청구법인은 OO직할시 북구 OO동 OOOOOO OO에서 과자류를 제조하는 지점법인으로서, 88년1월 부터 동년 6월까지 부가가치세를 면제받아 공급받은 땅콩·대두·참깨·소맥분·연유 등 원재료를 사용하여 과세재화인 스넥과자류를 제조하고 88년 제1기분 부가가치세 확정신고시 위 면세원재료 매입가액 1,459,020,132원에 대한 의제매입세액 69,477,148원을 매출세액에서 공제하여 신고한 데 대하여

처분청은 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서 규정 별표3에 위 과자류등은 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화로 열거되어 있으므로 청구법인에게 88.9.30 자로 부가가치세 76,424,862원(의제매입세액 공제부인 69,477,148원 및 가산세 6,947,714원)을 과세하였는 바, 청구법인은 이에 불복하여 88.11.1 심사청구를 거쳐 89.1.24 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

부가가치세 의제매입세액 공제에 있어서, 부가가치세법 제17조 제3항 및 동법 시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 의제매입세액을 공제하도록 규정하고, 그 계산방법만을 재무부령에 위임하고 있음에도 동법 시행규칙 제19조 제1항 단서에서 모법의 위임한계를 벗어나 의제매입세액공제대상을 제한한 것은 무효인 규정이므로, 이 규정을 근거로 하여 의제매입세액을 공제하지 아니한 당초처분은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

부가가치세법 제17조 제3항은 “제조업을 영위하는 자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다”라고 규정하고 동법 시행령 제62조 제1항 “법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물의 가액에 업종별·종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다”라고 규정하고 있으며 동법 시행규칙 제19조 제1항은 “영 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율은 105분의5로 한다.

다만, 별표3 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.”라고 규정하고 위 별표3의 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화 제2호에 과자류가 열거되어 있는 바,

청구법인의 경우는 과자류 제조업에 해당하므로 의제매입세액 공제대상이 아님은 분명하며, 또한 부가가치세법 제17조 제3항은 의제매입세액 공제범위를 대통령령이 위임하고있고, 동법 시행령 제62조 제1항의 규정은 매입세액으로 공제할 수 있는 금액 즉 업종별, 종류별, 공제대상과 공제율을 재무부령에 위임한다고 보는 것이 합목적적인 해석이고 동법 시행규칙 제19조 제1항에서 공제율 및 업종별, 종류별 공제대상을 규정한 것이라 하겠으므로 처분청이 이 건 의제매입세액을 공제부인한 당초처분은 적법하다는 의견이다.

4. 쟁점

이 건 면세원재료에 대하여 의제매입세액 공제부인한 처분의 당부를 가리는 데 있다고 할 것이다.

5. 심리 및 판단

먼저, 이 건 과세당시의 관련 규정을 보면, 부가가치세법 제17조 제3항에서 “제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다”라고 의제매입세액 공제를 규정하였고 이 제3항의 규정에 따라 동법시행령 제62조 제1항은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물등의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 의제매입세액으로 공제하도록 규정하였으며, 재무부령인 동법시행규칙 제19조 제1항에서는 “령 제62조에 규정하는 재무부령이 정하는 율을 105분의5로 한다”고 한다음, 단서에서 “다만, 별표3의 의제매입세액이 공제되지 아니하는 재화의 제조업에 대하여는 이를 적용하지 아니한다”고 규정하고 있다.

살피건대, 부가가치세법 시행규칙 제19조 제1항 단서의 문언으로 볼 때 그 단서의 취지는 별표3에 게기된 제조업에 대하여는 같은항 본문의 율을 적용하지 아니한다는 것임이 분명한데 동 단서는 그에 대하여 율을 별도로 규정하고 있지 아니한 바, 이는 그 소정의 제조업에 대하여는 의제매입세액공제를 아니할 뜻으로 그 공제율을 규정하지 아니한 것으로 이해된다. 그러나, 위 단서 규정이 그 소정의 제조업에 대하여 공제율을 정하지 않고 있는 결과, 공제할 금액을 계산할 수 없게하고, 나아가 의제매입세액 공제자체를 불가능하게 하고 있음은, 분명히 모법에 위반되는 것이라 아니할 수 없다.

왜냐하면 부가가치세법 제17조 제3항이 [...대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다]고 하고, 동법시행령 제62조 제1항이 [...매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 ...농산물...의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다]고 하고 있는 바, 부가가치세법 제17조 제3항은 그 소정의 재화에 대하여는 의제된 매입세액을 공제하되 그 금액계산 방법만을 시행령에 위임하였고, 동법시행령 제62조 제1항도, 공제하여야 할 의제매입세액이 존재할 것을 전제로 하여 재무부령으로 반드시 공제율을 정하도록 하면서 다만 그 공제율은 시행규칙(재무부령)에 위임하여 정하도록 하였다고 볼것인데도 불구하고, 동법 시행규칙 제19조 제1항 단서는 그 소정의 제조업에 대하여는 같은항 본문이 정한 원칙적인 율을 적용하지 아니한다고 하면서도 그에 적용할 별도의 율을 규정하지도 아니함으로써 그 소정의 제조업에 대하여는 공제할 금액계산을 불가능하게 하고, 나아가 의제매입세액 공제를 할 수 없도록 하였으니, 위 단서규정은 모법인 위 부가가치세법 및 동법 시행령에 위반되는 무효의 것이라 아니할 수 없기 때문이다. 또한 처분청에서 위 단서의 규정은 공제율을 영(0)으로 정한 것이라고 하나 동 단서규정의 표현문구로 볼 때 공제율을 영(0)으로 정한 것으로는 인정되지 아니하며 가사 그렇다고 하더라도 결국은 의제매입세액공제를 불가능하게 하는 것이 되어 결론이 달라질 수 없다 할 것이다. (대법원 전원합의부판결 86누734, 87.12.22 외 다수 대법원 판례 동지)

따라서 청구법인이 88년 제1기분 부가가치세 확정신고시 공제한 의제매입세액 69,477,148원에 대하여, 처분청이 이를 부인하고 부가가치세 76,424,862원(의제매입세액 공제부인 69,477,148원 및 가산세 6,947,714원)을 과세한 것은 위법 부당하다고 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.