청구법인은 가정용 전기제품을 생산하는 법인으로 청구법인이 투자한 OOOOOO(주)(이하 “쟁점법인”이라 한다)가 1998.5.18 재정경제부장관으로부터 종합금융회사 인가 취소를 받아 영업정지로 사업이 사실상 폐지되고 누적결손을 감안할 때 주주에게 배당할 잔여재산이 전무한 것이 명백하게되자 위 OOOOOO(주)가 발행한 주식 121,291주의 장부가액 863,895,719원(이하 “쟁점주식”이라 한다)에서 1,000원을 제외한 864,894,719원을 대손금으로 손금산입하여 1997.9.1～1998.8.31 사업연도 법인세과세표준 및 세액을 신고·납부하였다.

처분청은 청구법인이 손금에 산입한 쟁점주식관련 대손금 863,894,719원 및 OOOOOO(주)의 무상주 취득가액 96,419,750원 등을 손금불산입하여 1999.7.2 청구법인에게 1997.9.1～1998.8.31 사업연도 법인세 327,870,582원을 결정·고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1999.9.17 심사청구를 거쳐 2000.5.25 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점법인은 1998.5.18 재정경제부장관으로부터 종합금융회사 인가 취소처분을 받아 영업정지함으로서 사업이 사실상 폐지되었으며, 당시 누적결손액이 775,809백만원에 이르러 주주에게 배당할 잔여재산이 전무한 것이 명백하므로 금융업 허가취소일이 속하는 사업연도에 장부가액에서 1,000원을 제외한 잔액을 대손금으로 손금산입한 것은 정당하다.

나. 처분청 의견

법인세법상 유가증권의 평가는 원가법만 허용하고 유가증권의 평가손실은 인정하지 아니하고 유가증권의 처분시에만 처분손실로 손금에 산입할 수 있는 것인 바, 쟁점법인이 청산진행 중에 있는 사업연도에 쟁점법인의 주식을 평가하여 대손금으로 손금에 산입한 것(유가증권 처분손실의 손금산입)은 잘못이다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

퇴출금융기관인 쟁점법인의 주식을 금융회사 인가 취소일이 속하는 사업연도에 사실상의 쟁점주식의 평가손실을 손금으로 인식할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련 법령

구 법인세법 제9조【각 사업연도의 소득】제3항에서 “제1항에서 「손금」이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다”라고 규정하고 있고,

같은 법 시행령 제12조【수익과 손비의 정의】제2항에서 “법 제9조 제3항에서 「손비」라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다(1981.12.31 개정)”라고 규정하면서 제8호. “대손금(1993.12.31 개정)”, 제9호. “자산의 평가차손(1994.12.31 개정)”을 열거하고 있다.

법인세법 제16조【손금불산입】에서 “다음 각호에 게기하는 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다”라고 규정하면서, 제6호에서 “재고자산 등 대통령령이 정하는 자산 이외의 자산의 평가차손.(단서생략)(1996.12.30)”을 열거하고 있고,

같은 법 시행령 제27조【재고자산 등의 평가차손】제1항에서 “법 제16조 제6호 본문에서 「대통령이 정하는 자산」이라 함은 제37조의 3 제1항(재고자산), 제9항(신기술사업자가 발행한 주식) 및 제38조의 2(외화자산·부채의 평가)의 규정을 적용받는 자산을 말한다”라고 규정하고 있다.

한편, 구 법인세법 제17조【손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산】제1항에서 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다(1994.12.22 개정)”라고 규정하고 있고,

제3항에서 “내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하고 있으며,

같은 법 시행령 제37조의2【기업회계기준의 적용배제 등】제1항에서는 “법 제17조 제3항 단서에서 「대통령령이 정하는 경우」라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다(1996.12.31 제목개정)”라고 규정하면서 제 2호에서 “제1호외에 법(법 제17조를 제외한다) 및 조세감면규제법에서 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 기업회계기준 또는 관행과 달리 규정하고 있는 경우(1994.12.31 개정)” 제4호에서 “제37조의 3(재고자산의 평가방법) 및 제37조의 4(재고자산 등에 대한 평가방법의 정의), 제38조(이연자산의 평가), 제38조의 2 (외화자산·부채의 평가)의 규정에 의하지 아니하고 자산 등을 평가하는 경우”를 열거하고 있다.

또한, 같은 법 시행령 제37조의 3【재고자산 등의 평가방법】 제6항에서는 “유가증권의 평가는 원가법 중 다음 각호의 1에 해당하는 방법으로 한다(1996.12.31 개정)”라고 규정하면서 제1호. “개별법(채권의 경우에 한한다)”, 제2호. “총평균법”, 제3호. “이동평균법”을 열거하고 있다.

한편, 국세기본법 제14조【실질과세】제2항에서는 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다”라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

쟁점법인이 1998.5.18 재정경제부장관으로부터 종합금융회사 인가취소 통보를 받은 사실은 재정경제부 중금OOOOOOOOOO 위 제목 공문에 의해 확인되며, OOOOOO(주) 파산재단 청산인 조사보고서에 의해 당시(1998.4.23) 쟁점법인의 순자산이 △692,409,534,050원으로 주주에게 배당할 잔여재산이 전혀 없는 사실이 확인된다.

위 사실과 관련법령을 종합하여 판단해 보면, 청구법인은 쟁점주식의 평가차손을 대손금으로 손금산입하였으나, 대손금의 대상자산에 주식은 포함되지 아니하므로 주식평가차손을 손금산입한 것으로 보이며,

주식의 평가차손은 법인세법 제16조 제6호에 의해 손금에 산입되지 아니하며, 주식의 평가는 같은 법 시행령 제37조의 3【재고자산 등의 평가방법】 제6항에 의거 원가법만 허용된다는 점에서 쟁점주식의 평가손실은 인정할 수 없으므로 쟁점법인이 청산중인 사업연도에 실질적으로 재산가치가 “0”이라 하여 쟁점주식의 평가손실을 손금에 산입한 것은 부당한 것으로 보이며 당해 유가증권을 양도하거나 쟁점법인이 해산하여 잔여 재산의 분배가 완료되는 때에 손금에 산입할 수 있다(같은 뜻, 국세청 법인46012-3216, 1998.10.31) 할 것이다.

라. 그러므로 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.