가. 원고들의 지위 원고들은 어업인과 수산물가공업자의 자주적인 협동조직을 바탕으로 그 지위 향상과 경쟁력 강화를 도모함으로써 어업인과 수산물가공업자의 삶의 질을 높이고 국민경제의 균형 있는 발전에 이바지함을 목적으로 C협동조합법에 의하여 설립된 각 비영리법인으로서(C협동조합법 제1조, 제4조, 이하 C협동조합을 ‘C협’이라고 한다), 조세특례제한법과 ‘구 농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정’(2013. 2. 15. 대통령령 제24369호로 개정되기 전의 것 편의상 이 사건과 관련하여 가장 늦은 귀속연도인 2012년 기준 시행 법령만을 관련 법령으로 명시하기로 한다. , 이하 ‘특례규정’이라고 한다)에 따라 어민이 어업에 사용하기 위한 석유류로서 부가가치세 등이 면제되는 면세유(이하 ‘면세유’라고 한다)를 공급관리하는 업무를 수행하고 있다.

나. 국세청의 면세유 관리실태 점검 지시 및 각 출고지시서 발급행위의 적발 1) 국세청은 어업용 면세유에 대한 기획점검을 실시한 결과 면세유 부정유통 혐의가 있다고 보고, 2013년 9월경 피고들을 비롯한 전국 세무서장에게 관할 구역 내 소재하는 면세유 관리기관인 C협에 대하여 면세유 관리실태 및 부정유통 혐의를 점검한 후 C협이 면세유류 구입카드 등(출고지시서 포함)을 부정발급하거나 잘못 발급한 것이 적발될 경우 해당 C협에 대하여 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라고만 한다

) 제106조의2 제11항 등 관련 규정에 따라 감면세액에 대하여 가산세를 추징할 것을 지시하였다. 2) 국세청이 각 일선 세무서장에게 지시한 구체적인...

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