종교법인인 원고가 소유, 관리하여 오던 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 23의 7 대지 200제곱미터(아래, 이 사건 1토지라 한다)를 1989. 10. 25. 소외 오ㅇㅇ에게, 같은동 249 답 273제곱미터, 같은동 249의 1 답 186제곱미터, 같은동 249의 2 답 193제곱미터, 같은동 249의 3 답 157제곱미터, 같은동 249의 4 답 133제곱미터(아래, 이 사건 2토지라 한다)를 1988. 8. 30. 소외 홍ㅇㅇ에게, 각 매도하였음을 이유로 피고는 1990. 10. 19. 이 사건 1토지에 관하여는 매매대금 돈152,000,000원, 이 사건 2토지에 관하여는 돈194,052,000원을, 각 기준으로 하여 원고에 대하여 1988사업연도 귀속 특별부가세 돈66,361,100원 및 방위세 돈11,635,070원과 1989사업연도 귀속 특별부가세 돈47,880,250원 및 방위세 돈8,208,040원의 각 부과처분을 한 사실, 그 뒤 원고가 불복하여 국세심판소에서 취득가액 및 양도가액 모두 기준시가로 하여 그에 따라 양도차익을 계산하도록 결정함에 따라 1988사업연도 귀속 특별부가세 돈30,268,600원 및 방위세 돈5,306,990원, 1989사업연도 귀속 특별부가세 돈40,219,410원 및 방위세 돈6,894,760원으로, 각 감액경정한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

2. 원고의 주장과 판단

원고는 첫째로 그 소유이던 이 사건 1토지를 수 백년 전부터 사찰운영을 위한 농경지로 자경하여 오다가 1954. 6. 21. 그 일부에 주택을 신축하여 원고법인의 승려인 문ㅇㅇ등의 기숙사로 사용하여 왔고 1962년 불교재산관리법 시행에 따라 원고법인의 기본재산으로 등록한 재산인데 문ㅇㅇ가 1969. 6. 15. 농지개혁법에 따라 소유권이전등기를 마치고 불법점유하고 있어 원고가 이전등기말소소송을 제기하여 1989. 12. 7. 원고명의로 환원한 다음 위 오ㅇㅇ에게 양도하였는 바, 이 사건 1토지를 위 문ㅇㅇ명의로 소유권이전등기를 마치기 전까지 원고법인의 사찰운영을 위한 농경지로 경작하였고, 승려들의 기숙사로도 사용하였으며 원고소유로 환원되고 나서 곧바로 양도하여 대금전부를 원고법인의 고유목적사업인 명부전 건립에 사용하였으므로 문ㅇㅇ명의로 소유권이전등기를 마쳐져 있는 동안을 제외하고는 원고법인의 고유목적에 직접 사용하였다고 할 것이므로 구 법인세법 제59조의3 제1항 제17호(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 삭제) 에 따라 법인세를 부과할 수 없다고 주장한다.

살피건대, 원고의 주장에 들어 맞는 듯한 증거로는 갑제3호증의 1, 2, 을제1호증의 1, 2의 각 기재와 증인 성ㅇㅇ의 증언이 있으나 위 을제1호증의 1, 2의 기재에 의하면 이 사건 1토지는 같은동 395의 1 대지 44평이 1973년 토지구획정리사업의 시행으로 1978. 5. 20. 환지된 토지의 일부이고 같은동 395의 1 대지상에는 1954. 6. 29. 소외 백ㅇㅇ가 평목와가 주택 1동 23.14평을 지어 건축물관리대장상 소유자로 등재하였고, 1966. 2. 16. 소외 문ㅇㅇ가 평블럭스레트주택 1동 32.07평을 지어 그가 소유자로 등재하였으며 1975. 7. 11. 무렵에 평목와가 근린생활시설 23.14평으로 구조변경되어 소외 박ㅇㅇ의 소유로 되어 있었으며, 을제1호증의 3의 기재에 의하면 소외 이ㅇㅇ가 1980. 10. 22. 이 사건 1토지상에서 삼원설비라는 상호로 기타 가정용 기기소매업을 개업한 사실을 인정할 수 있음에 비추어 원고가 이 사건 1토지를 원고사찰승려의 기숙사등 그 고유의 목적에 직접 사용하였다는 원고의 주장을 인정할 만한 증거가 없다고 하겠다.

