2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 항공기용부품을 제조하는 외국인투자법인으로, 2011. 9.경 서울 구로구 구로동에서 대전 AA구 BB동으로 사업장을 이전하고, 2014. 10. 1. 대전 유성구 AAA로 사업장을 이전하였다.

나. 피고는 2016. 9.경 원고에 대한 일반통합조사를 실시하여 원고가 2011.9.경 조세특례제한법 제63조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면)의 요건을 충족하지 않았음에도 법인세를 감면받았다고 판단하고, 원고에게 2012년도분부터 2015년도분까지의 법인세 합계 1,562,000,000원을 2016. 12. 1. 전자고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

다. 피고는 이 사건 처분에 따른 납세고지서를 원고에게 2016. 12. 2. 국세정보통신망에 저장하고 원고의 이메일로 전자송달하였다(원고는 2003. 6. 30. 전자고지를 신청하였다).

라. 원고는 2017. 3. 3. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2017. 9. 5. 국세기본법 제68조 소정의 청구기간이 도과되었다는 이유로 원고의 청구를 각하하였다.

2. 이 사건 소의 적법 여부

가. 피고의 본안전 항변

원고는 이 사건 처분서를 전자송달 받은 날로부터 90일 이내에 심사청구 또는 심판청구를 제기하지 아니하였으므로, 이 사건 소는 행정심판전치의 요건을 갖추지 못한 것으로서 부적법하다.

나. 관계법령

국세기본법 제55조 제1항은 ' 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.'고 규정하고, 국세기본법 제56조 제2항은 '제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은 행정소송법 제18조 제1항 본문・제2항 및 제3항의 규정에 불구하고 이 법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없다.'고 규정하고 있으며, 국세기본법 제68조 제1항은 '심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.'고 규정하고 있으며, 국세기본법 제12조는 '제8조에 따라 송달하는 서류는 송달받아야 할 자에게 도달한 때부터 효력이 발생한다. 다만, 전자송달의 경우에는 송달받은 자가 지정한 전자우편주소에 입력된 때(국세정보통신망에 저장하는 경우에는 저장한 때)에 그 송달을 받아야 할 자에게 도달한 것으로 본다'고 규정하고 있다.

다. 판단

원고가 이 사건 처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하기 위하여는 먼저 국세기본법에 의한 심사청구나 심판청구 등의 전심절차를 거쳐야 하고, 위와 같은 전심절차로서의 심사청구나 심판청구는 적법한 것이어야 한다. 그런데 위 인정사실에 의하면, 원고가 이 사건 처분에 따른 납세고지서를 2016. 12. 19.에 이르러서야 열람하였다고 하더라도 그 송달의 효력은 납세고지서가 국세정보통신망에 저장된 날인 2016. 12. 2. 이미 발생하였다고 할 것인바, 원고는 그로부터 90일이 경과하였음이 역수상 명백한 2017. 3. 3.에 이르러서야 조세심판원에 심판청구를 하였다가 2017. 9. 5. 조세심판원으로부터 청구기간 도과를 이유로 각하결정을 받은 이상, 이 사건 소는 결국 적법한 전심절차를 거치지 않고 제기된 것으로서 부적법하다. 이를 지적하는 피고의 본안전 항변은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.