2. 항소비용은 원고가 부담한다.

이 법원이 이 부분에서 설시할 이유는, 제1심 판결 제2쪽 제9행의 "특별세무조사"를 "특별세무조사(이하 '제1차 조사'라 한다)"로, 제14행의 "제1차 조사 후"를 "제1차 조사 무렵"으로, 제15행의 "2002. 7. 24."을 "2002. 6. 24."로, 제3쪽 제10행의 "세무조사"를 "세무조사(이하 '제2차 조사'라 한다)"로, 제20행 이하 인정근거란의 "○○지방국세청장의 사실조회결과"를 "제1심 법원의 ○○지방국세청장에 대한 사실조회결과"로 각 고치고, 위 인정근거란에 '당심 증인 남○○의 일부 증언'을 추가하는 외에는 제1심 판결 이유 해당란 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이미 제1차 조사를 실시하여 원고의 수입누락금액을 확정하고 추가로 법인세를 결정, 고지한바 있음에도 불구하고, 그 후 동일한 사안에 대하여 제2차 조사를 실시하여 수입누락금액 등을 다시 적출한 후 이 사건 처분을 한 것은 국세기본법 제81조의 3의 중복조사금지의 원칙에 위배된다.

(2) 이 사건 처분은 다른 자료에 대한 조사 없이 오로지 문○○이 작성한 확인서만을 근거로 하여 이루어진 것이므로 근거과세원칙에 위배된다.

나. 관계법령

구 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것)

제81조의 3(세무조사권 남용 금지) ①세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니된다.

②세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

구 국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것)

제63조의 2(중복조사의 금지) 법 제81조의 3 제2항에서 "기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기·매점매석·무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의4 및 법 제81조의7의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우

다. 원고의 첫째 주장에 대한 판단

(1)인정사실

(가) ○○지방국세청장은 위 '처분의 경위'란에서 본 바와 같이 원고 등 3개 법인과 문○○ 개인이 운영하는 2개 사업체 등 이른바 ○○○ 그룹에 대한 제1차 조사를 실시하여 이 사건 처분의 원인이 된 매출누락 등의 혐의를 포착하였다.

(나) ○○지방국세청 조사○국 ○과 ○반이 제1차 조사를 담당하였는데, ○○○ 그룹의 부회장인 김○○는 위 조사○국 ○과 과장인 홍○○의 사무실 등에 수시로 드나들면서 적극적인 로비활동을 하였고, 그 과정에서 정치인이나 고위관료와의 친분을 과시하기도 하였다.

(다) 위 조사○국 ○과 ○반 소속 세무조사관 신○○은 2002. 6. 10. 당시 조사하고 있던 조세탈루혐의 전부에 대하여 과세할 경우 어느 정도 세금이 부과될 것인지를 검토하여 '○○○○관련 적출혐의 내역'(갑 11호증의 4, 그에 의하면 추징세액이 171억 7,500만 원 가량 된다)을 작성하고, 그에 기하여 같은 날 추징예상세액이 112억 4,500만 원, 88억 9,900만 원, 73억 2,600만 원으로 기재된 '추징예상세액' 1, 2, 3안(갑 11호증의 5, 6, 7)을 각 작성하였다.

(라) ○○지방국세청의 세무조사관은 2002. 6. 24. 문○○을 상대로 사업체별 조세탈루혐의를 확인하면서 문○○으로 하여금 여러 장의 확인서에 서명 · 날인하도록 하였는데, 문○○은 제2차 조사의 결정적인 계기가 된 확인서(갑 9호증의 3, 이하 '이 사건 확인서'라 한다)를 포함한 일부 확인서에 서명 · 날인하였으나, ○○○○호텔의 봉사료에 대한 확인서 등 일부 확인서에는 서명 · 날인을 거부하여 ○○○○호텔의 봉사료 및 원고의 주류가공매입 부분 등에 관하여는 거래 상대방에 대한 추가 조사가 필요한 상황이었다.

(마) 그러나 홍○○은 신○○에게 ○○○그룹에 대한 전체 추징예상세액을 약 23억 원으로 맞추라고 지시하는 한편, 위와 같은 추가 조사를 위한 조사기간 연장건의도 거부하였다. 그에 따라 ○○○호텔 인수시 인수가액조정합의에 따른 조정이익 14억 1,400만 원을 수익으로 회계처리하지 아니한 부분에 대하여 원고에게 법인세 합계 609,343,190원을 부과하는 등 당시 조사가 진행되고 있던 조세탈루혐의 중 일부에 대하여 ○○○ 그룹에 약 23억 원의 법인세 등이 부과되었다.

