가. 원고는 미국의 Twentieth Century Fox International Corporation(이하 ‘FOX’라 한다)이 대한민국 내 영화의 수입 및 국내 배급 사업을 목적으로 설립한 회사이다.

나. 원고는 1997. 9. 1. FOX와 사이에 대한민국 내 영화배급 활동과 관련한 라이센스 계약(License Agreement)을 체결하였는데, 라이센서가 TCF Hungary Film Rights Exploitation LLC(이하 ‘TCF’라 한다)로 변경됨에 따라 2002. 10. 1. TCF와 사이에 동일한 내용으로 라이센스 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.

다. 이 사건 계약에 따르면 라이센시(Licensee)인 원고는 라이센서(Licensor)인 TCF에게 아래와 같은 방식으로 산정되는 로열티를 지급할 의무가 있다.

로열티 = 원고의 총 매출액 - 배급수수료 - 직배비용(각 항목의 구체적인 내용은 뒤에서 본다)

라. 원고는 2001. 7. 5.부터 2005. 1. 17.까지 FOX 또는 TCF로부터 영화용 필름(수입신고번호 20138-01-0007099호 외 52건, 이하 ‘이 사건 물품’이라 한다)을 수입하면서, 통관지세관장인 피고에게 잠정가격으로 로열티를 신고하여 부가가치세를 납부한 다음, 원고의 총 매출액과 지불하여야 할 로열티가 확정된 후 TCF에게 이 사건 계약에 따른 로열티를 송금하고 확정가격을 신고하여 부가가치세를 정산하였다.

마. 피고는 2006.경 원고에 대한 사후심사를 실시하여 이 사건 물품의 과세가격을 원고가 TCF에게 송금한 로열티 금액에 이 사건 물품의 배급비용을 더한 금액으로 보아 2006. 7. 3.부터 2006. 8. 4.까지 원고에 대하여 별지 목록 ‘당초 부과처분’란 기재와 같이 부가가치세 합계 2,775,670,820원 및 가산세 합계 549,168,610원을 경정고지하였다.

바. 원고는 위 각 경정처분에 불복하여 2006. 9. 28 조세심판원에 조세심판청구를 제기하였고,...