2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 ○○시 ○○구 ○○동 2가 44-17에서 '○○○○'이라는 상호로 기계공구도소매업을 영위하고 있는 사업자로서 1999년 제2기 과세기간 중 ○○상사의 정○○으로부터 별지 세금계산서 발행내역 기재와 같이 공급가액 합계 1,800만원의 매입세금계산서(이하 이 사건 세금계산서라 한다)를 교부받아 위 세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 위 과세기간의 부가가치세 신고를 하였다.

나. 피고는 정○○이 실물거래 없이 가공의 세금계산서를 발행하는 업체인 이른바 자료상으로서 그로부터 교부받은 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 해당 매입세액을 불공제하여 2005. 7. 1. 원고에게 1999년 제2기분 부가가치세 6,576,000원을 경정 · 고지하였다가 원고의 이의신청에 따라 위 부과금액을 3,908,400원으로 감액 · 경정하였다(2005. 7. 1.자 부과처분 중 감액되고 남은 부분을 이하 이 사건 처분이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 3, 을 제1호증의 각 기재

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 ○○상사의 정○○과 실제 거래를 하고 거래대금을 별지 대금지급내역 기재와 같이 지급하였으므로 이 사건 세금계산서는 사실에 부합하는 것이고, 또한 1999년 제2기 부가가치세의 부과제척기간은 2005. 1. 24.까지인바, 이 사건 처분은 제척기간 경과 후에 이루어졌으므로 위법하다.

나. 관계법령

[부가가치세법]

제17조 (납부세액)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

[국세기본법]

제26조 (납세의무의 소멸)

국세 · 가산금 또는 체납처분비를 납부할 의무는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 소멸한다.

2. 제26조의2의 규정에 의하여 국세를 부과할 수 있는 기간내에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 만료된 때

제26조의2 (국세부과의 제척기간)

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. (단서 생략)

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 · 공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

다. 인정사실

(1) ○○세무서장은 ○○상사를 운영하는 정○○이 2000년 제1기부터 2002년 제2기 과세기간 중 부가가치세 부정환급혐의가 있어 세무조사를 실시한 결과 정○○이 자신의 주소지를 사업장소재지로 하여 사업자등록을 한 후 1991. 2. 25.부터 2002. 12. 31.까지 기계공구부품, 펌프모터 등 도매업을 영위한 것으로 되어 있으나 위 사업장은 약 15평 정도의 빌라로 기계공구부품을 판매하였다고 보기 어렵고, 정○○은 1998. 10.경 이후 우측다리 골절, 췌장염 수술 등으로 폐업시까지 사실상 사업을 영위할 수 없는 상태에 있었으며, 실제 오○○이 대신 사업을 한 후 세금계산서를 보내오면 부가가치세 신고만 하였다고 진술하고 있어 정○○을 자료상으로 보아 ○○지방검찰청 ○○지청에 고발하였다.

(2) 정○○은 2005. 4. 1. ○○지방법원 ○○지원에서 조세범처벌위반죄로 징역 1년에 집행유예 2년을 선고받아 위 판결이 그대로 확정되었고, 위 과세자료를 넘겨받은 피고가 위 사실을 토대로 원고에게 1999년 제2기 부가가치세 신고분에 대한 매입내역 소명자료 제출을 요구하자 원고는 이 사건 세금계산서 3장 중 2장은 영수세금계산서로 그에 대한 입금표나 거래명세표는 보관하고 있지 아니하고, 나머지 1장은 청구세금계산서로 그 중 2,800,000원은 정○○의 통장에 입금하고, 나머지 금액은 거래대금 회수금액으로 지급하였다고 주장하였다.

[인정근거] 갑 제4호증, 을 제2 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 의하면 "납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 · 공제받은 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간 국세를 부과할 수 있다"고 규정하고 있고, 여기서 "사기 기타 부정한 행위"라 함은 조세의 포탈을 가능케 하는 행위로서 사회통념상 부정이라고 인정되는 행위 즉 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란케 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위라고 할 것이다(대법원 1978. 11. 28. 선고, 78도2308 판결 등 참조).

한편 조세부과처분취소소송에서 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있다고 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제의 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 아니하는 사정을 입증하지 아니하는 한, 그 부과처분에 대하여 과세요건을 충족시키지 못한 위법이 있는 처분이라고 할 수 없다.

(2) 이 사건의 경우, 원고가 정○○과 실제로 거래를 하고 이 사건 세금계산서를 교부받았다는 주장에 부합하는 갑 제3호증의 기재와 증인 정○○의 증언은, ① 비록 확정된 판결문상 이 사건 세금계산서와 관련된 원고와의 거래에 관한 부분이 나와 있지 아니하나, 이 사건 세금계산서를 발행 · 교부한 정○○이 장기간에 걸쳐 허위 · 가공의 세금계산서를 발행한 자료상으로 밝혀진 점, ② 원고가 이 사건 세금계산서와 부합하는 실제물품이 언제, 어떻게 원고의 사업장에 인도되었는지에 관한 입증을 하지 못하고 있는 점, ③ 원고가 정○○과 이 사건 세금계산서와 관련된 거래를 하였다고 한 시점에는 정○○이 신병으로 정상적인 영업을 하지 못하고 있었던 점, ④ 이 사건 세금계산서의 각 공급가액에 대한 거래시점 무렵의 결제금액도 그 액수에 있어서 차이가 나 이 사건 세금계산서에 부합한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 믿기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 허위의 세금계산서라고 봄이 상당하다.

따라서 원고가 1999년 제2기 부가가치세 신고를 함에 있어서 실물거래 없이 자료상으로부터 허위인 이 사건 세금계산서를 교부받아 매입세액 공제를 하였다면 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 · 공제받는 경우에 해당한다고 할 것이므로 이러한 경우 국세부과의 제척기간은 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이 아닌 10년이라고 할 것인바, 피고가 1999년 제2기 부가가치세 확정신고기한인 2000. 1. 25.로부터 10년 이내임이 역수상 분명한 2005. 7. 1. 이 사건 처분을 하였고, 국세의 부과제척기간 내에 이 사건 처분이 있은 이상 장부 등 증빙서류의 보존기한 5년 이후에 부과처분이 이루어졌다고 하여 이 사건 처분이 위법하다고 할 수는 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각한다.