2. 피고가 원고에 대하여 한 2004. 8. 10.자 취득세 금35,180,680원, 등록세 금 158,313,090원, 농어촌특별세 금 3,224,890원, 교육세 금 29,024,060원의 각 부과처분 및 2004. 12. 6.자 취득세 금 34,852,660원, 등록세 금 156,837,010원, 농어촌특별세 금 3,485,260원, 교육세 금 31,367,400원의 각 부과처분을 각 취소한다.

3. 소송비용은 제1, 2심 모두 피고의 부담으로 한다.

가. 원고는 의학, 치의학, 약학 등에 관한 교육연구와 진료를 통하여 의학발전을 도모하고 국민보건향상에 기여함을 목적으로 ○○대학교병원설치법에 의하여 설립되어, ○○대학교 의학, 치의학, 약학 등 학생의 임상교육, 의학, 치의학, 약학 등의 연구, 진료사업 등을 목적사업으로 하는 법인이다.

나. 원고는 병원 신축부지로 사용하기 위하여 1992. 11. 30. 한국토지공사와 사이에 성남시 분당구 구미동 (지번. 지목 및 면적 생략)(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 대금 45,650,000,000원에 매수하되, 그 매매대금은 1992. 11. 30.부터 1997. 11. 30.까지 10회에 걸쳐 분할하여 지급하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였고, 위 매매계약에 따라 1997. 11. 30. 위 매매대금을 모두 지급함으로써 이 사건 토지를 취득하였다.

이에 원고는 그 무렵 피고에게 이 사건 토지는 원고의 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라는 이유로 이 사건 토지의 취득으로 인한 취득세, 등록세 등을 감면하여 줄 것을 신청하였고, 피고는 구 지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제290조 제1항 제15호 를 적용하여 취득세, 등록세 등을 감면하여 주었다.

다. 원고는 1996. 10. 8.경 성남시장으로부터 이 사건 토지 중 120,660.1㎡(이하 ‘이 사건 대지’라 한다)에 주용도 의료시설, 부속용도 연구실, 주차장, 근린생활시설, 건축면적 12,454.81㎡, 연면적 124,297.9㎡인 지상 15층, 지하 3층 규모의 병원건물(이하 ‘이 사건 병원’이라 한다)을 신축하기 위한 건축허가를 받았고, 그 무렵부터 병원 신축공사를 진행하여 2003. 4. 4.경 이 사건 병원 본관(연면적 130,300.98㎡)의 신축을 완료하여, 같은 날 피고로부터 임시사용승인을 얻은 다음 그 무렵 이 사건 병원 본관 중 근린생활시설 등 용도로 축조된 부분(면적 합계 3,728.27㎡, 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)에 관하여 소외 1 주식회사, 소외 2 금고, 소외 3 은행 등과 사이에 임대계약, 편의시설 관리운영 위수탁계약 등을 체결하여, 그들로 하여금 이 사건 건물을 은행, 식당, 제과점 등의 용도로 사용하도록 하였으며, 2004. 11.경 이 사건 병원 장례식장 건물(연면적 5804.28㎡)의 신축을 완료하여, 그 무렵부터 그 중 4,632.04㎡(이하 ‘이 사건 장례식장’이라 한다)를 장례식장으로 사용하였다.

라. 그러자 피고는 이 사건 건물의 부속토지 부분은 구 지방세법 제290조 제1항 단서에 의한 취득세 등의 추징대상에 해당한다고 보아 2004. 8. 10. 원고에게 취득세 금 35,180,680원, 등록세 금 158,313,090원, 농어촌특별세 금 3,224,890원, 교육세 금 29,024,060원을 각 부과하였고, 그 후 원고는 2004. 12. 6. 피고에게 이 사건 장례식장의 부속토지 부분에 관한 취득세 금 34,852,660원, 등록세 금 156,837,010원, 농어촌특별세 금 3,485,260원, 교육세 금 31,367,400원을 신고납부하였다( 지방세법 제72조 제1항 에 의하면 지방세 신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 의제되는바, 위 2004. 8. 10.자 각 부과처분 및 2004. 12. 6.자로 신고납부한 세액의 각 부과처분을 모두 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3, 4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 3, 을 제2, 5호증의 각 기재, 변론의 전취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 이 사건 각 처분이 관련법령에 따른 것이어서 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 각 처분이 위법하다고 주장한다.

