2. 피고의 항소를 각하한다.

3. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

4. 소송총비용 중 80%는 원고가, 20%는 피고가 각 부담한다.

피고가 2015. 12. 1. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 681,628,523원의 부과처분 중 205,732,710원을 초과하는 부분, 2013 사업연도 법인세 3,825,739원의 부과처분, 별지 목록 순번 1, 3, 4, 5 기재 각 소득금액변동통지처분 및 2016. 8. 26. 원고에 대하여 한 별지 목록 순번 2 기재 소득금액변동통지처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

[원고] 제1심 판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2015. 12. 1. 원고에 대하여한 2012 사업연도 법인세 681,628,523원의 부과처분 중 205,732,710원을 초과하는 부분, 2013 사업연도 법인세 3,825,739원의 부과처분, 2016. 8. 26. 원고에 대하여 한 별지 목록 순번 2 기재 소득금액변동통지처분 중 2,403,151,228원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

[피고] 제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 적을 판결 이유는 아래에서 추가하거나 수정하는 부분 이외에는 제1심 판결의 '1. 처분의 경위'란 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

○ 제1심 판결 제10쪽 제3행 표 아래에 다음 내용을 추가한다.

사. 피고는 이 사건 항소심 계속 중이던 2019. 3. 8. 제1심 판결의 피고 패소 부분, 즉 '피고가 2015. 12. 1. 원고에 대하여 한 별지 목록 순번 1, 3, 4, 5 기재 각 소득금액변동통지처분 및 2016. 8. 26. 원고에 대하여 한 별지 목록 순번 2 기재 소득금액변동통지처분 중 2,403,151,228원을 초과하는 부분을 직권으로 취소하였다(이하 '직권취소된 부분'이라 한다).

○ 제1심 판결 제10쪽 제4행의 [인정근거]를 다음과 같이 수정한다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 8, 9, 12, 13호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같음), 을 제1 내지 16, 18 내지 34호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 직권취소된 부분 및 피고의 항소의 적법 여부

행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않으며, 존재하지않은 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두18202 판결 등 참조). 피고가 이 사건 계속 중인 2019. 3. 8. 제1심 판결의 피고 패소 부분을 직권으로 취소한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 소 중 직권취소된 부분에 대한 취소청구는 이미 그 효력이 소멸하여 존재하지 않는 처분의 취소를 구하는 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.

또한 피고의 항소는 위 직권취소로 심판대상에서 제외된 처분에 대한 것으로서 항소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 판단 범위

원고의 주장에 대한 판단 범위는 결국 위와 같이 직권취소되고 남은 부분 즉, ① 2012 사업연도 법인세 681,628,523원, 2013 사업연도 법인세 3,825,739원의 각 부과처분과 ② 별지 목록 순번 2 기재 소득금액변동통지처분 중 2,403,151,228원 부분의 적법 여부에 한한다.

나. 2012 사업연도 법인세 681,628,523원, 2013 사업연도 법인세 3,825,739원의 각부과처분의 적법 여부

원고의 이 부분에 대한 주장은 제1심에서와 크게 다르지 않고, 제1심에서 채택한 증거들에 의하면 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다. 당심에서 원고가 추가로 제출한 증거들을 보태어 보더라도, 제1심 판결에 원고가 항소이유로 주장한 바와 같은 잘못이 없다. 이에 이 부분에 대한 이 법원의 판결이유는 아래의 내용을 수정하거나 추가하는 것 외에는 제1심 판결의 제2의 가.항부터 다.항까지의 부분(제1심 판결 제10쪽 제6행부터 제17쪽 제1행까지) 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심 판결 제13쪽 제13행의 ㈐항을 아래와 같이 수정한다.

그러나 갑 제3호증의 1, 2, 3, 갑 제5호증의 1, 을 제11 내지 14호증의 각 기재, 당심 증인 JJJ의 일부 증언 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 제출한 자료만으로는 위 각 자산의 취득금액을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

○ 제1심 판결 제14쪽 제14행 아래에 다음 내용을 추가한다.

