2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 9. 4. 원고에 대하여 한 부가가치세 2012년 1기분 bb원, 2012년 2기분 bb원, 2013년 1기분 bb원, 2013년 2기분 bb원의 각 부과처분(이하 '이 사건 각 처분'이라 한다)을 취소한다

1. 이 사건 처분의 경위

가. 원고는 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따라 설립된 비영리사단법인으로 자체적인 학술연구를 비롯하여 어업피해 조사영역 등 외부에서 의뢰하는 각종 연구용역 및 연구개발 용역을 수행하고 있다.

나. 원고의 분사무소인 bb산학협력본부는 별지1 기재 표와 같이 주식회사 bb수

력원자력 등으로부터 총 공급가액을 6,100,103,159원으로 하는 13건의 어업피해조사용역(이하 '이 사건 각 용역'이라 한다)을 의뢰받아 수행하였다.

다. 원고는 이 사건 각 용역을 부가가치세 면제대상으로 판단하고 이 사건 각 용역

의 대가 bb원 중 2012년 1기부터 2013년 2기까지의 부가가치세 부과기간동안 지급받은 bb원에 대하여 부가가치세 신고를 하지 않았다.

라. 피고는 2015. 4. 27.부터 2015. 5. 16.까지 원고에 대하여 부가가치세 조사를 실시한 결과, 2015. 9. 4. 원고에 대하여 2012년 1기분 부가가치세 bb원, 2012년 2기분 부가가치세 bb원, 2013년 1기분 부가가치세 bb원, 2013년 2기분 부가가치세 bb원 등 합계 bb원의 부가가치세를 결정・고지하는 처분(이하 '당초 처분'이라 한다)을 하였다.

마. 원고는 위 처분에 불복하여 2015. 12. 1. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고 조세심판원은 2016. 8. 3. 당초처분 과세표준의 100/110이 실제 과세표준이 되어야 한다는 이유로 일부 세액을 감액하는 내용의 경정결정을 하였고, 이에 피고는 위 결정에따라 일부 감액된 세액에 대한 환급통지를 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 18호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지

이 사건 각 용역은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론・방법・공

법 또는 공식 등의 연구용역에 해당하거나 기존의 학술연구가 행한 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정・보완하기 위한 연구용역으로서 부가가치세 면제대상에 해당하므로 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

3. 이 사건 처분의 적법여부

가. 관계 법령

별지2 관계법령 기재와 같다.

나. 판단

1) 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하

같다) 제12조 제1항 제17호는 '종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것'의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있으며, 위 법률의 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제37조 제1의2는 '학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역(「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따라 설립된 산학협력단이 제공하는 연구용역의 경우에는 2013년 12월 31일까지 제공하는 것에 한정한다)'을 부가가치세 면제 대상으로 규정하고 있다.

2) 구 부가가치세법 및 같은 법 시행령의 문언내용과 취지, 그리고 관련 규정의

체계 등을 종합하여 보면, 부가가치세가 면제되는 '학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역'의 범위에는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론・방법・공법 또는 공식 등의 연구용역뿐만 아니라, 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정・보완하기 위한 연구용역 등도 포함되지만, 단순히 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하는 용역은 포함되지 않는다고 봄이 타당하다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2011두3913판결 참조).

3) 위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 위 인정사실에다가 앞에서 든 각 증거 및

변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 수행한 이 사건 각 용역은 바다환경에 영향을 주어 어업피해를 유발할 수 있는 도로공사나 항만공사 등을 시행함에 있어 위 공사로 인하여 발생하는 어업피해에 대하여 정확하고 객관적인 손실액 보상을 위한 용역조사인 점, ② 이 사건 각 용역은 현장에서 수집한 각종 수치와 측정자료, 현황조사 내용을 기초로 모델을 활용한 시뮬레이션을 통해 피해확산 범위 등을 분석하고 전문가로 하여금 이를 조사하는 방법으로 수행되었던 점, ③ 앞서 본 이 사건 각 용역의 특성과 방법 등을 고려하면, 이 사건 각 용역은 위와 같은 조사를 통하여 어업피해산정을 위한 기초자료를 제공하는 것이 주목적이고, 새로운 이론・방법・공법 또는 공식 등을 정립하거나 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 수정하기 위한 목적에서 이루어졌다고 볼 수 없는 점, ④ 나아가 실제로 원고가 이 사건 각 용역을 기반으로 새로운 이론이나 연구결과를 발표하였다거나 기존의 학술연구나 연구결과에 대하여 그 내용을 수정 또는 보완한 적도 없는 점, ⑤ 이에 대하여 원고는 이 사건 각 용역의 경우 모델링과 시뮬레이션 과정이 함께 진행된 이상 단순히 기존 시뮬레이션 모델을 그대로 이용하여 피해확산 범위를 예상하는 것과 다르다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 용역이 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 수정하는 등의 목적에서 수행된 것이 아니고, 원고는 이 사건 각 용역을 수행함에 있어 발주처의 필요나 이 사건 각 용역의 특성에 부합하도록 기존의 학술연구나 기술연구 결과를 응용 또는 이용하여 특정 모델을 구성하고 그 타당성을 검토하기 위하여 시뮬레이션을 진행한 것에 불과하다고 봄이 타당한 점 등을 종합하면, 이 사건 각 용역은 구 부가가치세법 및 시행령에 따라 부가가치세가 면제되는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위한 새로운 이론・방법・공법 또는 공식 등의 연구용역이라거나 기존의 학술연구나 기술연구 결과의 타당성을 검토하고 그 내용을 수정・보완하기 위한 연구용역이라고 볼 수 없다.