(1) 첫째, 원고는 이 사건 대지를 취득하기 이전인 1996. 10. 8. 이 사건 병원의 신축을 위한 건축허가를 받아 그 신축공사를 진행하다가 1997. 11. 30. 이 사건 대지를 취득하였고, 그 이후에도 계속하여 병원 신축공사를 진행하였는바, 이와 같이 원고가 위 취득일 전후에 걸쳐 이 사건 대지에서 원고의 고유업무에 사용하기 위한 의료시설 및 그에 필수적으로 부속되는 은행, 식당 등 편의시설을 신축한 행위는 이 사건 토지를 원고의 고유업무에 직접 사용한 것이어서{원고는 구 지방세법시행령(1997. 10. 1. 대통령령 제15489호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 시행령’이라 한다) 제230조 및 구 지방세법시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15569호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘신 시행령’이라 한다) 제230조 에 의하면 ‘당해 법인의 고유업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우’는 구 지방세법 제290조 가 정한 직접사용의 범위에 포함된다는 점 등을 근거로 든다}, 구 지방세법 제290조 단서가 적용될 수 없음에도 불구하고 위 규정을 적용하여 원고에게 지방세를 추징한 이 사건 각 처분은 위법하다.

(2) 둘째, ‘취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우’라고 규정한 구 지방세법 제290조 단서의 해석상 취득일로부터 1년 이내에 추징사유가 발생하지 않은 경우에는 그 이후에 추징사유가 발생하였다고 하더라도 더 이상 위 규정에 의한 추징은 불가능하다고 보아야 하는바, 원고는 이 사건 대지의 취득일인 1997. 11. 30.부터 1년 이상 이 사건 병원의 신축을 위한 건축공사를 진행하여, 이 사건 대지를 원고의 고유업무에 직접 사용하지 못한데 정당한 사유가 있었고, 따라서 이 사건 대지의 취득일로부터 1년 이내에 추징사유가 발생하지 아니하였음에도 불구하고 위 규정을 적용한 것은 위법하다.

(3) 셋째, 가사 원고가 이 사건 병원의 일부를 원고의 고유업무에 사용하지 아니하였다고 하더라도 원고는 이 사건 병원의 대부분을 원고의 진료업무를 위하여 사용하고 있으므로 이 사건 대지 전체가 원고의 고유업무에 사용되는 것으로 보아야 하고, 이 사건 병원 전체 면적에 대한 이 사건 건물 및 장례식장의 면적 비율에 따라 이 사건 대지에 대한 취득세 등을 부과하는 것은 법령상 근거가 없는 것이어서 과세요건법정주의에 반하여 위법하다.

(4) 넷째, 이 사건 각 처분은 부과 제척기간 5년을 도과한 것이어서 위법하다.

나. 관련법령

■ 구 지방세법

제30조의4 (부과의 제척기간)

① 지방세는 부과할 수 있는 날부터 5년간(납세자가 사기 기타 부정한 행위로서 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에는 10년간) 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다. 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

제120조 (신고납부)

③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항 의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준액에 제112조 의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 신고납부하여야 한다.

제127조 (용도구분에 의한 비과세)

① 다음 각호의 1에 해당하는 것( 제112조 제2항 의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년( 제1호 의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다.〈개정 1991.12.14, 1994.12.22, 1995.12.6〉

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

2. 대통령령이 정하는 마을회등 주민공동체의 주민공동소유 부동산의 등기

3. 사립학교법에 의한 학교법인 또는 사회복지사업법에 의한 사회복지법인의 설립과 합병의 등기

4. 삭제〈1994.12.22〉5. 기타 대통령령으로 정하는 등기 또는 등록

②삭제〈1995.12.6〉

제150조의2 (신고납부)

③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항 의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준에 제131조 내지 제149조 의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 신고납부하여야 한다.

제290조 (공공법인에 대한 과세면제)

① 다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산( 제112조 제2항 의 규정에 의한 과세대상을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 취득일부터 1년이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.〈개정 1995.12.6〉

15. 서울대학교병원설치법 및 국립대학교병원설치법에 의하여 설립된 서울대학교병원 및 국립대학교병원

■ 신 시행령

제14조의2 (제척기간의 기산일)

② 다음 각호의 날은 제1항 의 규정에 불구하고 지방세를 부과할 수 있는 날로 한다.

3. 비과세 또는 감면받은 세액등에 대한 추징사유가 발생하여 추징하는 경우에는 그 신고납부기한의 다음날

제230조 (직접사용의 범위) 법 제5장 중 종합토지세에 대한 감면규정을 적용함에 있어 직접사용의 범위에는 당해 법인의 고유업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다.

■ 구 시행령

제84조의4 (법인의 비업무용 토지의 범위)

① 법 제112조 제2항 의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다.

