가. 원고는 1978년경 인천 남동구 B아파트 60동 302호(이하 ‘이 사건 구주택’이라고 한다)를 취득하고, 2004. 11. 10. 재건축조합을 통하여 C아파트 102동 2201호(이하 ‘이 사건 신축주택’이라고 한다)를 취득하였다.

나. 원고는 2007. 8. 28. 이 사건 신축주택을 양도하고 2007. 9.경 양도소득세 60,146,310원을 신고ㆍ납부하였다가, 2008. 12.경 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3 제1항에 따라 양도소득세 전액 감면을 적용하여 환급해줄 것을 경정청구 하였고, 피고는 이를 받아들여 원고에게 농어촌특별세 5,177,274원을 제외하고 54,969,045원 전액을 환급하였다

(아울러 당초 신고시 세액을 잘못 계산한 것이 밝혀짐). 다.

그런데 약 5년 4개월 뒤 피고는 이 사건 구주택의 취득일부터 이 사건 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득금액은 위 법률 규정에 따른 감면대상에 해당하지 않는다고 보고, 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조 제1항에 따라 아래 계산식과 같이 전체 양도소득금액을 기준시가를 이용하여 안분하여 환산하는 방식으로 감면세액을 3,316,045원으로 산정하고 농어촌특별세 과다납부액을 양도소득세액에서 차감하여, 2013. 4. 2. 원고에게 2007년 귀속 양도소득세 18,056,260원을 부과ㆍ고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다). <계산식> 감면대상 소득금액 양도소득금액 × (신축주택 양도당시 기준시가 - 신축주택 취득당시 기준시가) / (신축주택 양도당시 기준시가 - 구주택 취득당시 기준시가) = 13,384,707원 감면세액 산출세액 25,886,370원 × 감면대상 소득금액 13,384,707원 / 양도소득세 과세표준 = 3,316,045원

라. 원고가...

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