2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 인천 남동구 AA동 20, 23 및 24 일원 1,474,123.17㎡를 사업시행구역으로 하여 1999. 11. 5. 인가를 받은 재건축정비사업조합이다.

나. 원고는 2002년 2기분부터 2007년 1기분까지의 각 과세기간에 사업시행대행 용역비용, 감정평가비용, 매도청구 소송비용, 기존 건축물 철거비용 등에 대한 매입세액을 공제 내지 환급의 대상으로 하여 부가가치세를 신고하여 왔고, 같은 방법으로 2007년 2기분 부가가치세 예정신고를 하면서 463,274,144원을 환급세액으로 신고하였다.

다. 그러나 피고는 위 매입세액이 공제 내지 환급의 대상이 되지 않는 토지관련 매입세액에 해당하는 것으로 보고 이를 추정하기로 하여, 2008. 1. 1. 위 각 과세기간에 해당하는 부가가치세 합계 422,578,540원을 경정 ・ 고지함과 동시에 204,960,590원만을 2004년 1기분 환급세액으로 결정하였다.

라. 원고는 2008. 3. 25. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2009. 6. 11. 피고가 공제 내지 환급의 대상이 되지 않는 것으로 본 비용 중 일부는 공제 내 지 환급의 대상이라고 보았으나, 기존 건축물 철거비용은 공제 내지 환급의 대상이 되 지 않는 것으로 보았다.

마. 피고는 조세심판원이 공제 내지 환급의 대상으로 본 비용에 대한 매입세액만을 공제 내지 환급하기로 하여, 2003년 1기분 부가가치세 180,615,081원, 2003년 2기분 부가가치세 180,728,140원을 부과하는 것으로 감액경정 ・ 고지함과 동시에 2004년 1기분 환급세액을 207,327,562원으로 증액하였다(조세심판원이 공제 내지 환급의 대상으로 보지 않은 기존 건축물 철거비용 중 일반분양분 상가 및 국민주택규모 이상의 아파트 부분에 해당하는 매입세액은 2003년 1기분 6,728,963원, 2003년 2기분 10,093,444원 및 2004년 1기분 7,830,325원인바, 그 중 2003년 1기분 6,728,963원 및 2003년 2기분 10,093,444원은 최종적으로 경정된 위 2003년 1기분 부가가치세 180,615,081원 및 2003년 2기분 부가가치세 180,728,140원에 포함되어 부과되었고, 나머지 2004년 1기분 7,830,325원은 최종적으로 경정된 위 2004년 1기분 환급세액 207,327,562원에서 제외 되었다, 이하 이들을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제2호증, 을제1호증의1 내지 8의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분이 적법한지 여부

가. 원고의 주장

원고는 일반분양분 상가 및 국민주택규모 이상의 아파트 부지를 취득한 바가 없을 뿐만 아니라 기존 건축물 철거비용에 대한 매입세액은 공제 내지 환급의 대상이 되지 않는 토지관련 매입세액에 해당하지 않으므로, 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 조합원들로부터 이 사건 사업시행구역 내 토지를 신탁받아 합계 8,934세대(조합원분 5,673세대, 일반분양분 3,261세대)의 아파트 및 225호(조합원분 116호, 일반분양분 109호)의 상가를 신축하여 이를 조합원 및 그 외 일반분양신청자들에게 분양하였다.

2) 원고는 재건축정비사업을 진행하는 과정에서 철거업체인 동림엔지니어링, 시 공사인 현대건설 주식회사 및 롯데건설 주식회사에 이 사건 사업시행구역 내 기존 건축물 철거공사를 각 40억 원에 도급주었고, 아래 표 기재와 같이 철거 공사비를 지급하였다(이하 '이 사건 철거비용'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제3호증, 을제4, 7호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에 의하면, 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않고, 같은 법 시행령 제60조 제6항 제2호에 의하면, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 '건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우 철거한 건축물의 철거비용에 관련된 매입세액'을 불공제대상 매입세액인 토지관련 매입세액 중 하나로 규정하고 있는바, 법령의 연혁, 취지 및 문맥 등에 비추어 보면, '건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우'에는 기존 건축물이 있는 토지를 나대지로 사용하는 경우뿐만 아니라 신축건물의 부지로 사용하는 경우를 포함하므로(대법원 2008. 2. 1. 선고 2007두2524 판결 참조), 신축건물의 부지에 있던 기존 건축물의 철거비용에 대한 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 공제 내지 환급의 대상이 되지 않는다.

2) 먼저 원고가 일반분양분 상가 및 국민주택규모 이상의 아파트 부지를 취득한 바가 없다는 주장에 대해 살피건대, 재건축정비사업조합이 조합원으로부터 신탁받은 토지에 아파트 등을 신축하여 조합원분 및 일반분양분으로 나누어 분양하는 경우, 조합원분에 해당하는 토지는 형식적으로만 재건축정비사업조합 명의로 신탁등기 및 소유권이전등기가 마쳐질 뿐 재건축정비사업조합이 위 토지를 취득한 것으로는 볼 수 없는 반면, 일반분양분에 해당하는 토지는 재건축정비사업조합이 사업비용에 충당하기 위해 조합원으로부터 출자받아 이를 취득한 것으로 봄이 상당하므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

2) 다음으로 이 사건 철거비용에 대한 매입세액이 토지관련 매입세액에 해당하지 않는다는 원고의 주장에 대해 살피건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 철거비용에 대한 매입세액은 일반분양분 아파트 및 상가 부지에 대한 것으로서 원고가 이를 취득하여 기존 건축물을 철거하고 신축 건축물의 부지로 사용한 이상, 이 사건 철거비용에 대한 매입세액은 '건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우 철거비용에 관련된 매입세액'에 해당하는 토지관련 매입세액이므로 원고의 위 주장 또한 받아들이지 않는다(한편, 청구취지 중 2004년 1기분 부가가치세 7,830,325원의 부과처분의 취소를 구하는 부분은 2004년 l기분 부가가치세 7,830,325원의 환급신청 거부처분의 취소를 구하는 형태가 되어야 할 것이지만, 가사 청구취지가 그와 같다 할지라도 같은 이유로 원고의 청구는 이유 없다).

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.