처분청은 청구인이 1992.6.5.ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 토지 13,223.1㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득한 후, 그 지상에 1994.5.12. 건축물 15,052.12㎡(이하 “이건 건축물”이라 한다)를 신축 취득·등기(1994.7.9. 소유권 보존등기)하였으므로 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조의4제1항제9호 및 구지방세법(1993.12.27. 법률 제4611호로 개정되기 전의 것) 제128조의3제1항의 규정에 의거 취득세 및 등록세액의 100분의 50을 감면하였으나, 이건 건축물 연면적 15,052.12㎡(토지 13,223.1㎡)중 조합원에게 11,504,298㎡(토지 10,106.392㎡)를, 비조합원에게 1,961.88㎡(토지 1,723.48㎡)를 분양하고, 358.14㎡(토지 314.858㎡)는 청구인이 직접 사용하고, 나머지 1,227.532㎡(토지 1,078.37㎡)는 임대 또는 사용하지 않고 있으므로 그중 비조합원에게 분양한 건축물 및 그 부속토지에 대해서는 법인의 비업무용토지 및 대도시내 법인설립에 따른 부동산 등기로 보아 감면(50%)한 세액을 포함하여 취득세 및 등록세 등(107,073,710원)을 1995.1.25. 이미 부과 징수하였고, 이건 건축물중 조합원 분양분과 임대 또는 미사용분의 건축물 12,731.83㎡(이하 “이건 쟁점 건축물”이라 한다) 및 그 부속토지 11,184.762㎡(이하 “이건 쟁점 토지”라 한다)를 고유업무에 직접 사용하지 아니한 법인의 비업무용토지 및 대도시내 부동산 등기로 보아 그 취득가액 10,947,738,991원(건물 5,566,101,573원, 토지 5,381,637,418원)에 구 지방세법 제112조제2항 및 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 943,154,710원, 등록세 1,292,077,180원, 교육세 236,712,790원, 합계 2,471,944,680원(가산세 포함)을 1997.7.10. 추가로 부과 고지하였으나, 청구인이 이에 불복하여 이의신청을 제기함에 따라 이의신청 결정기관인 인천광역시장은 관계법령에 의하여 취득세 및 등록세가 감면되었다가 추징대상이 된 경우와 부동산 등기 이후 등록세 중과세 요건이 충족되어 중과세 되는 경우의 신고납부 의무 규정이 1995.1.1.부터 시행되었으므로 그 부분에 대한 가산세 부과는 잘못되었다고 판단하여 취득세 921,885,550원(가산세 포함), 등록세 1,075,050,440원, 교육세 215,010,130원, 합계 2,211,946,120원(가산세 포함)으로 1997.9.22. 경정 결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 ㅇㅇ시내에 산재하고 있는 영세상인들이 현대적인 유통상가를 조성하여 지역경제 활성화를 도모하고자 1992.4.8. ㅇㅇ협동조합법에 의하여 설립된 법인(이하 “조합”이라 한다)으로서 1992.6.5. 이건 토지를 취득한 후 1993.6.26. 이건 건축물 신축공사를 착공하여 1994.5.12. 완공하였고, 1994.6.28. 도·소매진흥법에 의한 시장개설 허가를 받아 조합원들에게 분양 또는 임대하여 공구상가로 운영하고 있는 바, 이건 토지 및 건축물의 일부를 조합원에게 분양한 것은 취득 비용을 분담한 조합원의 재산으로서 당연하다 할 것이며, ㅇㅇ협동조합법과 정관에서 정한 업무를 현실적으로 수행하고 있으므로 이건 쟁점 토지 및 건축물은 고유업무에 직접 사용하는 것인데도 직접 사용하지 않는다고 보아 감면한 취득세 등을 추징 고지한 처분은 부당하다 할 것이며, 또한 지방세법시행령 제84조의4제4항제11호에서 조합이 사업용으로 취득한 토지는 2년간 법인의 비업무용토지로 보지 아니한다고 규정하고 있는 바와 같이 2년 이내에 착공을 하였으므로 취득세 중과대상에서 제외되어야 할 것이고, 도·소매진흥법에 의하여 개설 허가를 받은 도·소매업은 대도시내 부동산 등기에 대한 등록세 중과세 대상에서 제외하고 있는데도 이건 쟁점 건축물 및 토지를 대도시내 부동산 등기로 보아 등록세 등을 중과세한 처분 또한 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 ㅇㅇ협동조합법의 규정에 의거 설립된 조합이 사업용으로 취득한 부동산에 대하여 도·소매진흥법에 의한 시장개설 허가를 받고 조합원 및 비조합원에게 분양·임대한 경우 고유업무에 직접 사용하지 아니한 법인의 비업무용토지 및 대도시내 부동산 등기로 보아 취득세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

