가. 청구인은 특수관계에 있는 OOO(5촌 조카)과 OOO 소재 OOO(이하 “이 건 법인”이라 한다)의 발행주식 5,000주(소유주식비율 50% : 청구인 30%, OOO 20%)를 소유한 상태에서 2007.7.11.에는 이 건 법인의 주주 OOO 소유의 주식 3,000주(소유주식비율 30%)를 취득함으로써 청구인과 그 특수관계인의 주식비율 합계가 80%가 되어 과점주주가 되었고, 2008.12.31.에는 이 건 법인의 주주 OOO 소유의 주식 4,000주(소유주식비율 20%)를 취득함으로써 청구인과 그 특수관계인의 주식비율 합계가 100%가 되어 그 주식비율이 증가하였음에도 2007.7.11. 최초 과점주주(80%)에 따른 취득세와 2008.12.31. 과점주주 지분 증가(20%)에 따른 취득세를 법령에서 정한 기한 내에 신고 납부하지 아니함에 따라 처분청은 2007.7.11.과 2008.12.31. 현재 이 건 법인의 취득세 과세물건에 대한 장부상 가액 중 그 주식비율(80%) 및 그 증가분(20%)에 해당하는 금액OOO을 과세표준으로 하고 「지방세법」(2008.12.31. 법률 제8835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 합계 OOO(가산세 포함)을 2011.12.10. 청구인에게 부과 고지하였다.

나. 청구인은 이에 불복하여 2012.2.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

첫째, 2006년 8월 청구인은 이 건 법인의 전 대표이사인 OOO과 주식 양도·양수계약을 체결한 후 이 건 법인을 인수할 당시 사실상 단독 과점주주이었지만, 법인과 관련하여 관련법령에서 정한 요건(이사 및 감사 선임)을 충족하기 위해 5촌 조카인 OOO과 그 배우자인 OOO을 이사로, 평소 알고 지내던 OOO을 감사로 각각 선임하였고, 주주명부상 주주를 청구인 1인으로 하면 추후 법인세 등에 문제가 발생하는 경우 그 모든 책임이 청구인에게 귀착된다고 하여 위 OOO 명의로 주식을 분산하였다가 2007.7.11.에는 OOO 명의의 주식을, 2008.12.31.에는 OOO 명의의 주식을 청구인이 모두 양수하였는바, 이는 과점주주에 대한 책임을 회피하고자 관행적으로 주주지분을 분산하였던 것이므로 청구인의 주식취득은 단순히 명의신탁된 주식을 원소유자인 청구인에게 환원한 것에 불과하여 과점주주에 따른 취득세 납세의무가 없다 하겠으므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 할 것이다.

둘째, 2006.9.28. 이 건 법인이 취득세 과세대상 물건인 부동산을 취득하면서 이에 대한 취득세를 납부한 사실이 있음에도 단순히 명의신탁한 주식을 명의신탁해지를 통해 원소유자인 청구인에게 환원한 것에 불과한 주식이동에 대하여 사실확인도 하지 아니한 채 단지 형식상 주식이동이 있었다는 이유로 이 건 법인 소유의 과세대상 부동산에 대하여 다시 취득세를 부과 고지한 것은 이중과세로서 마땅히 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

첫째, 과점주주의 취득세 납세의무와 관련하여 과점주주에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 주식의 소유 사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등의 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 할 것이며, 그 명의자임을 주장하는 자는 본인이 명의가 도용당하였다거나 차용되었다는 사실을 법원의 확정판결이나 객관적 자료 등에 의해 입증하여야만 그 입증책임을 다하였다고 볼 수 있는 것으로OOO,

청구인은 이 건 주식취득에 대하여 명의신탁 사실이 있었다면 「상속세 및 증여세법」 제45조의2에 따라 다른 주주들이 납부한 증여세 및 증권거래세 납부 영수증을 제출하였어야 함에도 관련자료가 없는 것을 볼 때 청구인의 주장은 신빙성이 없다 하겠고, 설사 청구인들이 명의신탁관계에 있다고 인정한다 하더라도 주식을 명의신탁으로 취득한 경우 이를 공시하지 않으면 실제 소유자를 알 수 없어 주주명부에 등재되어 있어야 과세관청은 비로소 과세요건을 판단할 수 있는 것이므로, 소유주식을 타인에게 명의신탁하였다면 일단 주식의 소유권이 수탁자에게 이전된 것으로 보아야 하며, 그 후 명의신탁을 해지하여 실제 소유자 명의로 주주명부를 개서하고 주권을 양도받은 경우에는 다시 당해 주식에 대한 소유권이 변동되어 이때 실제 소유자가 당해 주식에 대한 배타적 권리를 취득한 것으로 봄이 타당하다 하겠으므로, 「지방세법」상의 과점주주 여부는 명의개서에 의한 소유권의 변동에 따라 판단할 수밖에 없다OOO 할 것이다.