1. 법인이 토지를 취득한 날부터 1년(다음 각목에 정하는 토지에 대하여는 당해 각목에서 정하는 기간)내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지. 이 경우 건축공사중에는 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보되, 건축공사중이라 하더라도 정당한 사유없이 건축공사를 중단한 기간을 합한 기간이 1년을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항 에서 "법인의 고유업무"라 함은 다음 각호의 업무를 말한다.〈개정 1996·12·31〉

1. 법령에서 개별적으로 규정한 업무

2. 법인등기부상 목적사업(행정관청의 인·허가등을 요하는 사업은 인·허가등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무

④ 다음 각호의 1에 해당하는 토지는 제1항 내지 제3항 의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로

보지 아니한다.

7. 법인이 직접 사용하기 위하여 취득한 건축물로서 취득한 날로부터 1년이내에 당해 법인이 직접 사용하는 부분(당해 법인이 출자총액의 100분의 10이상을 출자한 법인이 사용하는 부분을 포함한다)의 연면적이 그 건축물의 연면적의 100분의 50이상이 되는 경우(당해법인이 출자한 법인이 사용하는 부분을 제외한 부분의 연면적이 그 건축물연면적의 100분의 20이상이 되는 경우에 한한다)에는 당해 건축물의 부속토지와 법인이 직접 사용하는 연면적이 그 건축물의 연면적의 100분의 50에 미달하는 경우에는 그 건축물의 연면적에 대한 사용면적의 비율에 해당하는 건축물의 부속토지. 이 경우 부속토지의 범위는 이 경우 부속토지의 범위는 제3항 제5호 및 제6호 의 규정에 의한다.

제230조 (고유업무의 범위) 법 제5장의 규정에서 "고유업무"라 함은 제84조의4 제2항 에서 규정한 고유업무를 말한다. 이 경우 고유업무에 직접 사용할 건축물을 건축중인 때에는 당해 건축물의 부속토지는 이를 고유업무에 직접 사용하는 것으로 본다.

다. 판단

(1) 원고가 이 사건 병원을 건축하는 동안 이 사건 토지를 직접 사용한 것인지 아니면 정당한 사유 없이 고유업무에 직접 사용하지 못한 것인지 여부에 대한 판단

1994. 12. 31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 구 지방세법시행령 하에서는, 제84조의4 (법인의 비업무용 토지의 범위)에서 “① 법 제112조 제2항 의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(내무부장관이 상공자원부장관과 협의하여 정하는 공장용부지는 2년) 이내에 정당한 사유 없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고만 규정하여 고유 업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 고유업무에 직접 사용하기 위한 준비단계에 불과하여 당해 토지를 현실적으로 고유업무에 직접 사용하였다고 볼 수 없었다. 그런데 1994. 12. 31. 구지방세법시행령을 개정하면서 제84조의4 제1항 제1호 를 “1. 법인이 토지를 취득한 날부터 다음 각목에 정하는 기간 내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지. 이 경우 건축공사에 착공한 때에는 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보되, 정당한 사유 없이 공사를 중단한 기간을 합한 기간이 1년을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.”고 변경하여 건축공사에 착공한 때에는 고유업무에 직접 사용하는 것으로 규정하였고, 그에 맞추어 구지방세법 시행령 제230조 에 “고유업무에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 때에는 당해 건축물의 부속토지는 이를 고유업무에 직접 사용하는 것으로 본다.”는 조문을 신설하였다. 그러므로 1994. 12. 31. 이후로는 원고와 같은 공공법인이 토지를 취득하여 그 날로부터 1년 이상 고유업무에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 때에는 당해 건축물의 부속토지는 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보아 정당한 사유 없이 공사를 중단한 기간을 합한 기간이 1년을 초과하지 않는 이상 구법 제290조 제1항 에 의하여 취득세 등을 면제받는다 할 것이다.

살피건대, 앞서 인정한 바와 같이 원고는 1997. 11. 30. 이 사건 대지를 취득하여 1년 이상 이 사건 대지상에 이 사건 병원을 건축함으로써 이 사건 대지를 직접 사용하였다 할 것이므로, 과세 면제 대상인 원고에 대하여 피고가 한 이 사건 과세처분은 부적법하다 할 것이다.

