가. 원고는 2007. 3. 30. 에스에이치공사(이하 ‘SH공사’라 한다)로부터 아래 표 기재와 같이 구성된 신내2지구(이하 ‘이 사건 사업지구’이라 한다) 택지개발사업 단지조성공사(토공, 우수공, 오수공, 상수도공, 포장공 등)를 공사금액 13,324,094,050원에 거동건설 주식회사(이하 ‘거동건설’이라 한다)와 공동으로(원고 49%, 거동건설 51%) 도급받았다

(위 도급계약을 ‘이 사건 도급계약’이라 한다). 총 공급면적 210,113㎡ 유상공급면적 135,547㎡ 무상공급면적 74,566㎡ 국민주택건설용지 56,101㎡ 기타 79,446㎡ 도로, 근린공원, 완충녹지, 하천 등 74,566㎡

나. 위 공사대금은 전체 건설용역 중 총 공급면적에서 국민주택건설용지 공급면적이 차지하는 비율(이하 ‘이 사건 제1비율’이라 한다)에 상응하는 공사용역 부분을 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라 한다) 제106조 제1항 제4호가 정한 국민주택 건설용역으로서 면세 대상으로 보아 결정되었다.

그러나, 서울특별시는 SH공사가 시행하는 국민주택건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안에 대하여 검토한 결과, 한 사업지구 내에서 국민주택규모의 국민주택과 그 초과규모의 공동주택을 함께 건설하는 경우 ‘전체 건설용역에 대한 부가가치세 중 총 유상공급면적(SH공사가 유상으로 공급하는 면적)에서 국민주택건설용지 면적이 차지하는 비율(이하 ’이 사건 제2비율‘이라 한다)에 상응하는 부가가치세’는 면제된다는 결론을 내리고, 2007. 9. 3.경 SH공사에게 위와 같은 결론에 따라 아직 부가가치세 상당액이 지급되지 않은 국민주택 건설사업과 관련하여서는 시공사와의 도급계약 변경을 통해 공사대금...

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