2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 서울 은평구 ◎◎동 14 일대에 '☆☆☆☆' 신축사업(이하 '이 사건 사업'이라 한다)에 필요한 자금을 조달하기 위하여 2002. 9. 25. 군인공제회와 사업약정(이하 '이 사건 사업약정'이라 한다)을 체결하고, 군인공제회로부터 2002. 10. 17. 35,000,000,000원, 2002. 11. 11. 15,000,000,000원 합계 50,000,000,000원(이 하 '이 사건 차입금'이라 한다)을 차입하였다.

나. 원고는 이 사건 사업약정의 내용에 따라 군인공제회에게, ① 이자금 명목으로, 이 사건 차입금에 연 11%의 이자율을 적용하여, 2003. 6. 30. 3,759,589,000원, 2003. 12. 31. 2,193,972,000원, 2004. 6. 30. 1,109,041,000원 합계 7,062,602,000원을, ② 사업 이익 배분금 명목으로, 2005. 7. 15. 5,000,000,000원, 2005. 11. 1. 3,024,164,000원 합계 8,024,164,000원(이하 합계 8,024,164,000원을 '이 사건 지급금'이라 한다)을 지급하였다.

다. 피고는, 이 사건 지급금을 사업이익 배분금이 아니라 이 사건 차입금에 대한 차입기간(원고가 이 사건 차입금을 최초로 차입한 2002. 10. 17.부터 이 사건 차입금 원금 을 모두 상환한 2004. 6. 30.까지) 동안의 이자로 보고, ① 구 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것, 이하 '법'이라 한다) 제52조, 구 법인세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것, 이하 '법 시행령'이라 한다) 제88조 등의 부당행위계산의 부인 규정을 적용하여, 실제 이자율을 재계산(연 23.535.%)한 후, 2002 내지 2005사업연도 기간 동안의 가지급금 인정이자를 그 밖의 누락 수입금액과 함께 익금에 산입함과 동시에, 원고의 지배주주임원인 김○○에게 상여처분을 하고, ② 법 제28조 제1항 제4호 나목, 법 시행령 제53조에 따라 원고가 특수관계자에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금에 상당하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하여, 2007. 1. 2. 원고에게 2002사업연도 법인세 14,000,000원, 2003사업연도 법인세 1,009,563,870원, 2004사업연도 법인세 1,392,385,000원을 각 경정ㆍ고지하는 이 사건 부과처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1 내지 3, 갑 3호증, 갑 7호증의 2, 갑 9호증의 1, 을 1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 부과처분의적법여부

가.원고의주장

아래와 같은 이유에서 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다.

(1) 이 사건 지급금의 성격을 이자로 판단한 위법

① 이 사건 지급금은 이 사건 차입금 원금의 크기나 금전의 사용기간과 무관하게 사전에 약정된 금액인 점, ② 실제로 군인공제회는 계좌의 공동관리, 공사현장에 직원 파견, 공사현황 점검 등을 통하여 이 사건 사업의 공신력과 분양률을 제고하는 등 원고의 사업에 결정적인 도움을 준 사업파트너로서의 역할을 수행한 점, ③ 원고 및 군 인공제회와 시공사인 ★★건설 주식회사(이하 '★★건설'이라 한다)가 별도의 업무약정을 체결하여 ★★건설이 군인공제회의 참여 필요성을 충분히 이해한 후 자신이 분양수입금 중에서 지급받아야 할 공사비보다 이 사건 지급금이 먼저 지급되는 것에 동의하였던 점, ④ 이 사건 사업은 막대한 이익의 발생이 충분히 예상되었기 때문에 이 사건 지급금이 사업이익 배분금으로 지급된 것인 점, ⑤ 원고가 연 23.535%의 높은 이율로 이 사건 차입금을 차입할 다급한 이유가 없었고, 이 사건 차입금의 차입을 통하여 더 낮은 이율의 종전 차입금을 변제하여야 할 특별한 사정도 없었던 점, ⑥ 원고가 군인 공제회에게 이 사건 지급금의 지급을 담보할 만한 권리를 설정해주지 않은 점,⑦원고는 2004. 12. 31. 결산시 사업이익 분배금 2,157,437,996원을 대차대조표상 미지급비용으로, 손익계산서상 지급수수료로 각 계상한 점,@ 원고는 이 사건 사업약정에서 정한 기한을 도과하여 지급이 지체된 30억 원에 대해, 약정이자율인 연 11%가 아닌 연 6%의 이율을 적용하여, 군인공제회에게 이 사건 지급금을 지급하였던 점 등의 여러 사정을 종합하여 보면, 이 사건 지급금은 이자가 아니라, 이 사건 사업약정에 따른 사업 이익 배분금이다.