③ 당심 증인 JJJ는, 'YYY이 이와 같이 1997년경부터 ○○자원개발로부터 광산을 임차하여 광물을 채굴, 판매하였고, 원고가 1998. 4. 15.경 ○○자원개발로부터 제△△△△호, 제△△△호 광업권을 2억 원에 매수하는 계약을 체결하는 것과 1998. 12.20. 광업권 제△△△호를 4억 5천만 원에 매수하는 내용의 계약을 체결하는 것을 보았다, 위 매수대금 4억 5천만 원은 YYY이 이와 같이 임차하여 운영한 광산에서 채굴한 광물대금에서 현금으로 그때그때(열흘에 한번 씩 1,000만 원 정도) 주었다'는 취지로 증언하였다. 그러나 JJJ의 증언에 의하더라도, 1998. 4. 15.경 제△△△호, 제△△△호 광업권을 2억 원에 매수하는 계약이 체결되고 대금이 모두 지급되고 난 이후인 1998. 12. 20. 다시 제△△△호 광업권을 4억 5천만 원에 매수하는 내용의 계약이 재차 체결된 경위에 대하여는 잘 알지 못하는 것으로 보이고, 제1심 판결에서도 지적한 바와 같이 이는 매우 이례적인 것으로 뒤늦게 작성된 1998. 12. 20.자 계약서에 따라 앞서 이루어진 1998. 4. 15.자 계약이 무효로 된 것인지 여전히 의문이 남는 점, YYY이 HHH에게 위 광업권 매매대금을 일정 기간 현금으로 지급해 왔다고 하나 이를 뒷받침할 객관적인 장부기록이나 ○○자원개발이 원고로부터 위 매매대금을 수령한 것과 관련하여 세금을 신고한 자료가 전혀 없는 점을 고려하면, 위 일부 증언만으로는 원고가 ○○자원개발에 제△△△호 광업권 매매대금으로 4억 5천만 원을 지출하였다고 보기 어렵다. 설령 1998. 12. 20.자 계약서에 기재된 대로 원고가 ○○자원개발로부터 제△△△호 광업권을 4억 5천만 원에 매수하겠다는 의사표시의 존재를 인정하더라도 실제로 원고가 위 광업권을 취득하기 위해 ○○자원개발에 4억 5천만 원을 지급하였는지 여부에 관하여는 위 계약서나 위 일부 증언에도 불구하고 여전히 앞서 본 바와 같이 이를 인정하기 부족하다.

○ 제1심 판결 제15쪽 제11행의 괄호를 아래와 같이 수정한다.

[나아가 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제22조, 제42조 제3항, 구 법인세 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제78조 제3항에 따르면, 내국법인이 보유하는 자산의 평가손실은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니하지만, 유형자산으로서 천재지변・화재 등사유로 파손되거나 멸실된 것에 해당하는 자산은 장부가액을 감액할 수 있도록 하되 이 경우 당해 감액사유가 발생한 사업연도의 손금으로 계상하도록 하고 있다. 원고가제△△△호 광업권과 광산물을 취득하고도 이를 장부에 기입하지 않은 사실은 자인하고 있어 그 장부가액을 인정할 근거도 없는 데다, 원고가 2006. 6. 27. 소멸등록된 제△△△호 광업권과 2002년 멸실되었다고 하는 광물(규석)을 각각 위 자산이 멸실된 해당 사업연도에 손금으로 계상하지 않은 이상, 위 법령에 비추어 이를 이 사건 양도계약이 성립된 2012 사업연도의 손금에 산입할 수는 없다]

다. 별지 목록 순번 2 소득금액변동통지처분 중 2,403,151,228원의 적법 여부

1) 원고의 주장 요지

피고는 2012 사업연도 법인세 경정 시 익금산입한 이 사건 양도대금 중 3,007,687,228원을 상여로 소득처분하였음에도 원고에게 소득금액변동통지를 할 때는 이 사건 양도대금 중 소득처분한 금액을 3,109,830,498원으로 기재하였다. 이와 같이법인세 경정 및 그에 따른 세무조정 내용, 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가일치하지 않은 것은 피고가 소득처분 당시 제대로 계산을 하지 않은 결과이므로 이 사건 각 소득금액변동통지처분은 위법하다(원고는 당심에서 이 부분에 관하여 특별히 주장하지 않으면서도 여전히 이 부분 처분의 취소를 구하고 있으므로, 제1심에서 한 주장을 그대로 유지하는 것으로 본다).

2) 판단

제1심에서 채택한 증거들에 의하면 이 부분에 관한 제1심의 사실인정과 판단은 정당하므로, 이 부분에 대한 이 법원의 판결이유는 제1심 판결의 제2의 라. 2) 나)항 부분(제1심 판결 제19쪽 제6행부터 제20쪽 마지막 행까지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 직권취소된 부분, 즉 피고가 2015. 12. 1. 원고에 대하여 한별지 목록 순번 1, 3, 4, 5 기재 각 소득금액변동통지처분 및 2016. 8. 26. 원고에 대하여 한 별지 목록 순번 2 기재 소득금액변동통지처분 중 2,403,151,228원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이 부분 소를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심 판결 중 위 직권취소된 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 그 부분 제1심 판결을 취소하고 이에 해당하는 원고의 소와 피고의 항소를 모두 각하하며, 제1심 판결 중 이를 제외한 나머지 부분은 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 위 각하부분을 제외한 항소는 이유 없어 이를 기각한다.