원고는 둘째로 이 사건 2토지는 원고법인의 주지를 지낸 소외 김ㅇㅇ가 원고법인에게 1927. 7. 4. 증여하여 원고법인이 자경하여 그 수확물은 사찰운영에 사용하여 그 사이 불교재산관리법에 따라 원고법인이 기본재산으로 등록하였고 1980년무렵부터 주변토지가 모두 대지화되어 농경지로 자경하는 것보다 양도하여 그 대금으로 명부전 건립에 충당하는 것이 보다 효율적이라고 보고 양도한 것이므로 앞서 본 법인세법 제59조의3 제1항 제17호 의 규정에 따라 원고법인의 고유목적에 직접 사용하는 토지로 보아 특별부가세를 부과하여서는 아니된다고 주장하고, 그리고 위 토지는 원고법인이 8년이상 자경하였고 양도일 현재도 농지였으므로 법인세법 제59조의3 제1항 제4호 의 규정에 의하더라도 특별부가세를 부과하여서는 아니된다고 주장하며, 그렇지 않더라도 이 사건 2토지의 매매에 따른 양도차익계산에 있어서 피고는 취득가액을 새로 작성한 토지대장에 기재된 대로 19등급으로 보고 평가하였으나 이는 전, 답의 경우에 한하여 당시 기준수확량을 표시한 수치이므로 그에 따를 것이 아니고 지방세법상의 과세시가표준액을 계산하는 기준인 토지의 등급에 따라서 평가하여야 한다고 주장한다.

원고법인이 이 사건 2토지를 8년이상 자경하였고 양도일 현재도 농지였는가에 관하여 보면 먼저 양도일 현재의 농지라 함은 양도계약 체결 당시에 농지임을 요한다는 취지로 해석해야 할 것이고 양도계약체결 후 그 계약에 의하여 양수인이 토지를 인도받아 그 중도금이나 잔금지급전에 대지화 시켰다고 하더라도 양도계약 체결당시까지 8년이상 자경한 농지인 경우에는 특별부가세를 부과할 수 없다고 할 것인 바( 대법원 1990. 12. 26 선고 90누4662, 법원공보 890호 663쪽 참조), 갑제2호증의 1 내지 6, 갑제5호증의 2, 갑제6호증의 1, 2, 갑제8호증, 을제2호증의 1 내지 12의 각 기재와 증인 성ㅇㅇ의 증언에 변론의 전취지를 합쳐보면 원고법인은 주지하던 김ㅇㅇ로부터 1927. 7. 4. 이 사건 2토지를 증여받아 자경하여 그 수확물은 사찰운영에 사용하여 왔고 그 사이 불교재산관리법의 시행에 따라 원고법인의 기본재산으로 등록을 하였으며 1985. 7. 26. 소외 홍ㅇㅇ와 매매계약을 체결할 때까지 농지로 자경하였는데(이 점에 관하여는 ㅇㅇ지방국세청장, 국세청장, 재무부 국세심판소장 모두 인정하고 있다. 갑제2호증의 1, 2, 6참조) 그 무렵부터 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 부근이 택지로 개발되기 시작하여 이 사건 2토지 부근도 대지화 되어 계속 농지로 자경하기는 어렵게 된 사실, 그래서 원고는 이 사건 토지를 비롯한 같은동에 있는 원고소유의 토지를 처분하여 명부전 건립기금으로 하기로 하여 1985. 7. 26. 위 소외인과 매매계약을 체결하고 계약금을 받았으나 원고법인의 기본재산으로 등록되어 있는 이 사건 2토지등의 처분에 관하여 문공부장관의 승인을 받지 못하고 있다가 위 소외인이 ㅇㅇ지방법원에 소유권이전등기 청구소송을 제기하여 1989. 9. 2. 소송상 화해가 성립되어 결국 원고와 소외 홍ㅇㅇ 사이의 1985. 7. 26. 매매계약을 원인으로 소외인앞으로 소유권이전등기를 마친 사실을 각 인정할 수 있고, 이에 반하는 증거없다. 위 인정사실에 의하면 원고가 위 소외인에게 이 사건 2토지를 양도한데 관하여는 법인세법 제59조의3 제1항 제4호 의 규정에 따라 원고에게 특별부가세를 부과하지 아니하여야 할 것이고 나아가 방위세도 부과하지 않아야 할 것이므로 원고의 위 주장은 이유있다.

3. 결 론

그렇다면 피고가 1990. 10. 19. 원고에 대하여 한 1988사업연도 귀속 특별부가세 돈30,268,600원 및 방위세 돈5,306,990원의 부과처분은 위법하다고 할 것이므로 그 취소를 바라는 원고의 이건 청구부분은 이유있어 인용하기로 하고 그 나머지 청구는 이유없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1992. 11. 4.

심급 사건

참조조문

참조판례