(2) 이자율계산의위법

설령 이 사건 지급금을 이자로 본다고 하더라도, 이 사건 차입금의 사용기간은 2002. 10. 17.부터 최종 이자 지급일인 2005. 11. 1.까지의 1,112일로 보아야 할 것이므로, 재계산한 이자율은 연 13.22%가 되어야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 이 사건 사업약정의 주요 내용은 아래와 같다.

(2) 원고는 앞서 본 바와 같이 군인공제회로부터 이 사건 차입금을 차입한 후, 아래 표 기재와 같이 군인공제회에게 원금 및 이자 등을 지급하였다.

(3) 원고는 군인공제회 및 시공사인 ★★건설과 사이에 이 사건 사업을 위한 업무약정(이하 '이 사건 업무약정'이라 한다)을 체결하였는데, 위 업무약정서 제7조 제2항에 의하면, 분양수입금은 준공 및 정산시 ① 제세공과금 및 신탁보수, ② 군인공제회의 대출 원리금 상환, ③ 군인공제회의 사업이익(80억 원), ④ 공사비(지연이자, 원금순), ⑤ 원고의 사업관리비, ⑥ 원고의 개발이익의 순서로 인출ㆍ충당되는 것으로 정하였다.

(5) 군인공제회는 군인 및 군무원에 대한 효율적인 공제제도를 확립함으로써 군인 및 군무원의 생활안정과 복지증진을 도모하고 국군의 전력향상에 이바지함을 목적으로 설립된 법인으로서(군인공제회법 제1조 참조), 군인공제회법 제14조 제2항은 군인공제회 가 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 범위 안에서 수익사업을 할 수 있다고 규정하고 있고, 군인공제회 정관 제26조 제1항 제4호, 제4항 각호에 의하면, 군인공제회가 기금 조성을 위하여 할 수 있는 사업의 종류로는 부동산의 취득ㆍ처분 및 임대(위 정관 제 26조 제4항 제9호), 전문건설업(같은 항 제16호, 2000. 1. 29. 신설), 여신전문금융업법에 의해 등록을 한 업무, 금융 및 운용리스 업무(같은 항 제19호, 2001. 12. 3. 신설), 부동산 개발업(같은 항 제24호, 2008. 12. 16. 신설) 등이다.

(6) 원고는 2001. 12. 31. 제8기말 현재 자본금은 10억 원이지만, 누적 결손금이 20억 원을 넘어 자본잠식 상태에 있었는데, 이 사건 사업의 시행을 위하여 ●●●●●●로부터 사업 초기자금으로써 70억 원(연 8%의 이율)을 대출하여 주고 500억 원 가량의 프로젝트 파이낸싱(PF) 대출을 알선해 주겠다는 제의를 받고 2001년경 ●●●●●●를 시공회사 겸 사업파트너로 선정하기로 약정하고 사업을 추진하고자 하였으나, PF 대출이 무산되자 2002년경 위 약정을 파기하였다.

