가. 인정사실 1) 원고는 D주유소, E주유소라는 상호로 주유소를 운영하고 있다. 2) 원고는 2006년부터 2009. 5.경까지 세무사인 피고 B에게 기장의 대행과 조세에 관한 신고의 대리를 위임하였고, 2009. 7.경부터는 세무사인 피고 C에게 위 업무를 맡겼다.

3) 원고는 2012. 8.경 원주세무서장으로부터 “농민 등에게 면세유를 공급하고 환급받은 교통세 등은 매출원가에서 차감하여 신고하여야 하나 이를 차감하지 않고 원가를 과대계상하였다.”는 이유로 종합소득세 2008년분 64,681,135원, 2009년분 88,568,114원의 과세예고 통지를 받았다. 4) 그리하여 원고는 2013. 6.경 원주세무서에 환급받은 교통세 등을 매출원가에서 차감하는 등의 수정신고를 하여 추가로 소득세를 납부하였는데, 원고가 납부한 2008년, 2009년의 구체적 소득세 내역은 별지 1, 2의 각 기재와 같다.

5) 한편, 원고는 2008년과 2009년에 조세특례제한법에 의하여 중소기업에 대한 특별세액감면을 받았다. 그리고 피고들은 2008년과 2009년 원고의 종합소득세 신고를 함에 있어, 위와 같이 면세유 관련 환급세액을 매출원가에서 공제하지 않아, 굳이 사업용 고정자산의 감가상각액을 필요경비로 계상하지 않아도 적절한 소득세가 부과될 것으로 예상하여, 감가상각액을 필요경비로 계상하지 않았다. 6) 원고의 사업용 고정자산 중 D주유소 건물은 그 구조가 “시멘트벽돌조 콘크리트스라브지붕 단층위험물처리 및 저장실(주유소)”이고, E주유소 건물은 그 구조가 “가동 경량철골조 및 판넬지붕 단층 위험물저장 및 처리시설(주유소), 나동 일반철골조 판넬지붕 단층 위험물저장 및 처리시설”이다.

위 건물을 비롯한 원고의 자산 내역은 별지 3 기재 해당란 기재와 같다. ...

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