4) 따라서 원고가 기존 연구결과를 응용 또는 이용하여 이 사건 각 용역을 제공하

고 그에 대한 대가를 지급받았다고 봄이 타당한 이상 이 사건 각 용역은 부가가치세 면제대상이라고 볼 수 없고, 이와 달리 이 사건 각 용역이 부가가치세 면제대상에 해당한다고 볼 만한 증거가 없으므로 원고의 주장은 이유 없다.

4. 결론

따라서 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결

한다.

관계법령

구 부가가치세법((2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것)

제12조(면세)

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. 가공되지 아니한 식료품, 식용으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물을 포함한다 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하는 것

2. 수돗물

3. 연탄과 무연탄

4. 여성용 생리 처리 위생용품

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

6. 교육 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

7. 여객운송 용역. 다만, 항공기, 고속버스, 전세버스, 택시, 특수자동차, 특종선박 또는 고속철도에 의한 여객운송 용역으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.

8. 도서(도서대여 용역을 포함한다), 신문, 잡지, 관보, 「뉴스통신진흥에 관한 법률」에 따른 뉴스통신 및 방송으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 광고는 제외한다.

9. 우표(수집용 우표는 제외한다), 인지, 증지, 복권과 공중전화

10. 「담배사업법」 제2조에 따른 담배로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 「담배사업법」 제18조제1항에 따른 판매가격이 대통령령으로 정하는 금액 이하인 것

나. 「담배사업법」 제19조에 따른 특수용담배로서 대통령령으로 정하는 것

11. 금융・보험 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

12. 주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

12의2. 「주택법」 제44조제2항에 따른 관리규약에 따라 같은 법 제2조제14호에 따른 관리 주체 또는 같은 법 제43조제3항에 따른 입주자대표회의가 제공하는 같은 법 제2조제 9호에 따른 복리시설인 공동주택 어린이집의 임대용역

13. 토지

14. 저술가・작곡가나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자가 직업상 제공하는 인적 용역

15. 예술창작품, 예술행사, 문화행사와 아마추어 운동경기로서 대통령령으로 정하는 것

16. 도서관, 과학관, 박물관, 미술관, 동물원 또는 식물원에의 입장

17. 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

18. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

19. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것)

제37조(종교・자선・학술・구호단체등이 공급하는 재화등의 범위)

법 제12조제1항제17호에서 대통령령으로 정하는 것 이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역

1의2. 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역(「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따라 설립된 산학협력단이 제공하는 연구용역의 경우에는 2013년 12월 31일까지 제공하는 것에 한정한다)

2. 「문화재보호법」의 규정에 의한 지정문화재(지방문화재를 포함하며, 무형문화재를 제외한다)를 소유 또는 관리하고 있는 종교단체(주무관청에 등록된 종교단체에 한한다)의 경내지 및 경내지내의 건물과 공작물의 임대용역

3. 공익을 목적으로 기획재정부령이 정하는 기숙사를 운영하는 자가 학생 또는 근로자를 위하여 실비 또는 무상으로 공급하는 용역(음식 및 숙박용역에 한한다)

4. 「저작권법」 제105조제1항에 따라 문화체육관광부장관의 허가를 받아 설립된 저작권위탁관리업자로서 기획재정부령이 정하는 사업자가 저작권자를 위하여 실비 또는 무상으로 공급하는 신탁관리용역

5. 「법인세법」 제24조제2항제4호나목에 따른 비영리교육재단이 「초・중등교육법」 제60조 의2제1항에 따른 외국인학교의 설립・경영사업을 영위하는 자에게 제공하는 학교시설 이용 등 교육환경 개선과 관련된 용역 <끝>