2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

가. 원고는 ○○광역시 소유의 토지 44,900㎡ 지상에 연면적 12,082.01㎡, 건축면적 5,388.55㎡인 버스터미널 건물(자동차정류장, 화물취급소, 정비고, 주유소 사무실, 경비실, 승하차장, 박차장 등 일체의 터미널 시설을 포함한다. 이하 '이 사건 건물'이라 한다)을 신축하여 2001. 9. 14. 사용승인을 받았고, 2001. 10. 18. 이 사건 건물에 관하여 원고 명의로 소유권보존등기를 경료하였다.

나. 원고는 이 사건 건물을 완공과 동시에 ○○광역시에 기부채납하기로 하는 내용의 당초 건축허가 조건에 따라, 2001. 12. 18. 이 사건 건물 및 원고가 이 사건 건물 인근에 기존 공용주차장 대체시설로 설치한 철골 조립실 구조의 2층 주차장 시설(이하 '이 사건 주차장'이라 한다)을 ○○광역시에 기부채납하였고, ○○광역시는 2001. 12. 21. 이 사건 건물에 관하여 ○○광역시 명의로 소유권이전등기를 경료하였으며, ○○광역시장은 같은 날 원고에게 공유재산인 이 사건 건물을 2001. 9. 20.부터 2011. 9. 19.까지 10년간 무상 사용할 것을 허가하였다.

다. 원고는 2001. 12. 21. 위와 같이 ○○광역시에 기부채납한 이 사건 건물 및 이 사건 주차장의 공급가액 합계 금 16,548,850,100원인 세금계산서 2매를 발행하였고, 2001년 제2기 부가가치세를 신고함에 있어 위 각 세금계산서상의 매출세액 합계 금 1,654,885,010원을 가산하여 부가가치세를 신고, 납부하였다.

라. 그 후 원고는 이 사건 건물 및 이 사건 주차장의 기부채납이 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법류 제7033호로 개정되기 전의 것, 이하 '구법'이라 한다) 제105조 제1항 제3의2호가 정한 영세율 적용대상이라고 보아, 2003. 6. 19. 피고에게 이 사건 건물 및 이 사건 주차장의 기부채납에 대한 부가가치세로 신고, 납부한 금 1,654,885,010원의 감액경정을 구하는 내용의 경정청구서를 제출하였고, 이에 피고는 이 사건 건물 및 이 사건 주차장의 기부채납이 위 법 조항이 정한 영세울 적용대상에 해당하지 않는다는 이유로 2003. 10. 21. 원고의 경정청구서를 반려하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4, 5호증의 각 1 내지 3, 갑 제6, 7호증의 각 기재, 변론의 전취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 피고는, 원고가 사회간접자본시설에대한민간투자법(이하 '민간투자법'이라 한다) 제13조에 의하여 주무관청의 지정을 받은 사업시행자가 아니고, 이 사건 건물 등은 민간제안사업 또는 민간투자사업기본계획에 따라 설치된 사회간접자본시설이 아니므로, 이 사건 건물 등의 기부채납은 구법 제105조 제1항 제3의2호가 정한 영세율 적용대상이 아니고, 따라서 이 사건 처분이 적법하다고 주장한다.

(2) 이에 대하여 원고는, 이 사건 건물 등이 민간투자법이 정한 사회간접자본시설에 해당하고, 원고가 민간투자법 제4조 제1호의 방식으로 이 사건 건물 등을 ○○광역시에 공급한 이상 이는 구법 조항이 정한 영세율 적용대상에 해당하며, 그 공급주체인 원고가 민간투자법 제13조에 의한 사업시행자가 아니라거나, 그 공급방식에 있어 민간투자법이 정한 민간제안사업 또는 민간투자사업기본계획에 따라 설치되지 않았다고 하여, 이를 영세율 적용대상에 해당하지 않는다고 볼 수 없으니, 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관련법령

○ 구법 제105조 부가가치세 영세율의 적용

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제5호 및 제6호의 규정은 2003년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다.

3의2. 사회간접자본시설에대한민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역

○ 민간투자법 제2조 정의

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "사회간접자본시설"이라 함은 각종 생산활동의 기반이 되는 시설, 당해 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설로서, 다음 각목의 1에 해당하는 시설을 말한다.

머. 여객자동차운수사업법 제2조제5호의 규정에 의한 여객자동차터미널

5. "민간투자사업"이라 함은 제9조의 규정에 의한 민간제안사업 또는 제10조의 규정에 의한 민간투자시설사업기본계획에 따라 제7호의 규정에 의한 사업시행자가 시행하는 사회간접자본시설사업을 말한다.

7. "사업시행자"라 함은 공공부문외의 자로서 제13조의 규정에 의한 사업시행자의 지정을 받아 민간투자사업을 시행하는 법인을 말한다.

○ 민간투자법 제4조 민간투자사업의 추진방식

민간투자사업은 다음 각호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

1. 사회간접자본시설의 준공과 동시에 당해시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식

2. 사회간접자본시설의 준공후 일정기간동안 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식

다. 판단

그러므로 먼저 구법 제105조 제1항 제3의2호에 의한 영세율이 민간투자법이 정한 사업시행자가 공급하는 사회간접자본시설에 대하여서만 적용되는 것인지 여부에 관하여 살피건대,

① 위 구법 조항에 의한 영세율 적용대상이 되기 위하여서는 "민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로" 국가나 지방자치단체에 공급하는 사회간접자본시설이어야 할 것인데, 민간투자법 제4조 제1호는 "사회간접자본시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며 사업시행자에게 일정 기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식"이라고 규정하여, 민간투자법이 정한 "사업시행자"(민간투자법 제2조 7호)의 개념을 전제로 하고 있으므로, 이와 같은 법문의 해석상 민간투자법이 정한 "사업시행자"가 공급하는 사회간접시설에 한하여 영세율이 적용되어야 할 것인 점,

② 위 구법 조항의 취지는 민간투자법에 의한사업시행자가 시행하는 사회간접자본시설의 공급에 대하여 부가가치세 부담을 완화함으로써 민간투자사업을 활성화하려는 것인지, 모든 사회간접자본시설의 공급에 대하여 영세율을 적용하려는 취지는 아닌 것으로 보이는 점,

③ 위 구법 조항 또한 영세율의 적용대상을 "민간투자법에 의한" 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역이라고 규정하여, 사회간접자본시설 중 "민간투자법에 의하여 시행되는 것"만을 영세율의 적용대상으로 한정하고 있는 점,

④ 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정된 조세특례제한법 제105조 제1항 제3의2호는 영세율의 적용대상을 "민간투자법 제2조 제7호의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4조 제1호 또는 제2호이 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역"이라고 규정하여, 위와 같은 법리를 명확히 확인하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때,

⑤ 구법 제105조 제1항 제3의2호가 정한 영세율은 민간투자법에 의한 사업시행자가 공급하는 사회간접자본시설에 대하여서만 적용된다고 할 것이므로,

⑥ 민간투자법에 의한 사업시행자가 아닌 원고가 한 이 사건 건물 및 이 사건 주차장의 공급이 위 조항이 정한 영세율의 적용대상에 해당하지 않는다고 보고 한 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이고, 이를 다투는 원고의 주장은 나머지 점에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.