가. 이 사건 공사계약의 체결 원고, 피고, 우일건설산업 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)는 공동수급체(이하 ‘이 사건 공동수급체’라 한다)를 구성하여 2006. 11. 9. 한국토지주택공사와 사이에, 한국토지주택공사로부터 제주삼화지구 택지개발사업 조성공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 공사 기간 2006. 11. 13.부터 2009. 7. 12.까지, 공사금액 17,055,115,990원(부가가치세 포함)으로 정하여 도급받는 내용의 공사계약(이하 ‘이 사건 공사계약’이라 한다)을 체결하였다.

당시 이 사건 공동수급체 구성원별 지분 비율은 원고, 소외 회사가 각 40%, 피고가 20%였다.

나. 이 사건 협약의 체결 그런데 소외 회사가 부도로 이 사건 공동수급체에서 탈퇴하게 되자, 이 사건 공동수급체 구성원인 원고와 피고는 2008. 10. 16. 이 사건 공사 중 잔여 공사의 이행과 그 공사대금의 출자지분비율 및 배분액을 확정하는 내용의 협약(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다.

제2조 (책임) ① 원고는 신속하고 원활한 공사수행과 대관업무의 효율성을 위하여 원고의 출자비율에 따른 권한과 책임을 피고에게 위임하며, 피고는 현장운영 전반에 대한 계획, 관리, 조정 등의 권한을 갖는다.

② 피고는 원고에서 지정하는 원고 소속 직원으로의 현장대리인 선임에 일체의 이의를 제기할 수 없으며, 현장여건에 따라 원고 직원의 추가 투입 여부는 상호 협의하여 결정하기로 한다.

현장대리인 및 추가 투입직원에 대한 급여, 상여금 등 일체의 경비를 공사원가에 반영키로 한다.

③ 현장운영 전반에 대한 권한은 피고가 갖되, 발주처 및 유관기관의 지시사항, 민원 등의 처리 지연 시에는 공사의 효율적인 수행을...