가. 원고는 미국의 Twentieth Century Fox International Corporation(이하 ‘FOX’라고 한다)이 대한민국 내 영화의 수입 및 국내 배급 사업을 목적으로 설립한 회사이다.

나. 원고는 2002. 10. 1. TCF Hungary Film Rights Exploitation LLC(이하 ‘TCF’라고 한다)와 사이에 대한민국 내 영화배급 활동과 관련한 라이센스 계약(License Agreement, 이하 ‘이 사건 종전계약’이라고 한다)을 체결하였는데, 이 사건 종전계약에 따르면 라이센시(Licensee)인 원고는 라이센서(Licensor)인 TCF에게 아래와 같은 방식으로 산정되는 로열티를 지급할 의무가 있다.

로열티 = 원고의 총 매출액 - 배급수수료 - 직배비용(각 항목의 구체적인 내용은 뒤에서 본다)

다. 원고는 2008. 7. 1. TCF와 사이에 이 사건 종전계약을 수정한 라이센스 계약(이하 ‘이 사건 수정계약’이라고 한다)을 체결하였는데, 이 사건 수정계약에 따르면 라이센시인 원고는 라이센서인 TCF에게 아래와 같은 방식으로 산정되는 로열티를 지급할 의무가 있다.

로열티 = 원고의 총 매출액 - 총 매출액의 일정비율에 해당하는 금액 - 직배비용 - 원고의 영업이익율을 고려한 조정 금액(각 항목의 구체적인 내용은 뒤에서 본다)

라. 원고는 2005. 5. 20.부터 2008. 9. 29.까지 TCF로부터 영화용 필름(수입신고번호 41309-05-2100742호 외 68건, 이하 ‘이 사건 물품’이라고 한다)을 수입하면서, 통관지세관장인 피고에게 잠정가격으로 로열티를 신고하여 부가가치세를 납부한 다음, 원고의 총 매출액과 지불하여야 할 로열티가 확정된 후 TCF에게 이 사건 종전계약 및 수정계약에 따른 로열티를 송금하고 확정가격을 신고하여 부가가치세를 정산하였다.

마. 피고는 2010.경 원고에 대한 사후심사를 실시하여 원고가 지출한 광고선전비를...