(바) 그 후 김○○로부터 홍○○은 5,000만 원, 신○○은 1,000만 원의 뇌물을 받은 것으로 밝혀졌고, 그와 관련한 검찰 수사과정에서 문○○이 작성한 이 사건 확인서 및 추징예상세액 1, 2, 3안의 존재가 확인되었으며, 이를 계기로 ○○지방국세청 조사○국 ○과 ○반이 담당이 되어 2003. 9. 16.부터 2004. 6. 10. 까지 아래 2의 라. 항에서 보는 바와 같이 ○○지방검찰청 검사장으로부터 건네받은 과세자료에 대한 자체분석, 원고가 가공으로 주류를 매입한 상대방인 ○○유통 주식회사 등에 대한 조사, 원고로부터 제출받은 계정별 원장에 대한 분석 등 제2차 조사를 실시한 결과 원고와 관련하여 총 18억 1,400만 원의 신고누락 또는 허위계상 사실 등이 확인됨으로써 피고가 이 사건 처분을 하게 되었다.

〔인정근거〕 다툼 없는 사실, 갑 9호증의 2, 3, 갑 10호증의 1, 2, 갑 11호증의 1 내지 11, 갑 13, 14호증, 을 2호증, 을 3호증의 1, 을 7호증의 1, 2의 각 기재, 당심 증인 남○○의 일부 증언, 변론 전체의 취지

(2)판단

구 국세기본법이 제81조의 3에서 중복세무조사를 금지하는 규정을 둔 입법취지는 무분별한 세무조사로 인하여 발생하는 세무조사권의 남용을 견제하고 세무조사 기법의 선진화를 유도하는 한편, 납세자의 정신적 · 경제적 위축을 방지하고 안정감을 확보하여 납세자의 권리를 실질적으로 보호하려는 데에 있고, 다만 세무조사가 한 번 이루어지고 나면 어느 경우에도 중복하여 세무조사를 하는 것이 허용되지 않는다고 하면 조세공평에 반하는 결과가 초래될 수 있으므로 일정한 경우에는 예외적으로 중복세무조사가 허용되어야 할 것이다.

위 인정사실에 의하면, 제1차 조사와 제2차 조사의 과세기간(사업연도), 세목 및 조사대상자(원고 등 3개 법인과 문○○ 개인이 운영하는 2개 사업체)가 동일하고, 제1차 조사에서 포착된 조세탈루혐의 내용의 대부분이 제2차 조사를 통하여 구체적으로 확인되었으나, 위 인정사실 및 '처분이 경위'란에서 인정한 사실에 나타난 다음과 같은 사정, 즉 제1차 조사 중에 문○○이 작성한 이 사건 확인서는 언제든지 작성자가 진술을 번복할 수 있는 것이고 신○○이 작성한 추징예상세액 1, 2, 3안도 그 작성시점에서 과세 가능한 금액을 추정한 것에 불과하여 관련된 장부 및 증빙자료의 확보 또는 거래상대방에 대한 추가 확인조사 등을 거쳐야 비로소 부과처분을 할 수 있을 뿐 이 사건 확인서 및 추징예상세액 1, 2, 3안 등의 작성 당시 즉시 부과처분이 가능한 정도로 증빙자료를 확보한 것으로는 보이지 않는 점, 제1차 조사에서 ○○○ 그룹 전체에 대하여 약 23억 원으로 축소과세된 이유는 김○○의 적극적인 로비와 홍○○, 신○○ 등에게 뇌물을 주었기 때문인 것으로 보이는 점, 검찰의 수사과정에서 이 사건 확인서 및 추징예상세액 1, 2, 3안의 존재가 확인되고, ○○지방검찰청 검사장이 ○○지방국세청장에게 업무협조 공문을 발송함으로써 비로소 제2차 조사가 실시된 점, 아래 2의 라. 항에서 보는 바와 같이 ○○지방검찰청 검사장으로부터 건네받은 과세자료에 대한 자체분석, 원고가 가공으로 주류를 매입한 상대방인 ○○유통 주식회사 등에 대한 조사, 원고로부터 제출받은 계정별 원장에 대한 분석 등 제2차 조사를 실시한 결과 위 '처분의 경위'란에서 본 바와 같이 2억 6,400만 원의 매출 누락, 9억 3,500만 원의 주류가공매입, 1억 3,800만 원의 원 · 부자재 가공원가 계상, 2억 6,100만 원의 업무무관 경비지출, 1억 1,000만 원의 광고비 과다계상, 3,300만 원의 기밀비과다계상, 7,300만 원의 잡수익 누락 등 총 18억 1,400만 원의 신고누락 또는 허위계상 사실 등을 확인한 점 등을 종합하여 보면, ○○지방국세청장이 실시한 제2차 조사는 ○○지방검찰청 검사장이 수사 중 확보한 과세자료의 진위 여부를 조사하여 결과를 통보하여 달라고 함에 따라 이루어진 것으로서, 구 국세기본법 제81조의3, 구 국세기본법 시행령 제63조의2 제2호 소정의 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사에 해당된다 할 것이므로, 중복조사금지 규정에 위배되지 않는다.