구지방세법 제110조의4제1항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 취득하는 경우를 제외한다)에 대하여는 제112조제1항의 세율에 의하여 산출한 세액의 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 취득한 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다”라고 규정하고, 그 제9호에서 “ㅇㅇ협동조합법에 의하여 설립된 협동조합, 사업협동조합...”이라고 규정하고 있으며, 구 지방세법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는...법인의 비업무용토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 구지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년(...)이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “제1항에서 ‘법인의 고유업무’라 함은 다음 각호의 업무를 말한다”라고 규정하고, 그 제1호에서 “법령에서 개별적으로 규정한 업무”, 제2호에서 “법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무”, 제3호에서 “행정관청으로부터 인·허가를 받은 업무”라고 규정하고 있으며, 같은조 제4항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 토지는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 보지 아니한다”라고 규정하고, 그 제11호에서 “...ㅇㅇ협동조합의 규정에 의하여 설립된 조합(...)이 사업용으로 취득한 후 2년이 경과되지 아니한 토지”라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제128조의3제1항에서 “제110조의4제1항 각호의 법인의 부동산에 관한 등기...에 관하여는 제131조의 세율에 의하여 산출한 세액의 100분의 50을 경감한다. 다만, 등기...일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 경감된 등록세를 추징한다”라고 규정하고, 같은법 제138조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 5배로 한다. 다만, 대통령령이 정하는 업종...에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니하다”라고 한 다음, 그 제3호에서 “대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치...이후의 부동산 등기”라고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행령 제101조제1항에서 “법 제138조제1항 단서의 규정에서 『대통령령으로 정하는 업종』이라 함은 다음 각호와 같다”라고 규정한 다음, 그 제8호에서 “도·소매진흥법의 규정에 의한 도·소매업”이라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “제1항제1호 내지 제13호에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우와 다른 업종을 겸용하는 경우의 그 겸용부분에 대하여는 법 제138조제1항 본문의 규정을 적용한다”라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면

처분청은 청구인이 이건 토지를 취득하여 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 기 감면했던 취득세 등을 추징함과 동시 이건 건축물을 신축하여 그 일부를 조합원 및 비조합원에게 분양 또는 임대하였으므로 이건 쟁점 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 이건 쟁점 토지 및 쟁점 건축물의등기를 대도시내에서의 법인 설립에 따른 부동산 등기로 보아 등록세 등을 중과세한 사실과 청구인이 이의신청을 제기하자 이의신청 결정기관인 인천광역시장은 감면(50%)된 취득세 및 등록세 등의 추징분과 대도시내 부동산 등기에 따른 등록세 등 중과세 부분에 대한 가산세 부과는 잘못되었다고 판단하여 취득세 등을 경정 결정한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 ㅇㅇ협동조합법에 의하여 설립된 사업협동조합으로서 사업용 부동산을 취득하여 공구상가 단지를 조성한 후 도·소매진흥법에 의한 시장개설 허가를 받아 이건 건축물 일부를 조합원들에게 분양 또는 임대하여 상가를 현실적으로 운영하고 있는 것은 청구인의 고유업무에 직접 사용하는 것인데도 이건 쟁점 건축물 및 쟁점 토지를 고유업무에 직접 사용하지 아니한다고 보아 감면된 취득세 등을 추징함과 동시 취득세 및 등록세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

