2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 7. 1. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 양도소득세 000,000,000원의 부과처분 및 2012년 귀속 지방소득세 00,000,000원의 부과처분을 각 취소한다.

가. 원고는 OO종에 소속된 사찰로서, 1978. 12. 28. 취득한 서울 00구 00동 7-26 대지 1,149.7㎡의 1/2 지분 및 그 지상 종교시설(이하 이 사건 부동산)을 2012. 5. 21. 공공용지의 협의취득을 원인으로 서울특별시에 0,000,000,000원에 양도하고, 양도소득세를 신고하지 않았다.

나. 피고는 2014. 7. 7. 원고에게 2012년 귀속 양도소득세 000,000,000원을 부과하는 처분(이하 이 사건 처분)을 하고, 같은 날 2012년 귀속 지방소득세 00,000,000원을 고하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2015. 1. 8. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 3, 을 1

2. 이 사건 소 중 지방소득세 부과처분 취소청구 부분의 적법 여부

직권으로 살피건대, 거주자의 양도소득에 대한 지방소득세는 납세지 관할 시장・군수・구청장에게 신고・납부하여야 하며, 거주자의 양도소득에 대한 지방소득세의 경정 또한 납세지 관할 시장・군수・구청장이 하는 것이므로, 세무서장이 국세기본법 또는 소득세법에 의한 경정・결정 등에 따라 부과고지방법에 의하여 소득세를 징수하는 경우, 그 지방소득세를 함께 부과・고지하더라도 이는 해당 시장・군수・구청장이 부과・고지한 것으로 보므로, 그 부과처분의 취소를 구하는 항고소송의 피고는 소득세 납세지를 관할하는 해당 시장・군수・구청장이 되어야 한다(대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두11459 판결 참조). 따라서 이 사건 소 중 지방소득세 42,462,870원의 부과처분의 취소를 구하는 부분은 피고 적격이 없는 자를 상대로 한 것이어서 부적법하다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 법인격 없는 단체로서 구 불교재산관리법(1987. 11. 28. 법률 제3974호로 폐지, 이하 같다.)에 의하여 문교부에 등록하였으므로, 국세기본법 제13조 제1항 제1호에서 규정하는 '법령에 따라 주무관청에 등록한 단체'에 해당한다. 따라서 원고의 이 사건 부동산 양도에 대하여 법인세를 적용하지 아니하고 소득세법을 적용하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

1) 국세기본법 제13조 제1항 제1호는 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니하였으나 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 본다고 규정하고 있고, 법인세법 제1조 제2호 다목에 따르면 이 경우 해당 단체를 비영리내국법인으로 보아 법인세법을 적용하도록 하고 있다.

그런데 을 2, 5호증에 이 법원의 서울특별시에 대한 사실조회결과에 의하면 원고가 1979. 5. 1. 구 불교재산관리법에 따라 당시 관할청인 문교부장관로부터 위임을 받은 서울특별시장에게 불교단체로 등록을 하였으나, 불교재산관리법이 폐지되며 제정된 전통사찰보존법(현재 명칭은 '전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률')에 따른 등록을 하지는 않은 사실을 인정할 수 있는바, 원고가 위 국세기본법과 법인세법의 조항의 적용을 받는지 여부가 문제된다.

2) 구 불교재산관리법 제6조는 불교단체는 문교부에 등록하여야 한다고 규정하고 있었는데, 1987. 11. 28. 불교단체에 대한 불필요한 간섭을 배제하고 민족문화의 유산으로서 역사적 의의를 가진 전통사찰을 중점적으로 보존・관리함으로써 민족문화의 향상에 이바지하기 위한 목적으로 전통사찰보존법이 제정되면서 그 부칙 제2조는 '불교재산관리법을 폐지하고, 다만 폐지 전의 행위에 대한 벌칙의 적용에 있어서는 종전의 규정에 의한다'고 규정하였고, 제3조는 경과조치로서 '이 법(전통사찰보존법) 시행전에 종전의 불교재산관리법 제6조의 규정에 의하여 등록한 사찰로서 본칙 제3조의 규정에 해당하는 사찰인 경우에는 이 법에 의하여 등록한 것으로 본다. 이 경우 등록증은 이 법 시행일로부터 2월 이내에 다시 발급받아야 한다'고 규정하였다. 한편 위 본칙 제3조의 규정에 해당하는 사찰이란 '역사적 의의를 가진 사찰로서 대통령령이 정하는 사찰'을 의미하고, 그 위임을 받은 구 전통사찰보존법 시행령(1988. 5. 28. 대통령령 제12457호로 제정된 것) 제4조 제1항은 문화적 가치로 보아 전통적 의미를 가지는 사찰 중 '문화공보부장관이 정하는 사찰'이라고 규정하고 있다.

3) 위 증거들 및 인정사실에서 나타나는 다음 사정들, 즉 ① 국세기본법 제13조 제1항 제1호에서 규정하는 '법령에 따라 주무관청에 등록한 사단'에서의 법령은 현재의 유효한 법령을 의미한다고 할 것인데, 원고는 이미 폐지된 불교재산관리법상 등록하였을 뿐 이 사건 처분 당시 유효한 법령인 전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률상의 등록을 하지는 않았고, 문화공보부장관으로부터 전통사찰로 지정되지도 않은 점, ② 전통사찰보존법의 입법취지가 '불교단체에 대한 불필요한 간섭을 배제하고 민족문화의 유산으로서 역사적 의의를 가진 전통사찰을 중점적으로 보존・관리함으로써 민족문화의 향상에 이바지'하기 위한 것이고 위 법률이 제정되면서 구 불교재산관리법은 폐지된 점, ③ 전통사찰보존법은 그 부칙에서 경과규정을 두면서 벌칙 적용에 있어서만 종전의 불교재산관리법에 따르도록 하고(제2조), 등록에 있어서는 전통사찰의 요건을 충족시키는 경우에 한하여 전통사찰보존법상의 등록을 한 것으로 본다는 규정(제3조)을 둔 점 등을 종합하면, 원고가 종전에 불교재산관리법에 의하여 등록하였다 하더라도 이 사건 처분일 현재 전통사찰로 지정되어 있지 않은 이상 '법령에 따라 주무관청에 등록'하였다고 볼 수 없다고 해석함이 상당하다.

4. 결 론

그렇다면 이 사건 소 중 지방소득세 부과처분 취소청구 부분은 부적법하므로 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.