부담금 감면대상인지 여부

가. 부담금 및 감면규정의 입법 취지

부담금은 대규모 건축물 등 시설의 무분별한 입지로 인한 개발제한구역의 훼손을 억제하는 한편, 상대적으로 낙후된 개발제한구역의 정비 및 주민지원을 위한 사업재원을 확보하는 등 개발제한구역의 관리를 위한 재원을 확보하기 위한 데에 입법 취지가 있다( 대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두13243 판결 참조). 그러나 국가나 지방자치단체가 직접 시행하는 공공용 시설 및 공용 시설의 설치로 인하여 토지의 형질변경이 이루어지는 경우에는 위와 같은 입법 취지에 저촉되지 아니하므로, 특별조치법 제23조 제2호 는 일정한 경우에 그 부담금을 감면할 수 있다고 규정하고, 시행령 제34조 단서는 국가가 사업시행자가 되어 직접 설치하는 것으로서 국가에 귀속되는 철도의 설치에 대하여는 부담금을 100분의 50으로 감경하는 것으로 규정하고 있다.

나. 이 사건 사업에 대한 판단

(1) 이 사건 사업에 대한 건설교통부장관의 실시계획 승인 고시의 사업시행자는 원고이고, 그에 따라 피고로부터 토지형질변경 허가를 받은 것도 원고이다(갑 제1호증의2, 갑 제4호증). 따라서 형식상은 원고가 이 사건 사업의 시행주체이지만, 실질적인 면에서 이 사건 사업이 국가가 사업시행자가 되어 직접 설치하는 것으로서 국가에 귀속되는 철도의 설치에 해당하는 것으로 볼 수 있는지 여부에 따라 위 감면규정의 적용 여부가 결정된다고 할 것이다.

그런데 이 사건 사업을 원고가 시행하는 것은 국토해양부장관(이 사건 사업 당시는 건설교통부장관, 이하 ‘건교부장관’)을 대행하여 하는 것인 점( 철도시설발전기본법 제19조 제2항 , 같은 법 시행령 제28조 제1호 ), 원고가 건교부장관의 업무에 해당하는 국가 추진의 철도시설 건설사업을 집행함에 있어 건교부장관을 대행하는 경우 그 범위 안에서 원고는 철도의 관리청으로 간주되는 점( 철도시설발전기본법 제19조 제2항 , 제3항 , 철도산업발전기본법 시행령 제28조 제1호 ), 대행(대행)이란 대행기관이 자신의 명의와 책임하에 본래의 행정기관의 법령상의 권한을 행사하되, 그 법률적 효과가 마치 본래의 권한자인 행정기관이 직접 행사한 것처럼 의제하는 것을 의미한다고 해석되는 점, 한편 철도산업발전기본법 제20조 제1항 은 철도시설의 원칙적 국가소유를, 구 철도건설법 제20조 는 일반철도의 건설비용의 국고부담 원칙을 각 명시하고 있고, 구 한국철도시설공단법 제24조 는 원고가 건설한 철도시설 등과 관련한 자산 및 부채는 사업종료와 동시에 모두 국가에 포괄승계된다고 규정되어 있어 이 사건 사업종료와 동시에 그 자산 및 부채는 모두 국가 소유로 귀속될 것이 예정되어 있는 점 등 제반 사정과 앞에서 본 부담금 부과 및 그 감면규정의 입법 취지를 종합해 보면, 원고가 건교부장관을 대행하여 이 사건 사업을 시행하는 것은 건교부장관이 직접 이 사건 사업을 시행한 것과 동일한 법률적 효과를 가지는 것으로 의제된다고 할 것이므로, 결국 이 사건 사업은 위 감면규정에 의한 부담금 감면대상에 해당한다고 봄이 상당하다.

(2) 따라서 이 사건 처분으로 부과된 부담금 합계 3,511,322,470원 중 구리시 갈매동 17외 71필지에 대한 부담금 457,169,980원 가운데 100분의 50을 감경한 적법한 부담금 228,584,990원을 초과하는 부분(3,282,737,480원)은 위법하다 할 것이므로 그 부분의 이 사건 처분은 취소되어야 할 것이다.

5. 결론

그렇다면, 이 사건 처분 중 위 적법한 부담금의 범위를 넘는 부분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하다. 이에 제1심판결을 취소하고, 이 사건 처분 중 위 228,584,990원을 초과하는 부분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 관계 법령 생략]