(2) 이에 대하여 피고는, 1996. 12. 31.자로 구 시행령 제84조의4 제1항 제1호 가 다시 개정되면서 “건축공사에 착공한 때에는 고유업무에 직접 사용하는 것으로 본다”는 내용이 “이 경우 건축공사 중에는 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보되,”로 개정되었으므로, 비록 구 시행령 제230조 가 개정되지 않아 종전과 같은 내용으로 남아 있게 되었다 하더라도, 구 시행령 제84조의4 제1호 가 위와 같이 변경됨으로써 그 이후로는 법인이 고유 업무에 사용하기 위한 건물을 건축 공사 중인 경우에는 이를 법인이 직접 사용한 것으로 볼 것이 아니라 고유 업무에 사용하지 못할 정당한 사유가 있는 것으로 해석해야 하고, 이 사건 편의시설과 장례식장은 원고의 고유 업무에 사용되는 부분이 아니므로 정당한 사유가 소멸한 때 즉 원고가 사용승인을 거쳐 이 사건 병원을 그 용도에 따라 사용할 수 있게 된 때로부터 이 사건 편의시설과 장례식장의 부속 토지에 관하여 취득세 등을 추징할 수 있다고 주장한다.

살피건대, 구 시행령 제84조의4 는 법인의 비업무용 토지의 범위를 정하는 조항으로서 동조 제4항 에는 법인이 취득한 건축물 중 직접사용하는 부분에 대한 부속토지 범위를 규정하고 있을 뿐, 고유업무에 사용되는지 여부는 상관하지 않는 점, 이에 비해 공공법인에 대한 과세면제에 관한 구 법 제290조 와 시행령 제230조 에서 여전히 고유업무와 직접사용이라는 개념이 별도로 사용되고 있고, 구 시행령 제84조의4 의 개정에도 불구하고 직접사용의 범위를 정한 시행령 제230조 가 여전히 남아 있는 점 등에 비추어 원고와 같은 공공법인이 토지를 취득하여 그 지상에 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축물을 건축 중인 경우에는 그 토지를 고유 업무에 사용하지 못할 정당한 사유가 있는 것이 아니라 이를 직접 사용한 것으로 보아야 할 것이므로, 위 주장은 이유 없다.

(3) 다음으로 피고는, 이 사건 건물 및 장례식장은 고유 업무에 사용되는 건축물이 아니므로 그 부속토지는 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다고 주장한다.

살피건대, 이 사건 병원 일부에 설치된 은행, 식당 등 편의시설 및 장례식장의 운영이 원고의 목적 사업인 ○○대학교 의학계 학생의 임상교육, 진료사업 및 이와 관련된 사업이라거나, 이를 위하여 필수불가결한 업무라고 볼 수 없어, 이 사건 건물과 장례식장이 고유 업무에 사용되는 부분이라고 보기는 어렵다. 그러나, 용도 구분에 의한 등록세 비과세를 규정한 구시행령 제127조 에서는 정당한 사유 없이 부동산의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여 등록세를 부과한다고 정하고 있는데 비하여 공공법인에 대한 과세면제를 정한 구법 제290조 제1항 에서는 부동산의 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에 그 부분에 대하여 과세한다는 규정을 두고 있지 않고, 시행령 제230조 에서도 건축물의 일부가 고유업무에 사용되지 않는 경우 그에 해당하는 부속 토지는 직접사용하고 있는 것으로 보지 않는다는 규정을 두고 있지 않는 점, 구 지방세법이 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되면서 종전의 제290조 제1항 에 해당하는 조문이 제287조 (국민건강증진사업자 등에 대한 감면)로 변경되었는데, 제1항 에서 “다음 각호의 법인이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다. 4. ○○대학교병원설치법에 의하여 설치된 ○○대학교병원과 국립대학교병원설치법에 의하여 설치된 국립대학교병원”라고 규정하여 이때부터 고유 업무에 직접 사용하지 않는 부분에 대하여 면제된 취득세와 등록세를 추징할 수 있게 변경되었고, 부칙 제10조 (일반적 경과조치)에서 “이 법 시행당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 예에 의한다”고 규정한 점, 이 사건 병원 본관과 별관의 연면적은 각 130,300.98㎡과 5,804.28㎡이고, 본관 건물 중 근린생활시설이 차지하는 면적은 3,728.27㎡, 별관 건물 중 장례식장이 차지하는 부분은 4,632.04㎡으로서 직접 사용하지 않는 부분은 연면적 합계 136,105.26㎡ 중 8,414.31㎡로서 10%도 되지 않는 점 등에 비추어 이 사건 병원 건물 대부분이 고유업무에 직접 사용되는 이상 이 사건 병원 건축 중에는 이 사건 대지 전체가 고유업무에 직접 사용되었다고 함이 타당하므로 위 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고, 원고의 항소는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.