따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

라. 원고의 둘째 주장에 대한 판단

(1) 인정사실

(가) ○○지방국세청장은 ○○지방검찰청 검사장으로부터 수사과정에서 확보한 과세자료를 건네받은 후 위 과세자료에 대한 자체분석을 실시하여 원고가 10억 2,800만 원 상당의 수입금액 신고를 누락하고, 14억 7,300만 원 상당의 불실경비를 계상한 혐의를 포착하였고, 그에 따라 위 과세자료의 진위 여부 검증을 위한 제2차 조사를 실시하였다.

(나) 제2차 조사를 담당한 ○○지방국세청 소속 세무조사관은 2004. 1. 경 원고가 가공으로 주류를 매입한 ○○유통 주식회사의 대표이사 권○○, 2004. 1. 12. 같은 주식회사 ○○상사 및 유한회사 ○○유통의 대표이사 조○○을 상대로 각 문답서를 작성하고, 거래원장 및 배달증빙서류 사본 등 소명자료를 제출받는 등의 방법으로 조사를 하였고, 원고가 제출한 계정별 원장(계정과목이 식재료인 계정별 원장은 2004. 4. 21. 경 제출된 것이다)등을 분석하여 원고의 실지 대표자인 문○○이 운영하는 개인 사업체인 ○○○○호텔이유한회사 ○○유통으로부터 370,212,000원, ○○유통 주식회사로부터 221,325,000원 상당의 주류를 매입하였음에도 마치 원고가 이를 매입한 것처럼 위 회사들로부터 세금계산서를 수취한 후 매입세액을 공제하고 해당 공급가액 상당액을 필요경비에 산입하였으며, 또한 원고가 주식회사 ○○으로부터 사업을 인수하는 과정에서 식 · 음자재에 대한 조정금액 72,677,000원의 지급을 면제받았음에도 이를 수익으로 계상하지 아니한 사실 등을 확인하였다.

(다) 세무조사관은 2004. 6. 경 위와 같은 조사결과를 토대로 심층조사 종결보고서를 작성하였고, 이를 근거로 ○○지방국세청장이 1999년 내지 2001년 귀속분 법인세 합계 994,230,330원, 1999년 2기분 내지 2001년 2기분 부가가치세 합계 281,865,420원을 부과한다는 내용의 제세결정상황 및 제세 결정결의서(안)을 피고에게 통보하였으며, 그에 따라 피고는 2004. 10. 1. 이 사건 처분을 하였다.

〔인정근거〕갑 11호증의 1내지 16, 을 3호증의 1, 2, 을 6호증의 1, 2, 3, 을 7호증의 1, 2, 을 9호증의 1 내지 10, 을 10호증의 1내지 4, 을 11호증의 1 내지 4의 각 기재, 당심 증인 남○○의 증언에 변론 전체의 취지

〔배척근거〕: 당원의 ○○지방국세청장에 대한 사실조회결과

(2) 판단

위 2. 의 다. (1)항에서 본 바와 같이 문○○이 제1차 조사 과정에서 여러 장의 확인서에 서명 · 날인을 하였으나, ○○○○호텔의 봉사료에 대한 확인서 등 일부 확인서에 대하여는 서명 · 날인을 거부하기도 한 점 등에 비추어, 이 사건 확인서가 과세관청의 일방적이고 억압적인 강요로 문○○의 자유로운 의사에 반하여 별다른 합리적이고 타당한 근거도 없이 작성된 것이라는 점에 부합하는 제1심 증인 문○○의 일부 증언은 그대로 믿기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

나아가 위 인정사실에 의하면, 이 사건 처분은 검찰의 통보자료 및 ○○지방국세청이 실시한 제2차 조사에 의하여 확보된 객관적인 자료에 의하여 뒷받침된다고 할 것이어서 근거과세원칙에 위배된다고 할 수 없다.

따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 모두 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하고, 원고의 항소는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.