(7) 이 사건 업무약정 당시 첨부된 이 사건 사업의 사업수지계획서(갑 10호증 참조)에 의하면, 이 사건 사업이 성공할 경우, 예상수입은 약 3,151.4억 원에 달하고, 예상되는 용지비, 공사비, 분양경비 등을 포함한 총 지출투자비는 약 2,829.5억 원(군인공제회에 지급할 이 사건 지급금을 포함)으로 예상되어, 예상수익은 321.9억 원 가량이었다. 실제로 원고는 ① 2002년도에 분양수입이 약 94.4억 원, 법인세비용 차감 전 순이익이 약 19.3억 원, 당기 순이익이 약 13.1억 원, ② 2003년도에 분양수입이 약 288.6억 원, 법인세비용 차감 전 순이익이 약 12.5억 원, 당기 순이익이 약 11.1억 원, ③ 2004년도에 분양수입이 약 1,014억 원, 법인세비용 차감 전 순이익이 약 115.7억 원, 당기 순이익이 약 84.3억 원, ④ 2005년도에 분양수입이 약 1,514.4억 원, 법인세비용 차감 전 순이익이 약 642.3억 원, 당기 순이익이 약 457.6억 원이었다.

(8) 군인공제회는 이 사건 사업약정에 따라, 사업비대출자금의 입금계좌의 인감을 원고와 군인공제회 공동으로 선고하고 계좌를 공동으로 관리하였고, 원고가 이 사건 사업을 위하여 군인공제회에게 소요 자금청구서를 송부하면, 군인공제회가 이를 검토하고 내부결재 및 승인을 거친 후 자금인출증에 군인공제회의 직인을 날인하여 자금이 인출되는 방식으로, 분양대금 입금 계좌를 공동으로 관리하였으며, 자금수지계획 중 일부 항목의 변경이 있을 경우 사전승인을 하기도 하였다.

(9) 군인공제회는 이 사건 사업의 공사현장에 일부 직원을 파견하기도 하였고, 원고로부터 이 사건 사업의 주간 공사현황 및 분양현황을 보고받기도 하였다.

(10) 이 원고는 이 사건 사업에 따른 분양모집을 하면서 '군인공제회 500억 원 프로젝트 파이낸싱 결정', '군인공제회가 자금지원 및 관리' 등의 문구를 넣은 일간지 전면광고를 실시하였고, 2002년부터 2005년까지 사이에 분양한 계약자 2,514명 중 군인은 998명으로 전체 수분양자의 40%에 달하였다.

(11) 원고는1999년부터2002년까지사이에금융기관등으로부터단기차입금및장기차입금을차입하였는데,그때의이자율은최저6.9%부터최고16% 정도에불과하였다.

(12) 원고는 2002. 11.경 대한토지신탁 주식회사와 사이에 이 사건 사업의 사업부지에 관하여 부동산관리처분신탁계약을 체결하면서 군인공제회를 제1순위 우선수익자, ★★건설을 제2순위 우선수익자로 정하였다. 군인공제회는 2002. 11.경 원고로부터 위 부동산관리처분신탁계약상의 수익권(수익권증서 제2002-052호, 수익자 원고)에 관하여 채권최고액 65,000,000,000원의 제1순위 근질권을 설정받고, 이에 대하여 대한토지신탁 주식회사로부터 동의를 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2 내지 4호증, 갑 5호증의 1 내지 5, 갑 6호증의 1 내지 4, 갑 7호증의 1, 2, 갑 8호증의 1 내지 3, 갑 9호증의 1, 2, 갑 10호증, 갑 11호증 의 1 내지 5, 갑 12호증의 1, 2, 갑 13호증, 갑 14호증의 1 내지 5, 갑 15호증의 1, 2, 갑 16호증, 을 4호증의 각 기재, 갑 17호증의 일부 기재, 증인 김○○의 일부 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 이 사건 지급금의 성격이 이자인지 여부

아래의 여러 사정을 종합하여 보면, 원고가 주장하는 여러 사정을 고려하더라도, 이 사건 지급금은, 그 실질이 사업이익 배분금이 아니라 이자라고 보고한, 피고의 이 사건 부과처분이 위법하다고 할 수 없고, 이와 다른 전제에선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 금전의 사용대가에 해당하는 이자는 반드시 비율적으로 정해져야만 하는 것이 아니어서 정액으로 이자약정을 하는 것도 얼마든지 가능하고, 세법상 명목이 어떠한지를 불문하고 그 실질이 금전의 사용에 따른 대가의 성격이 있는 것이면 '이자'로 봄이 상당하며(법 시행령 제19조 제7호, 소득세법 제16조 제1항 제13호 참조), 이자에 대한 담보제공 여부에 따라 그 성격이 달라진다고 볼 수는 없다.

