가. 원고는 고성능 금속절삭공구의 제조 및 판매업 등을 영위하는 유한회사로, 중화인민공화국(이하 ‘중국’이라 한다)에 소재한 자회사 Xiamen Honglu Tungsten molybdenum Industry Co.,Ltd.(이하 ‘이 사건 자회사’라 한다)의 지분 30%를 보유하고 있다.

나. 원고는 2010 사업연도에 이 사건 자회사로부터 수령한 배당금에 대하여 다음과 같이 직접외국납부세액공제만 적용하여 피고에게 법인세 신고를 하였다.

사업연도 배당결의일 배당금액 원천징수세율 직접외국납부세액 간주외국납부세액 2010 3월 23일 18,000,000 5% 149,814,000 -

다. 원고는 2015. 2. 26. 국민권익위원회에 이 사건 자회사로부터 2010년 수령한 배당금액 중 2008년 이후 잉여금을 재원으로 배당된 금액에 대해 5%의 간주외국납부세액공제가 가능함을 이유로 법인세를 환급해줄 것을 요구하는 내용의 고충민원을 신청하였는데, 국민권익위원회는 피고에게 원고가 과다납부한 법인세를 환급해줄 것을 권고하는 내용의 권고결정을 하였다.

이에 피고는 국민권익위원회의 권고를 수용하여 원고에게 169,564,440원을 환급하였다. 라.

그런데 피고는 「대한민국과 중화인민공화국 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협정」(이하 ‘한중 조세조약’이라 한다)에 따라 2008년 이후 이익잉여금을 재원으로 지급받은 배당소득에 대하여 5%의 제한세율을 적용하여 과세된 경우에는 동 조약에 따른 간주외국납부세액공제를 적용할 수 없다는 이유로, 2016. 2. 1. 원고에 대하여 2010 사업연도 법인세에 관하여 간주외국납부세액공제를 배제하여 법인세 164,151,190원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다.

마. 이후 피고는 이 사건 소송계속 중인 2017. 5. 31. 원고에 대하여 2010...