법인세법시행령 제12조합병평가차익 등의 계산

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고 회사는 1993. 5. 29. 건축설계, 감리업 등을 목적으로 설립된 비상장법인으로서, 1998. 6. 24. 주주인 ○○○으로부터 그가 소유한 원고 발행의 주식 11,250주를 매매대금 268,750,000원(1주당 23,885원으로 계산)과 특별퇴직금 105,500,000원을 지급하고 매수하였다.

나. 피고는, 원고가 위와 같이 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제46조 제1항 제1호의 규정에 의한 특수관계자에 해당되는 ○○○으로부터 이 사건 주식을 저가로 취득한 것으로 보아 구 상속세 및 증여세법(1998. 12. 28. 법률 제5582호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.) 제63조 제1항 제1호 다.목 및 같은 법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15971호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 상속세및증여세법 시행령'이라 한다.) 제54조 제1항 등이 규정한 보충적 평가방법에 따라 평가한 주식 1주당 가액 111,898원과의 차액 990,112,500원[(111,898원 - 23,888원) X 11,250주]을 익금에 산입하여, 2004. 3. 27. 원고에게 1998년 귀속 법인세 476,271,870원을 부과하였다.

다. 원고는 이 사건 부과처분에 대한 국세심판을 청구하여 2004. 12. 23. 국세심판원으로부터 원고가 ○○○에게 지급한 특별퇴직금 105,000,000도 주식매입가액에 포함하여 과세표준과 세액을 산정하라는 일부인용재결을 받았고, 이에 따라 피고는 2005. 1. 3. 이 사건 부과처분을 425,502,873원으로 감액경정하였다.(2004. 3. 27. 부과처분 중 감액경정된 425,502,873원의 부과처분을 이 사건 부과처분이라 한다.)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 을 제1, 2호증, 을 제3호증의 1 내지 12, 을 제4호증의 1 내지 12의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 당사자 주장

피고가 관계법령 및 위 처분사유를 들어 이 사건 부과처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같은 사유를 들어 위 처분이 위법하다고 주장한다.

(1) 원고가 이 사건 주식을 취득한 목적은 동업관계에서 이탈한 ○○○에 대한 출자지분환급에 갈음하여 위 주식을 매수한 후 이를 소각하기 위한 것으로 이는 자본거래에 해당하여 법인세의 과세대상에 해당하지 아니한다.

(2) ○○○은 이 사건 주식을 매도할 당시 원고의 형식상 주주였을 뿐 실질적으로는 주주권을 행사하였다고 볼 수 없어 구 법인세법 시행령 제46조 제1항 제1호에서 규정한 특수관계자인 '출자자'에 해당하지 아니한다.

(3) 이 사건 주식을 취득한 행위가 과세대상이 된다 하더라도 원고와 ○○○ 사이에 협의한 1주당 가격 23,888원(특별퇴직금을 포함시 33,222원)은 주식의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 시가로 보아야 하고, 가사 원고와 ○○○ 사이에서 정한 이 사건 주식의 가액을 시가로 볼 수 없다 하더라도 법원감정결과상의 1주당 가액 38,657원(회사청산시 청산가격 기준) 또는 45,812원(순자산가액 기준)을 위 주식의 거래일인 1998. 6. 24. 당시의 정당한 시가로 보아 종합소득세의 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다.

나. 관계법령

구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정 되기 전의 것)

제9조 (각 사업연도 소득) ① 내국법인의 각사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "익금"이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.

구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정 되기 전의 것)

제12조 (수익과 손비의 정의) ① 법 제9조 제2항에서 "수익"이라 함은 법 및 이 영에서 규정하는 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.

10. 제46조 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 개인으로부터 유가증권을 시가에 미달하는 가액으로 매입하는 경우 당해 매입가액과 시가와의 차액

제46조 (법인의 부당한 행위 또는 계산) ① 법 제20조에서 "특수관계 있는 자"라 함은 다음 각호의 관계에 있는 자를 말한다.

1. 출자자(소액주주를 제와한다. 이하 같다)와 그 친족

다. 판단

먼저 원고가 ○○○으로부터 이 사건 주식을 취득한 행위가 구 법인세법령상 법인세의 부과대상에 해당하는지 여부에 관하여 살펴본다.

(1) 일반적으로 자기주식의 취득과 처분도 순자산을 증감시키는 거래인 경우에는 과세처분의 대상이 되는 손익거래에 해당하나, 다만 자본감소절차의 일환으로 자기주식을 취득하여 소각하는 것은 자본의 증감에 관련된 거래로서 자본거래로 볼 것이고 과세처분의 대산이 되는 자산의 손익거래로 볼 것이 아니다(대법원 1992. 9. 22. 선고 91누13571 판결 등 참조).