② 군인공제회가 영위할 수 있는 수익사업 및 기금조성 목적사업의 범위, 이 사건 사업약정 및 업무약정의 체결 경위 및 내용 등에 비추어 볼 때, 군인공제회가 원고와 이 사건 사업약정을 체결하고 이 사건 사업에 관여하는 행위는, 군인공제회법 제14조 제2항에서 정한 수익사업 중 군인공제회 정관 제26 제1항 제4항 제19호의 금융업무에 해당한다고 봄이 상당하다(이 사건 사업내용에 비추어 군인공제회가 한 행위를 두고, 이를 부동산의 취득ㆍ처분 및 임대에 해당한다거나, 전문건설업을 영위한 것으로 보기는 어렵고, 한편 전문건설업군인공제회가 수익사업으로서 기금조성을 위하여 할 수 있는 사업의 종류 중 부동산 개발업은 2008. 12. 16.에야 정관에 그 근거규정이 마련되었다).

③ 군인공제회가 이 사건 사업에 관여한 일련의 행위들(계좌의 공동관리, 공사현장에 직원 파견, 공사현황 보고 등)은, 원고가 직접 수행하는 이 사건 사업의 공동사업자 내지는 사업파트너로서의 역할을 수행한 것이라기보다는, 이 사건 사업의 성패 여하에 따라 이 사건 차입금의 원리금 및 이 사건 지급금의 회수 여부가 결정되는 이 사건 사업약정의 특성에서 기인한 것으로 보인다.

④ 이 사건 지급금은 투자사업의 원가인 공사비보다도 먼저 인출ㆍ충당될 수 있는 것이어서, 이 사건 지급금의 지급은 이 사건 사업의 성패에 따른 위험이 인수된 상태에서의 사업이익의 배분이라기보다는, 종국적인 사업이익 발생 여부와 무관하게 이루어진 것으로 보인다.

⑤ 원고는 스스로 이 사건 지급금에 관하여 이자소득으로 보아 원천징수세액을 신고하였다.

⑥ 원고는 이 사건 사업을 시작할 무렵 자본잠식 상태에 있었고, 이 사건 사업을 위한 PF자금의 조달이 쉽지 않았던 것으로 보이며, 이에 따라 고율의 이자를 주고서라도 사업 초기자금으로서 상당한 액수인 500억 원을 투자해 줄 수 있는 군인공제회로부터의 자금 차입이 절실한 상황에 있었던 것으로 보인다.

⑦ 부당행위계산의 부인에 따른 효과는 과세소득계산상의 범위 내에서만 변동을 초래할 뿐, 당사자 간에 약정한 법률행위의 효과를 부인하거나 새로운 법률행위의 창설이나 기존 법률행위의 변경, 소멸을 가져오지는 않으므로, 부당행위계산부인의 대상이 되는 행위ㆍ계산은 사법상으로는 적법ㆍ유효한 것으로서, 이를 부인하는 것은 조세회피행위를 방지하여 조세의 공평을 실현하고자 하는 것에 불과하다.

(2) 이자율계산의위법여부

① 법 시행령 제89조 제3항 제1호는 부당행위계산의 시가의 범위를 정함에 있어서, 당좌대월이자율보다 높은 당해 이자율을 시가로 적용할 수 있는 기준으로서 '그 차입금에 상당하는 금액'을 규정하고 있어, 차입금의 이자가 아닌 차입금의 원금의 존속기간을 기준으로 시가를 산정하고 있는 점, ② 민법 제600조의 반대해석상, 이자계산의 종기는 차주가 대주에게 원금을 반환한 때로 봄이 상당한 점 등을 고려하면, 이 사건 차입금의 차입기간을 차입일로부터 원금상환일까지로 보고 한 피고의 이 사건 부과처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

피고의 이 사건 부과처분은 적법하고, 원고의 청구는 이유 없어 이를 받아들이지 않는다.