가. 피고는 2012. 4. 10. ‘영구공공임대단지 입주민 생산적 지원 및 주거취약계층 지원을 위한 주거지원 사업’에 대한 사업자 모집공고를 하였고, 원고 등 8개 단체가 2012. 5. 8. 위 사업 중 ‘주거취약계층 주거복지 통합지원사업’(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 수행할 사업자로 선정되었다.

피고 소속 담당공무원은 2012. 5. 7. 원고 등 8개 단체를 상대로 이 사건 사업에 관한 설명회를 실시하면서 2012년 서울특별시 비영리민간단체 공익활동 지원사업 집행지침(이하 ‘이 사건 집행지침’이라 한다)을 제공하였는데, 이 사건 집행지침에는 ‘사업비에 상근직원 인건비 등 보조금으로 집행할 수 없는 경비는 포함할 수 없다.’고 규정하고 있다.

나. 원고와 피고는 2012. 5. 18. ‘원고가 2012. 5. 18.부터 2013. 3. 30.까지 이 사건 사업을 수행하고 피고는 원고에게 그에 대한 지원금(이하 ’이 사건 지원금‘이라 한다)을 지급한다.’는 내용의 ‘주거취약계층 주거복지 통합지원사업 추진약정’(이하 ‘이 사건 약정’이라 한다)을 체결하였는데, 이 사건 약정 제7조 제3항에서 ‘원고는 피고로부터 교부받은 지원금을 당해 사업추진비 이외의 용도로 사용할 수 없고 상근직원 인건비 등 경상적 경비로 사용할 수 없다.’고 정하고 있고 이 사건 약정 제12조에서 ‘원고는 이 사건 집행지침을 준수하여야 한다.’고 정하고 있다.

다. 원고는 피고로부터 지원금 5,600만 원을 지급받아 인건비로 3,200만 원을 사용하고 그 밖의 경비로 3,710,050원을 사용하는 등 총 35,710,050원을 사용하였는데, 인건비 사용내역은 다음과 같다.

즉 원고는 이 사건 사업을 수행하기 위하여 2012. 6. 1. B를 채용하였고 원고 사무국 소속 직원이었던 C를...