(2) 갑 제3, 5호증의 각 1, 2, 을 제6호증의 각 기재와 증인 ○○○, □□□의 각 증언 및 변론 전체의 취지를 모아보면, ○○○은 건축사인 △△△, XXX, □□□ 등과 함께 건축사 사무소 및 감리전문회사를 동업체로 운영하기로 하여 1993. 5. 29. 원고 회사를 설립하면서 △△△과 함께 공동대표이사가 된 사실, ○○○은 1996. 12.말경 △△△ 등의 동업자들과 회사경영 등에서 갈등을 겪다가 원고의 기존 직원 △○□ 등 23명과 함께 퇴사하여 원고와 동일한 업종을 영위하는 주식회사 ○○건축을 설립하여 대표이사가 된 사실, ○○○은 퇴사하면서 동업관계에서 탈퇴하였고, 이 사건 주식을 제3자 등에게 처분하려 노력하였으나 원고가 비상장회사로서 건축사 등에 의한 동업형식으로 운영되고 있는 사정 등으로 이를 마땅히 처분할 곳이 없어 부득이하게 원고에게 위 주식의 매수를 요청한 사실, 원고의 이사회가 1998. 3. 18. ○○○으로부터 위 주식을 매수하기로 의결함에 따라 원고와 ○○○은 수 차례 위 주식에 대한 매매가액결정을 협의한 결과 1998. 6. 24. ○○○이 원고 설립 당시 출자한 112,500,000원의 약 2.5배를 매매대금으로 정하기로 하여 위 주식의 1주당 가액을 23,888원으로 계산한 매매대금 268,750,000원과 특별퇴직금 명목으로 105,000,000원을 지급하고 위 주식을 매수한 사실, 원고의 이사회는 같은 달 25. ○○○으로부터 매수한 위 주식을 소각하되 주식소각의 방법과 시기에 관하여는 원고의 사업면허·등록상 필요한 자본금을 고려하여 원고의 대표이사에게 일임하기로 결의한 사실, 원고는 위 주식매수 당시 종합감리업, 안전진단업, 전기설계감리업에 관한 면허를 받거나 업체등록을 마치기 위하여 필요한 자본금 합계 700,000,000원(총 발행주식 70,000주 X 1주당 액면가액 10,000원)을 보유하여 종합감리업 등을 목적사업으로 영위하였는데, 2001. 1. 3. 이 사건 주식을 제외한 나머지 주식에 대한 유상증자를 실시하여 자본금이 1,112,500,000원(총 발행주식 111,250주 X 1주당 액면가액 10,000원)으로 증가한 후 같은 해 3. 경 목적사업에 시설물유지관리업을 추가한 사실, 원고는 이 사건 주식을 곧바로 소각할 경우 목적사업인 종합감리업 등의 사업면허를 받거나 업체등록을 마치기 위해 필요한 자본금 구비요건을 충족하지 못하여 면허·등록이 취소될 우려가 있어 경영상태가 개선되어 목적사업을 영위하기에 충분한 주식을 증자하여 자본금 구비요건을 충족할 수 있을 때까지 이 사건 주식을 소각하지 아니한 채 보유하고 있는 사실을 인정할 수 있다.

(3) 위 인정사실에 의하건대, 원고의 대표이사 △△△, ○○○ 등의 건축사 등이 자신들의 지분별로 일정금액을 투자하여 동업체로 운영하기 위하여 주식회사 형태로 원고 회사를 설립하였다가 ○○○이 원고 회사를 퇴사하여 실질적으로 동업관계에서 탈퇴함에 따라 그가 출자한 투자금의 반환에 갈음하여 원고가 이 사건 주식을 매수한 점, ○○○은 원고와 경합관계로서 위 주식을 원고에게 저가로 양도할 만한 사정이 없었고 매매대금 결정과정에 비추어 위 주식의 매매대금이 객관적인 교환가치를 어느 정도 반영한 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 비록 위 주식을 원고 회사의 내부적 사정에 따라 소각하지 못하고 있다고 하더라도 원고가 ○○○으로부터 이 사건 주식을 취득한 행위는 과세처분의 대상이 되는 자산의 손익거래가 아니라 자본감소절차의 일환으로 소각하기 위하여 자기주식을 취득한 것으로 자본의 증감에 관련된 자본거래로 봄이 상당하다.

(4) 따라서 피고가 원고의 이 사건 주식의 취득행위를 과세처분의 대상이 되는 자산의 손익거래로 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하다.

3. 결론

그러므로 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용한다.