둘째, 주식의 양도·양수를 통하여 법인의 과점주주가 되면 해당 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리 운용할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로는 그 재산을 직접 소유하는 것과 다를 바 없으므로 「지방세법」에서는 과점주주가 되어 지분이 증가하면 그 증가된 지분만큼 법인의 재산을 취득한 것으로 간주하여 취득세를 과세하게 되는 것이어서 이를 이중과세로 볼 수는 없는 것이므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

세무서장에게 제출한 주식등변동상황명세서를 근거로 최초 과점주주 및 이후 소유주식비율 증가분에 대한 취득세를 부과 고지한 것이 적법한지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 「지방세법」 제105조 제6항, 제111조 제4항, 「지방세법 시행령」(2008.12.31. 대통령령 제21217호로 개정되기 전의 것) 제78조 제1항 및 제2항에 의하면, 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량 등을 취득한 것으로 본다고 하면서, 과점주주가 취득한 것으로 보는 당해 법인의 부동산, 차량 등에 대한 과세표준은 그 부동산, 차량 등의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로써 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액을 과세표준액으로 하되, 이 경우 과점주주는 조례가 정하는 바에 의하여 과세표준액 및 기타 필요한 사항을 신고하여야 한다고 규정되어 있고,

법인의 과점주주가 아닌 주주가 다른 주주의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 취득세를 부과하여야 하며, 이미 과점주주가 된 주주가 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 취득세를 부과한다고 규정되어 있다.

(2) 「법인세법」(2010.12.30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제118조 및 제119조 제1항에 의하면, 내국법인(비영리내국법인 제외)은 주주 또는 사원(유한회사의 사원)의 성명·주소 및 주민등록번호(법인인 주주 또는 사원의 경우는 법인명과 법인본점소재지 및 사업자등록번호) 등이 기재된 주주명부 또는 사원명부를 작성하여 비치하여야 하고, 사업연도 중에 주식등의 변동사항이 있는 법인은 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 대통령령이 정하는 바에 따라 주식등변동상황명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정되어 있다.

(3) 이 건 법인의 2006년도와 2007년도 및 2008년도 주식등변동상황명세서를 보면, 청구인은 OOO과 2006년 8월경 이 건 법인의 발행주식 50.0%를 소유하고 있다가 2007.7.11.에는 OOO 소유주식( 3,000주)을 취득하여 주식비율 합계가 80.0%로 되었고, 2008.12.31.에는 OOO 소유의 주식(2,000주)을 취득하여 그 주식비율 합계가 100%로 되었다.

(4) 청구인이 제출한 주식 양도·양수계약서에 의하면, 2006년 8월 당시 OOO 소유의 이 건 법인 발행주식 10,000주를 청구인이 양수한 것으로 되어 있고, OOO과 OOO(OOO의 전 배우자) 및 OOO의 확인서(작성일 2012년 1월)에는 위 3인은 2006년 8월 이 건 법인 설립 당시 청구인으로부터 이사 또는 감사로 등재할 것을 권유받아 부득이 참여하였고, 이 건 법인의 설립 당시 주식(OOO 지분율 각각 20%, OOO 지분율 25%)도 단순히 명의상으로만 소유하였을 뿐 주식대금을 납입한 적도 또한 주권을 소유한 적이 전혀 없다고 기재되어 있다.

(5) 한편, 이 건 법인은 2006.9.28. OOO 외 1인과 사업포괄양도·양수계약과 OOO 토지 264.5㎡ 및 그 지상건축물 699.19㎡에 대한 매매계약(매매대금 OOO)을 체결한 후 위 부동산에 대한 소유권이전등기 절차를 완료하였다.

(6) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다.

살피건대, 과점주주의 간주취득세 납세의무와 관련하여 과점주주에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서, 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 증명하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였다거나 실지소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 위의 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 증명하여야 할 것으로OOO,

청구인은 2006년 8월 이 건 법인을 인수할 당시 전 대표이사로부터주식을 단독으로 전부 양수받았지만 법령에서 정한 요건충족을 위하여OOO 등 3인에게 주식을 명의신탁하였다가 2007.7.11.과 2008.12.31. 그 해지를 통하여 청구인 명의로 개서하였다고 주장하나,

이 건 법인의 2006년도, 2007년도, 2008년도 주식등변동상황명세서에는 청구인과 OOO이 당초 50%의 주식을 소유하고 있다가 2007.7.11.에는 80%, 2008.12.31.에는 100%가 되었음이 나타나고 있고, 이러한 주식등변동상황명세서는 주주명부에 근거하여 작성되는 반면, 청구인이 제출한 OOO 등의 확인서와 주식양도·양수계약서 등은 청구인이 그 소유주식을 명의신탁하였다가 나중에 해지를 통해 이를 원상회복하였다는 주장을 뒷받침할만한 객관적인 자료라고 인정할 수는 어렵다 하겠으므로 청구인의 주식취득이 실질주주가 주주명부상의 명의를 회복한 것이라고 볼 수는 없다 할 것이고, 그렇다면 이는 「지방세법」 제105조 제6항에서말하는 ‘주주로부터 주식을 취득’한 경우에 해당된다 하겠다.

한편, 「지방세법」 제105조 제6항에서 과점주주에 대하여 취득세를 과세하도록 한 것은 대부분의 비상장법인은 주식회사 형태를 취하고 있지만 소유와 경영이 분리되지 아니한 1인 지배회사나 가족회사가 대부분이므로 이들에게 사업상 무한책임을 지우는 것은 타당하다고 보아 과점주주가 법인의 주식 또는 지분을 취득하는 것이 당해 법인의 부동산 등 과세대상물건을 직접적으로 취득하는 것은 아니지만 주주 또는 사원이 법인의 주식 또는 지분을 일정비율 이상 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 실질적으로는 그 법인에 대한 지배권을 장악하기 때문에 그 지배권을 행사할 수 있는 한도(소유주식비율) 내에서 당해 법인의 과세물건을 취득한 것으로 간주하여 취득세를 부과하기로 규정한 것으로, 이는 조세의 부과에 관한 입법자의 입법형성권의 범위 내에 속한다 할 것이므로, 과점주주에 대한 취득세 부과조항이 이중과세금지의 원칙에 위반된다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다OOO.

따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 청구인에게 부과 고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.