살피건대, 구지방세법 제110조의4제1항제9호 및 구지방세법제128조의3&public_ilja=&public_no=&dem_no=1997-0592&dem_ilja=19971101&chk2=1" target="_blank">구같은법 제128조의3제1항, 구 지방세법 제112조제2항 및 구지방세법시행령제84조의4&public_ilja=&public_no=&dem_no=1997-0592&dem_ilja=19971101&chk2=1" target="_blank">구같은법시행령 제84조의4제1항·제4항, 지방세법 제138조제1항 및 구같은법시행령 제101조제1항·제2항의 규정을 종합해 보면, ㅇㅇ협동조합법에 의하여 설립된 사업협동조합 등이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득·등기한 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세액의 50%를 감면하며 1년 이내에 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우는 감면한 취득세 및 등록세를 추징하도록 규정하고, 사업협동조합법인이 토지를 취득한 후 2년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우는 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고, 대도시내(인천광역시)내에서 법인설립에 따른 부동산 등기중 도·소매진흥법의 규정에 의한 도·소매업을 영위하는 경우는 등록세 중과세 대상에서 제외하되 등기일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우는 그러하지 아니하다고 규정하고 있으므로, 청구인의 경우 1992.4.8. ㅇㅇ협동조합법에 의하여 조합(인천송림공구판매사업 협동조합) 설립등기를 하고1992.6.5. 이건 토지를 취득한 후 1993.6.26.건축공사를 착공하여 1994.5.12. 이건 건축물을 신축 취득하였고 1994.7.9. 소유권 보존등기를 한 후 이건 쟁점 건축물중 11,504.298㎡를 조합원들에게 분양하고, 나머지 1,227.532㎡는 임대 또는 사용하지 않고 있는 사실이 처분청 세무담당공무원의 출장 복명서(1994.5.31.과 1997.5.7.)에서 확인되고 있는 바, 이건 토지 취득일(1992.6.5.)로부터 1년이 경과한 1993.6.26. 건축공사를 착공하였으므로 이건 쟁점토지에 대하여 감면한 취득세(50%)의 추징 요건이 성립되었다 할 것이고, 2년 이내에 착공하여 정상적으로 이건 건축물을 건축한 후 상가단지를 조성하였으나 그 일부를 분양 또는 임대하였으므로 분양 또는 임대하여 사용하는 것도 고유업무에 사용하는 것으로 볼 수 있는지를 살펴보아야 할 것인 바, 청구인은 ㅇㅇ의 건전한 발전과 조합원 상호간의 복리증진을 기하여 협동화 사업을 수행함으로써 자주적인 경제활동을 조장하여 조합원의 경제적 지위향상과 국민경제의 균형있는 발전을 도모할 목적으로 ㅇㅇ협동조합법에 의하여 설립된 법인이고, ㅇㅇ 협동조합법 제31조제1항에서 사업의 범위를 생산, 가공, 수주, 판매, 구매, 보관, 운송, 기타 서비스업 등 공동사업과 단지 및 공동시설의 조성과 관리운영, 조합원에 대한 복리후생 등 기타 부대사업을 행할 수 있도록 규정하고 있는 바와 같이 공동사업 단지를 조성하여 분양할 수 있는데 대하여는 명확히 구분하여 규정하고 있지는 않고 있으나, 청구인의 설립목적 및 관계법령에서 정하고 있는 사업내용의 전반적인 취지로 볼 때, ㅇㅇ시내에 산재되어 있는 영세의 공구판매업자들이 모여 조합을 구성하고 조합원 각자가 비용을 분담하여 공구상가단지를 조성하고 상가건물을 신축 취득한 후 취득비용을 분담한 조합원들에게 분양한 것은 그 재산을 원시 취득한 자에게 귀속시킨 것에 불과하여 이윤을 목적으로 하는 일반분양과는 그 성격이 다르다 할 것이고, 나아가 조합원의 복리증진과 경제적 지위향상에 기여하는 고유목적에도 부합된다 하겠으므로, 이건 쟁점 건축물중 임대 또는 사용하지 않고 있는 건축물 1,227.532㎡(토지 1,078.37㎡)는 고유업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다 할 것이나, 조합원에게 분양하여 조합원이 사용하고 있는 건축물(11,504.298㎡) 및 그 부속토지(10,106.392㎡)는 청구인의 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보아야 할 것이므로 법인의 비업무용토지에서 제외하여야 함은 물론, 대도시내 법인설립에 따른 부동산 등기의 등록세 중과대상에서도 제외하여야 할 것인 바, 처분청에서 이건 취득세 등을 부과 고지하면서 조합원에게 분양하여 조합원이 사용하고 있는 건축물 및 토지부분까지 포함하여 법인의 비업무용토지 및 대도시내 법인설립에 따른 부동산 등기로 보아 취득세 및 등록세를 중과세하고 감면(50%)한 등록세 등을 추징 고지한 처분은 일부 잘못이 있다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 일부 있다고 인정되므로지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1997. 12. 24.

내 무 부 장 관