다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑1호증의1내지6, 갑4호증, 을1호증의1 내지 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

가. 원고는 1996. 4. 26.경 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 부동산 임대업 등을 목적으로 설립된 회사로서, 1999. 3. 31.경 대부의 알선 및 중개 등을, 2001. 12. 12.경 귀금속 도소매업을 그 목적사업에 포함하여 영업을 하다가 2004. 5. 31. 폐업하였다.

나. 피고는 2004. 10. 1. 원고가 2002. 7. 1.경부터 2004. 6. 30경까지 사이에 주식회사 ○○(이하 '소외 회사'라 한다)로부터 아래 표 기재와 같은 공급가액의 세금계산서 106장(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)을 실물거래 없이 수취하였으니 그에 상당하는 매입세액을 공제해 줄 수 없다 하여 부가가치세(가산세 포함)로 2002년 2기분 48,381,890원, 2003년 1기분 78,042,010원, 2003년 2기분 32,840,630원, 2004년 1기분 2,358,290원을 각 부과하는 한편, 2002년과 2003년 재화를 공급받고 법인세법 제 116조 제2항 각호의 1에서 규정하는 증빙서류를 수취하지 않았다 하여 법인세법 제 116조 제2항 각호의 1에서 규정하는 증빙서류를 수취하지 않았다 하여 법인세(법정증빙서류 미수취 가산세)로 2002년분 6,665,460원, 2003년분 17,259,280원을 각 부과(이하 위 각 부가가치세 및 법인세 부과처분을 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

과세기간

장수

세금계산서 공급가액 합계

과세기간

장수

세금계산서 공급가액 합계

2002년2기

20장

300,976,000원

2003년1기

53장

545,672,000원

2003년2기

27장

238,841,000원

2004년1기

6장

22,549,000원

공급가액 합계

1,108,038,000원

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 소외 회사로부터 금을 정상적으로 매입하면서 이 사건 세금계산서를 교부받았고 그 대금도 소외 회사에 온라인으로 송금하였다.

(2) 따라서 이와 달리 보아 나온 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 사실관계

위에서 든 증거에 갑5호증의 1내지3, 5, 7, 8, 갑6호증의 1, 2, 4, 8, 9, 16, 22, 갑7호증, 을2호증, 을3호증의 1, 2, 을6호증의 3, 4의 각 기재를 더하여 보면 다음 사실이 인정된다.

(1)(가) ○○세무서장은 소외 회사에 대한 조사를 통해, 같은 회사가 2002. 4. 22. 개업 이후 2003년 말경까지 120여개 업체에 실물거래 없이 가액 합계 3,226억 원 상당의 허위 매출세금계산서를 발행하였다고 보아 2004. 5. 28.경 위 회사를 조세범처벌법 위반 혐의로 수사기관에 고발하였다.

(나) 위 조사와 관련하여 세무공무원이 작성한 복명서에는 소외 회사의 매입∙매출세금계산서 흐름도, 매출대금관련 금융흐름도 등이 첨부되어 있는데, 이들 각 흐름도에 원고의 상호나 원고 관련자의 서명은 나타나지 않는다.

(2)(가) 피고 측의 원고에 대한 세무조사 과정에서, 원고의 대표이사 ○○○은, 원고의 실질 사주는 ○○○이고 자신은 명의상 대표이사로서 직책은 과장이며, 2002. 11. 경부터 소외 회사에 지금(地金)을 주문하고 온라인으로 대금을 지급한 다음 소외 회사가 '○○'라는 상호의 점포(이하 '○○'라 한다)로 금을 보내오면 이를 수령해 왔고, 금이 일시적으로 부족하면 ○○에서 빌린 것으로 알고 있다고 진술하였다.

(나) 피고는 2004. 7. 23,경, 원고가 지금의 판매 등을 가장하여 자금을 융통하였다며 여신전문금융업법 위반 혐의로, 또 같은 해 9. 13.경, 원고가 지금의 실물거래 없이 이 사건 세금계산서를 수취하여 부가가치세를 신고함으로써 부가가치세 110,802,000원을 포탈하였다며 조세범처벌법 위반 혐의로, 원고를 수사기관에 각 고발하였다.

(3)(가) 위 고발사건의 수사과정에서 원고의 대표이사 ○○○은, 원고의 실질 사주는 ○○○이고 자신은 명의상 대표이사에 불과하지만 원고는 소외 회사에 대금을 지급하고 실제로 금을 구입하였으며, 운송업체인 주식회사 ○○○(이하 ○○○'라 한다)가 소외 회사로부터 ○○시 ○○구 ○○동에 있는 '○○'로 금을 운송해오면 원고 직원이 가서 가져왔다고 진술하면서, 소외 회사와의 송금거래내역을 제출하였다.

