가. 코스닥 상장법인인 주식회사 B은 2007. 12. 5.부터 2008. 4. 22.까지 2회에 걸쳐 C 등으로부터 D 주식회사(이하 ‘D’이라고 한다)의 발행주식 100%인 400,000주를 취득하였다.

한편 D은, 2008. 6. 13. 발행주식 400,000주를 액면분할하여 D의 총 발행주식은 4,000,000주가 되었고, 같은 해

7. 2.에는 200,000주를 유상증자하여 이를 우리사주조합에 배정하였다.

나. 그런데 주식회사 B은 2008. 7. 14. 당시 주식회사 B의 100% 자회사였던 주식회사 E(이하 ‘E’이라고 한다)에게 D의 주식 중 1,400,000주를 양도(이하 ‘이 사건 양도’라고 하고, 위 1,400,000주를 ‘이 사건 포합주식’이라 한다)하였고, 같은 날 주식회사 디베스트파트너스 등에게 D의 주식 중 합계 560,500주를 양도하였으며, 이어서 같은 해 10. 10. D을 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다)하면서 회사의 상호를 원고(이하 이 사건 합병 전의 주식회사 B과 이 사건 합병 후의 원고를 구분하지 않고 모두 ‘원고회사’라고만 한다)로 변경하였다.

다. 그 후 원고회사는 2009. 2. 28. D의 청산소득에 대한 법인세를 신고하면서, 이 사건 합병 당시 원고회사가 보유하던 D의 주식 2,039,500주를 법인세법상의 포합주식(합병법인이 합병 전에 취득한 피합병법인의 주식)으로 계산하여 청산소득금액을 △8,302,559,809원으로 신고하였다. 라.

한편 피고는 원고회사에 대한 세무조사를 하였고, 그 결과 원고가 계산한 포합주식에 위 나.

항 기재 양도주식수 합계 1,960,500주(= 1,400,000주 560,500주)를 합산하여 이 사건 합병에서의 포합주식을 4,000,000주로 보아, 청산소득금액을 9,662,028,641원으로 인정하였다.

이어서 피고는 위와 같은 계산결과를 토대로 2013. 10. 1. 원고에게, 청산소득에 대한 법인세(가산세 포함) 2,584...

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