(나) 위 수사과정에서 ○○를 운영하는 ○○○는, ○○와 원고 모두 소외 회사로부터 금을 가져오는데, 원고는 소외 회사로부터 ○○로 지금을 운반하는 ○○○를 이용해 금을 공급받았고 운송용은 소외 회사에서 부담하였으며, 이로써 ○○가 원고로부터 얻는 이익은 없다고 진술하였다.

(다) 또, 위 수사과정에서 ○○○ ○○사무소장 ○○○은, 소외 회사와 ○○○ 사이에서 체결된 운송계약에 따라 소외 회사로부터 ○○로 금을 운송하고 월정 운송요금 15만 원을 받기로 하였고, 비록 내용물이 무엇인지는 몰랐지만 실제 위 계약에 따른 운송을 하였다며 일요일과 공휴일을 제외한 거의 모든 일자에 물건을 운송한 내역이 기재된 운송기록을 제출하였다.

(라) 한편, 원고의 실질 사주 ○○○는 수사기관에서, 일부 모자라는 금을 ○○에서 빌렸다는 이야기를 ○○○으로부터 듣기는 하였으나 소외 회사로부터 금을 정상적으로 매입하고 그 대금을 지급하였다고 진술하였다.

(4) 소외 회사는 2004. 10. 11. 같은 회사가 2002. 11. 5.부터 2004. 3. 23.까지 사이에 106회에 걸쳐 원고에게 지금 84,282.87?을 공급하고 대금(부가치세 포함) 합계 1,221,044,937원을 온라인 무통장 입금 방식으로 지급받았는데, 원고가 소외 회사에 지금의 대금을 입금하면 다음날 도착하도록 '통상'(경호원이 있는 정기 귀금속 운송업체)편으로 ○○에 주문된 지금을 배송하였고, 원고가 ○○에 직접 가서 이를 수령하였다는 내용의 확인서를 작성하였다.

(5)(가) 원고의 경리사원 ○○○가 2004. 7. 2. 작성한 확인서(을6호증의 2)에는, ○○에 금을 주문할 때에는 원고 명의로 주문을 하고 그 대금을 소외 회사 계좌로 송금하였으며, ○○에 금을 주문하면 소외 회사에 전화로 ○○에 몇 돈을 주문했으니 세금계산서를 발행해 달라고 하였고, ○○는 소외 회사의 ○○지점으로 생각했다는 내용이 기재되어 있다.

(나) 원고 사업장 컴퓨터에 저장된 "금에 관한 모든 사항"이라는 문서(을6호증의 3)에는, 금이 부족하면 ○○로 전화해 금을 사고 대금은 ○○은행 피시뱅킹으로 송금한다는 내용이 기재되어 있다.

(6)(가) 소외 회사는 2002. 4. 25. ○○○와 귀금속 및 보석류를 ○○로 계약기간 1년(해지통보 없으면 1년 단위로 자동연장), 요금 월 15만 원에 운송해주기로 하는 내용의 계약을 체결하였다.

(나) 위 계약 체결 시 교부된 운송약관(을6호증의 4)에는, 운송위탁인이 운송인의 운송용구에 현금, 수표, 어음, 유가증권, 기타 오손품 또는 제품 상태가 아닌 금괴, 파라듐, 다이아몬드 등 고도의 현금등가성 귀금속을 넣어서는 안 되며, 넣었을 경우 이로 인한 민형사상의 어떠한 책임도 운송인에게 물을 수 없다고 기재되어 있다,

(7) 원고가 제출한 금상품수불장부(갑6호증의22)에는 2001. 6. 19.부터 2004. 3. 23.까지 사이 각 영업일의 금의 전일(前日) 재고량 및 매출 내역이 자세하게 기재되어 있다.

(8) ○○지방검찰청은 원고에 대해, 2004. 11. 30. 위 (2) 내지 (7)항 등의 자료에 근거하여 이 사건 세금계산서에 관련된 조세범처벌법 위반 혐의를 무혐의 처분하고, 2005. 5. 27. 여신전문금융업법 위반 혐의에 대해서도 무혐의 처분하였다.

라. 판단

(1) 위에서 살핀 사실관계를 종합하여 보건대, ○○세무서장이 이 사건 세금계산서상 공급자인 소외 회사를 조세처벌법 위반 혐의로 수사기관에 고발하긴 하였으나, 그 관련 자료 등에 원고나 원고 관련자의 성명이 나타나지 않을 뿐만 아니라 그와 같은 범법행위에 원고가 관련하였다고 볼 아무런 증거가 없는 점, 원고에 대한 수사과정 등에서 나온 관계자의 진술내용이나 확인서 등의 기재내용이 대체로 서로 부합하는데다가 이 사건 세금계산서와 관련한 조세범처벌법 위반 혐의에 대해 무혐의 처분된 점 등에 비추어 보면, 이 사건 세금계산서가 실질거래 없이 작성, 교부된 것이라고 단정하기 어렵고 달리 볼 만한 증거가 없다.

(2) 따라서 이와 달리 보아 나온 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.